Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GTAGCCGCCAGCTCGGCCGCACGTCAGGGCGCGGGAGCGCGGAGCGAGTTTGGTTGCACTTACACCGGTACTTAAGCGCGGACCGGCGTGTCCTTGGACT
TAGAGAGTGGGGACGTCCGGCTTCGGAGCGGGAGTGTTCGTTGTGCCAGCGACTAAAAAGAGAATTAAATATGGGTGATGTTGAGAAAGGCAAGAAGATT
TTTATTATGAAGTGTTCCCAGTGCCACACCGTTGAAAAGGGAGGCAAGCACAAGACTGGGCCAAATCTCCATGGTCTCTTTGGGCGGAAGACAGGTCAGG
CCCCTGGATACTCTTACACAGCCGCCAATAAGAACAAAGGCATCATCTGGGGAGAGGATACACTGATGGAGTATTTGGAGAATCCCAAGAAGTACATCCC
TGGAACAAAAATGATCTTTGTCGGCATTAAGAAGAAGGAAGAAAGGGCAGACTTAATAGCTTATCTCAAAAAAGCTACTAATGAGTAATAATTGGCCACT
GCCTTATTTATTACAAAACAGAAATGTCTCATGACTTTTTTATGTGTACCATCCTTTAATAGATCTCATACACCAGAATTCAGATCATGAATGACTGACA
GAATATTTTGTTGGGCAGTCCTGATTTAAAACTAAGACTGGCTTGTGGTTAAATGAATATGTTCAGTTTTTGAATTTTAATAGTAACTCCAATTCAGTAA
ATGGTATCACTGTTTACCCCTTTTAAAGATATGATTAGACTTCGTTAGTAATGTTCAACTTTTCACAAAGATGGTGAGTGCCATCTTAAAACTTACTGGA
GATTGGTTTTATATTTAGATTTATATAACTGGTTATGTGAATATATTTAAATACTGGGGAAATTGCTTCACTGTCTTAGAACCAAGCAAGATTCACCTGT
GTTTTGTGTTCATGTTCATTTGCCTCTTAAAGGCAAGGGTTGAAGATAAATAAGGTAGCAATGTCTATAGTTTTGGCCTTAACTATGCCAATCTAATTAT
AATTCCCTGTATTTAAAATGGTTTCTTTTACTTATTGAAAGGCATTTTAGTGTGGTTTATGTGTAATATTAAAGATTATTCAACACCTCTCACATCTTAC
AGATCTATAAGGTCACATGCTTTTAAAATAGTAGCAAGTTAAACTTCACTCTTGAATTCTTTACAATCTAAGTCAAACTAAGTTATAATTTAGGATTGTC
TTTAAACAGCCATTCAGAAACAAAACTGTAGAACTGTGTATTTGATTGGGAATGGTGCTTTTGCCAACTTAAAAGGATTAAAGTAACGGAGATATACACA
AATTTTAAAATTATGTGTGATCACAAGACTAAAGATAATTAAAAAGAAAACCACAGATCATGACTTTTTGACTGTGCTTGATTTCATGACTGATGCACAA
ATTTTAATGATTAAAAAGTGCAGGAGCCCTAAATGTCAGTGCAGCAGCCCTAAATGTCAGTGCAGCAGTGTTAACCAGTCATGGTGCTAGATTGTTTACT
TGGTTTTCTAGGACTGCCTCAACTAGAATAACACTTCACTAATTGACTCTTAGTTTCTTTGCTCAGATTGAGAACTGCAGCATTTATGCCAGACATGGAC
AGAGGAATGCCTGTGGTCATAGTTTTGTGATGTGTAACAGTGTATAATTACATACTGAATTATTTCATGCATAGTCTGTGCCATACACATTTAGAGTAGT
CCTTGGAGATTTTATGGAGATGGTGAGCACAAGGTAAGTCATAAAGAATAATGAGAAAATAAATCTATGCTGGTGCAGCTGAGAACTGTATCTTTGTGGG
ACAGTGAGAAGACTGAGAAGATGTGAATCCATGGTCTCAAAGGTGATAGGGACGATTAGATAGGTGTTTTAAGGCCTGAAAGCAATTTATAACATATGAG
TCTTATTTTTATTTATAGAAATGTGGAAAGCTTGCTGTAATTCATATTTGAAGTCCTAGTCTGAGTTCTGGTGGGGAATTTAAAAATGCATCCTGGAAAT
CCTTTAAAGATTTCAGACTTTGAAAGGCCTTGTAGCAGAGGACTTGGTGACTGTATAAAGTTAGTGGTATTCAGGGACAGTGTAGCAAGTAGCTTACAAG
GGGACAATTCTGGACTAATGAGAAAGACCTGAAGTGAAGGCTAGAGAGTTGATTTTTTTTTTTTTTGGCATCCTGGAAATGATACAGGAAACATATTAAG
ATAGATACAGAAATGTGTTCAACCTTCCATCTTGGCTAGTTGTGGCGTTTAGTTTGTTTTTTGAGACATGGTCACGCTGTGTCGCCAAGGCTGGAGTGCA
GTGGTGCGATCTCGGCTGGCTGCAACCTCTATTTCCCAGGCTCAAGCGATTCTCTCACTTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTTCGCCACCA
TGCCCAGCTAATTTTTTTGTAGAGATGGAGTTTTGCCATGTGGTCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAGCAATCCGTCCACTTGCCTTGGCTCC
CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCAGGCCCTGCCTGGTTTTCAAATTCAGAAATCTTATTATTTAACCCAGAAGTAATCAGCCCAGTAGTAA
CTTAGGTTTAATTTTTTTTCAGGTTTAAAATTTTTCTCATTTATTTTTTCTGAGACGGAGTTTCGCCCTTTTCGCCCAGGCTGAGTACAGTGGTGCAATC
TCACTGCAACCTCCGCCTTCCAGTTGCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCACGCCTGGCTAATTTTT
GTATTTTTAGTGGAGATGGTGTTTCACCATGTTGGCCAGACTGGTCTTGGACTCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTTCTAGGATT
ACAGGTGTGAGCCACCACGTCCGGCCAATTTTTCTCATTTCTATGCCTCCTATATTAAGGTCTGTGTTGGCACAGATGAGTAACTGCCATGTTCTAGGTC
AGTTATACCCAAGCACTTCTGGTGGTTTAAAATGTGATTCTGTAACTTTTTTATTTTTATTTTTTTGAGATAATTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGT
GCAATGGCGTGATCGCTGCTCACCGCAACCTCCGCCTTCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGACTCAGCCTCTCAAGTAGCTGGGATTACAAGCATGCGCCA
CCATGCCCAGCTTATTTTGTGTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGCTGGACAGGCTGGTCTTGAACTCCCGACGTCAGGTGATCTACCTGCCTCGG
CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCTGGCCAATTATGTAATTTTTTAAAAAGGACATTTCTATCAGGGATATATACCTTCAGAA
ATAAGGAAATAGGGGAAAAAAAGAGCACTATAAACCACATGTTTTCATTTCTAGTGCTTCGCTGTAAGTGGCTAGGTTGGTAGAATCAAAAACAAGGGCC
AGATGTATTTAAGGGGTATTCAGATGCCACCTACATGCTTATTTTGTCTAGAACAGTGCTGTCTAATAGAACTTTCTGTGACGATGGATATTTTGTAGAC
TTTTGCTGTCCAGTGTGGTAGCCACTAACCACATGTGGCTGTTAAGCCCTTGAAATATAGCTAGTGTGACTAGAAAGTATTTTATTTTAAATTTACATAG
GCACAAGTGGCTAGTGGCTACTGTATTGACATTCTGGGTCTAGGACTAGAACCAGTGGTCTGTAACAAAAGTACTTTCTCTTTACTCTATTAAATCTAGA
ATTAGCCGGGCATGGTCGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGCGTTTGAGACCAGCCTGGTCAA
CATGGCGAAACCCTGTCTCTACAAAAAACATAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGGGCACCTGTAATCTCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCACAAGAATC
ACTTGAACTTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCAAGCCTGGGTGACGAGTGAAACTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAA

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 3
5 nts: 1
8 nts: 2
9 nts: 2

Tetra-loop variants:

UUAA    1
AUAU    1
GAGU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 2

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0