Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3   RefSeq = hg38   Cell = HEK293T   Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure   loop   bulge/internal loop   no SHAPE data   coding sequence
GCACCCGCCGATTGTGGCCATGGCGGCCGCAGTCTCTAGTGTGGTGAGACGAGTGGAAGAGCTCGGGGATCTGGCTCAGGCCCACATACAGCAACTTAGC
GAAGCTGCCGGTGAAGATGATCACTTTTTAATTCGGGCCTCTGCAGCATTAGAAAAATTGAAACTCCTGTGTGGAGAAGAGAAAGAATGTTCAAATCCAT
CAAATCTTCTAGAACTTTACACACAGGCTATTTTGGACATGACATATTTTGAGGAGAACAAGCTAGTAGATGAAGATTTTCCTGAAGACTCTTCTTCACA
GAAAGTAAAAGAGCTGATTAGTTTTCTTTCAGAACCAGAAATTTTAGTAAAGGAAAATAATATGCATCCAAAACACTGCAATTTGCTTGGGGATGAGCTA
CTGGAATGTCTCTCTTGGAGACGAGGAGCCCTGCTGTATATGTATTGTCATTCTCTTACCAAAAGAAGAGAGTGGCTCTTAAGAAAATCCAGTTTGCTTA
AAAAGTACCTTCTTGATGGAATCAGTTACTTGCTACAGATGCTAAATTATCGATGTCCTATCCAGTTAAATGAAGGAGTTTCTTTCCAAGATCTAGACAC
AGCTAAATTACTGAGTGCAGGAATATTTAGTGACATTCATCTGCTGGCTATGATGTACAGTGGAGAAATGTGTTACTGGGGATCGAAGTATTGTGCTGAT
CAGCAACCAGAAAATCATGAAGTGGATACTAGTGTGTCTGGAGCGGGCTGCACTACATACAAGGAACCCTTGGATTTCCGAGAAGTAGGAGAAAAAATCT
TGAAAAAGTATGTATCTGTGTGTGAAGGACCCCTGAAAGAACAAGAATGGAATACAACGAATGCAAAACAAATTTTAAACTTCTTTCATCATCGCTGTAA
CTAGTAAGTTCATCTAGTCCTTTTCAAATAGAAAAACAACAAAACCCATGAAATGGAAAAGAGAGTTCCAAAAAAGAAGACCTGTTGATACTGAATATGA
GAACATTACACTGCATAAAGATATCCAGCTTGGGTACCCTACTAAAACAACATCACCATCTTTTTCATTATATATTAGTAAACCTATGAAGGGATGATTC
TTTAATTTCTAAAGTGTTGTTCAAACTCACCTTAAAATACAGATGTTATGTCACTAATAATGAGTAGTAACCCAATTTAGCTTTACAAAGATTTTTTCTA
TTACTTTTTTTTTTTATTGTGGTATATGTAACACAAGTTTACCATTTTTATCATCTTTAGATTATTTTTAAATCTCACTACCTTGAAGTTTGCCATGCTT
CAGAAATTAAAGTCAAGTTACTTCACTGCTTTGAATACATACTATGGATATAAATGTAGGCAAAATGAAAGATTATGACTAATATTCAGATTCCATTTTC
AATAAGGTAAATAATGAAAGATCTCACAAAGGAATCATTGTGTTTAATTATTTTGCCATGTATTACTAATTGTATTTAAAATTTCTACTTCCCTTAGGCA
TTTTATAAAAATTTAAAAATTATTTTTCTATTTTGTTTAAAAGACAATGCATGGCTTTTCAAGTGAGTAATGAAGATAAAAACCAAGCTAGGTTAGTCTA
CCATTAGTTCATATGTTTTTGTAGCACATCTTTTCATAACATACTGAAATTTTAATGTTTTTTGCCTTTAATAATAGGGGTGAGTGTTAAAGGCCAGAGA
GCCTAACTTGATATCTTGCTCATGGTCTTTCTGTCTACCTCAACTCCTGTTGTCATCTTTGGATGATCTTTCTGATACCTTGCTGATACCTTGGACTTCT
GCCCAGTGACTTTATTACATTCCAGCAGCTTACTCCCGTGGCCGCACTTTGAATGTCACCACCTTGAGTTTCTCTTTCTGGTAAAATTTCAGTAACTGAT
AACTGCCCTCTTTTCAGTTTTTTCACTTCCTTATTTTATTGACTTTTCTCTCCTTTATGCTCATTCCACATTCTTCAGTTCCTTCTTACCCCCTTTTCTT
GACTGCTCCCCTTCCTCCTAAACTGTCAGCCCCTTTCAGGCTTTCTTCCCTATCCACCCTCAGCTTTATGGGATACTATATGAACTAATCTCACCAGTTA
TTCTTCTTTCCCTGGTCTTTTAGTCTAGTCCTTTGGCAAGCCCTCAACCTCAGATTAATCCTATTTATTATCTACCTTTTCGGGGATGCTGAGTTCTTTG
TGATGGGTAGTCCTTCAAAGTAGAATCACTACAAGTGTCTCACTTCAGCCTTAGAAAAGCCCTCAATGTAAACCTTATGTTTGTTACTAGGGTGGCCTCT
CTCCCATTTCCCGCTGTGGCTGAGCCAAACTTCATTACTTTCCTTAGGCCCTCTGCCCCTCCCCTAGCATATGGCTCTTTCTCCTATTGAACAGAAAATT
GAGACTATGAAGAGGTCAACTTGTATTTACCAACTTTACTCATTTTCCCATTTTAGAGGAAAAGAGGTTGCCTGCTTCCTATCAAAGGCGACTCTGTGCT
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TCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTACTTTACATATTTTATACAATGTCATTCATAACTATGGCTTCTTTTACCACCTGTAATAACAGACTGAGTCTCAAACC
TGTAACTTGTATCCTGACTTATCTCTTGCTTTCTAAACCTTGTTTCTAACTGTCTATCAAATATCTTCATTAGACATCCCACAGTAATTTTAAGCTCAGT
GTTTCCAAACGTCAAGTCCTCATCTGTTATATAAAATCCTTTCTGCTTTGTAAGTTTTCTCTTTTTGGGATTTTCCGCAGATCAGGGCAACACAGAATGA
CTACCTTCCCAGCCATGTCTCTGCAGTCATCCTGTGTAATCATGTTCTAGTCCAGTGTTGCTCAAACAGTTAAAATCCAGGCTGCTTTTGGTAAACATAC
AAATTCTGATATAGAGCCTCTGTGGCAAAGGGAATTTCTCAGTTCCTGCCCCAGCCCCCTTGTTTATCATTACACAGCTAAGATTTTTATTTAACTTAGC
ATTTTAGCAAGTTTTCTTATGAAAATACCTTTGTGCTTTCTAAGTATAAAGATTTAAATTATTTTTAATACGGTTTTTAGAACCACAGACTATCCCTCTT
TTTAGAGCATCCTGATCAATTGCAAGTACTTCCACTTCTTCCCTAAATGCGCTTTGTGTGTTTTCCACCTCAGTAGCCTTGCACACATCATTACTTCTGC
ATCCTTCTTTGTGACCAAGTGAATACCTACCTACCTCTTAGGACTCAGCTTCAGTGATTCTGTTTTCATAGGCTTTTTAAAGCCCTTTTCAGTCAAATTA
GATGCTCCTTTGTTCTGGTCCTTTACTCTTCCCCTCCCATGTTGTCGCACTGATCACACTGCTTTGTAATTATTTTCTTTATTGTTGGTAAACTCCATAT
TTTAAAAATTTACCTGTATACATAGTGCTTAATGCATGGTAGGCCCTTAGTAATGTTTTTGAATTAATGAGGCATGATTCTAAATGCCAAACTTTGCACA
AAAAGTTGTTGCTATTGGATTCCAAACTGCTATGCCCTCTATACCAGTGGCTGACAAGGCATATAGGGATATATGCCATCCTGAGAGGAGTAAAGTGTTT
AGATTCTGAACCTGAGAAAAGAGAACTTTCTCTTAAGAAGTTGGAAACTTCATTTTACCTTCGTGACCCTGGTAGACCACTTGGTCTCACTGGTTGGTAC
AATTATGAGGGTAGTACTGGGTGCTTTTTATACAACTTTCCATCCCCCACACAGTTGGAGAATAATTTGTAGACCATGGCAGTTAAAATGCTTTTTACTC
TGGTGTATTATAGAATAATGAACACATTTTTATATATGTTAAAGCCTGCTAAATCATTCACTTAGAATGAAGTAACCTCAAGGTACCAAATACCCCACAT
AAGGAAAGTACTACACTAAATTCACTCAACTATTGTATGCCTACCATATGCCAGATTTTATCCTAGACCCTGAGGATATAGCTTTTTAAAACCCCCTCCT
GTTTCAGAGCTTATATTCTAGTGGAGGAAGTTAGACAAGCATTTTAAGTAATAAATGTATAGAGAGTGTCAAGTGATGAGTACCATGAAGAAGAATAAAT
GAGGGTAAGGGGCTAGTGTGATAGGGAGAGGGGTGGGATGCCATCATATTTAGGGGTGGTTGGGAACTGTCTACTGCTTTAGCATTTGTGTCTTCAAATT
TCTCTCCTTTGGTTATATACCTTGCGTATTCCGCACATTGATAAAGTTTCTTTCTTACAGAAGTTCTGATATTGAATTAAGGAATGGGTCACTACTTAAG
ACTTTATCATTTCAGCTACACATAAAAGGTTTCTCTCCCCTATGGATTTTGCTAATGGTTGAGTGATACCTAAAGGCCTTGTTGCATTTTTTACACTTGG
GGTTTCTCTTCGGTTTGAATTCTCTCATGGTTACCAAAACTCTGTTAAAGGACTTTTCACAGTCGTTAAATGTGTATGGCTCTTTCCCAATATGAATTTT
TTTGATGTTAACTAGGCTTTTAGACTTAGTTAAAGACCTGTGTGCTCTGCTGCATTTATAGGGTTTTGGGCTGCTGAGAATAATTGATGCTGATTAAGGT
GCAAATCATGACTAAAGACTTTTCTTTCTTCTTTTGCATATAGTAGAGTGAGGTGAGGGTCGTGGCTAAAACCCCACAATAACTTTACATTCCTAGCTTT
ACAGTCTTGCTGTGAATTCTCTGGTGTTCATTAAAGTGTGAGCTGTGTTAAAAGGCATTCTTAGATTCATTTTAACCACATTTTTAAAAACTCACAGTTG
GTTAACATGATGGTTTCAGATTGCTTGCCTCTTTTCTCTTTCTACCTTACAGGGCTCCTTTTCTAGCTTAAATAAGGGTACTCCATCTGCCACAGAATCC
AGGATTCTATAGTTTTTTAGTTTCACTTCCCTATGTTCTTTTTTTTTTTTTAATTTTTAACAATGAGATGATACCATGTTACAGCGGTATTACATTAAGA
TACATTTAATATAGCCACAATTAAAGTATGTATTATGTATTTATGCTGGTGTTCTTTCATGTTATTTCTTCTAGTGAAAATTTCCAAGTAAACTGTTATT
GAGCATATACATTTTTAAAAAAATAAAACCATACACCCCTA

Loop counts:

9 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
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A x U bulge: 0
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