Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CTGCCTCCTCCTACCCTCGCCATGTTTCTTACCCGGTCTGAGTACGACAGGGGCGTGAATACTTTTTCTCCCGAAGGAAGATTATTTCAAGTGGAATATG
CCATTGAGGCTATCAAGCTTGGTTCTACAGCCATTGGGATCCAGACATCAGAGGGTGTGTGCCTAGCTGTGGAGAAGAGAATTACTTCCCCACTGATGGA
GCCCAGCAGCATTGAGAAAATTGTAGAGATTGATGCTCACATAGGTTGTGCCATGAGTGGGCTAATTGCTGATGCTAAGACTTTAATTGATAAAGCCAGA
GTGGAGACACAGAACCACTGGTTCACCTACAATGAGACAATGACAGTGGAGAGTGTGACCCAAGCTGTGTCCAATCTGGCTTTGCAGTTTGGAGAAGAAG
ATGCAGATCCAGGTGCCATGTCTCGTCCCTTTGGAGTAGCATTATTATTTGGAGGAGTTGATGAGAAAGGACCCCAGCTGTTTCATATGGACCCATCTGG
GACCTTTGTACAGTGTGATGCTCGAGCAATTGGCTCTGCTTCAGAGGGTGCCCAGAGCTCCTTGCAAGAAGTTTACCACAAGTCTATGACTTTGAAAGAA
GCCATCAAGTCTTCACTCATCATCCTCAAACAAGTAATGGAGGAGAAGCTGAATGCAACAAACATTGAGCTAGCCACAGTGCAGCCTGGCCAGAATTTCC
ACATGTTCACAAAGGAAGAACTTGAAGAGGTTATCAAGGACATTTAAGGAATCCTGATCCTCAGAACTTCTCTGGGACAATTTCAGTTCTAATAATGTCC
TTAAATTTTATTTCCAGCTCCTGTTCCTTGGAAAATCTCCATTGTATGTGCATTTTTTAAATGATGTCTGTACATAAAGGCAGTTCTGAAATAAAGAAAA
TTTTAAAATATTTGTTAATAGACTGTTCTCTTCTAATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGATGAGGTCTCACTATATTGCCCAGGCTGGTTTCA
AACTCCTGGGTTCAAGTGATCTTCCCGCCTCTGCCTCCTGAAGTGCTAGGATTATAGGCGAGAGCCACTGTGCCCAGCCATTGTAATACAGTCTTTTGTT
TGAAATGCAAATGTTAGTGGGCCAAAAGGACAGTGTTATTAATATCCCTATTCTATGAAGATGTCTGTTCTAAAACTGTTTTAGTGATGCTCTATAACAG
AATCAACTATATCCATTAATCCCATGGTGTTGATAAATGAACTAGTCCAGCTCTTCCCAGTGGTTAATAGATGTTAACAGCACTGTAAATCCATTTCGGC
CCTATAATTTCTGGAGCAAACGTGTATTTTTGCTGCTTTTCTTATAAGGAGATGCTACTAATTGACTATCAGAAGAACATGTTTTGAGGTCCTCCTCAAA
ACATTGATGGGTTGGAATCAGCCATCAACAGTGTTGTACCAGTTCTTGGGTCTTGATAGACAATTTGGAAAGAGATTTCCTTGTTTACGAAGTGAAGGAC
TAAGAATTAAATTAATGACCTTGGCCTCACTGGCAATCAATTACAAATCTCTATATCAGTAAGAGAATTGTAAAATTCAGAAGCAGTTTACATTAGACTT
TGGAATGAATGATGAACTTTCCCCATTAGAGCTGCCATCATATGATTGGTGGAGATTGTTTAAAGAATCATTCTATCTCAGCCTCAAAAATTACCACGGG
AAGATGGTATCAGTATCACTACTTAACAGATGAAGAATCTAATGCTGTGTGCCCATGGACACACAAAATTAAGCTGTTGGGACTTGAACAGCTCAAATTT
TCTTGTTTCAGATCACCAGCTCTTGAGTAATAGGGAAATCTGGAGATTTGAAAAGTACTTGCACTGTCCACAACATGGCTAATCCATATGTGGATGATGC
AGAATTGATTTAATTCACTAACAGGGACCCCATAATTATTTGCTGGGCTCTGGGTATATTGATGTGTAGGAAGTTGTACTATATGTTAATAAATTATGAC
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TCCTGTAACAAATTTATTGAGCACCTACCTACTATATGCCAAGAAATGTATTAGCCATCAGGCAGAGAGCTGTTCAAATGGTAGATATGATCTGTGCTCC
TGTGAAACTTCTAGTGGGGAGAGCCAAACAATAAACAATATTCCTTTTTAACTCTAGGTTAATGCAGAAATGGATAAAGCCCATGTTGCTTTTGGGAGAG
GTGAGTTGTGTCTCTGAATCACATGCATTTCATAGGGGGAAAAATGCCCAAATACTAAGGAGTAGCTCTTAGCCTATGTCCGTTCGCCTCAGCTTAAGTT
GTTTTCCCTCCCACTGGCTGGGCAGCATATTTGTGTTTTACCTGGTAAAACAGTAAATTTCGTACCTTCTATAATTGGCATTCTTCAAAGAGGTAGAACT
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TCTTTCTGCTATAGAATGTTTCCTGGAGAAAGGTACGGTTTTTAGTAATAAGATAAATTTACTTTAGTCCTGCAAATAAGGTGAAATCTTATGTCCAGTA
TCTCACAAAGGAGAACTGACAGTGCCACTTTTATATTTAATGTCAATCTCATTAGACAAAAATGAAATATAGTTCCTAGGGTTTCCAATTTAAAAAGTGA
AATAATAAATATATTCACTCAAACATTTTCTCAGTGCCATATGCAAGTTACCATGTCCCAGAAGCTGATACAGTTTGAAGAAGGAAATATATAAGTACTG
TAAGCCTGTGATAACTAAAAGCAACATACTAAAAAGTGAAGGTACAGATAATTGGAACAAATTTAATAGCGTTTAAAAGTGTATTTGGTAATTTCTCCAG
GAGGTGGCACTGTTGAGTTGTTTTTTCTTTTCAGACAGTAAGACAATAGACCATTCATCTTTGTGTCACCCAAACAAAGAAATATTCCTTTATAACCCCC
TTTCCTCCCCCCACCTAATCACATGCTACTGGAACTGACTGTCTTGTGATCTACTCCCATAGTTGGCATAGATTTAAAAATAATCTTTTTTAAATTAATC
TGATAGTAGTTATGGAAAGGAACAAATTGTTCACCAATTTTCATCAGCTTTATCTTTTCAGTCCAGTAACTGAGAACTTAAAAAGACTATTCTAGTGATT
TTACTATCCTGCTCAGATGGCATTCAAAAACATTTTTCACTTCTCACGTCTTGGAAAAATTTGTAAATTCGTTAAGTCTTTTTGTTTGAAAGTTAATGTG
ACTGGAAATATTTTAATGTAAATATCGGGTTGGGTGCATTGTATCATTTTGCTCTACAATGACTATATCCTCATTTGGGTTTATGGCCAGTTTATAATTA
AAAGTAATCTTTACTTGCTTTGAGTGTAA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 1
5 nts: 2
6 nts: 1
7 nts: 1

Tetra-loop variants:

AGAG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0