Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GGGTCTGGGCGTGCCGCGGGTGACGGCGGGGCCGGGCGGGCCAATGGGCGCTGGGTGGCGGGCGGGCGGGCCTGGCGGCCGGGGGCTTTAGGACGTGAGC
GGGCGGCCGGCCGGACAGACTGACGTGTGAGCTGCATCGCGGGAGGCGCATGGCGGGGATGGCGCTGGCGCGGGCCTGGAAGCAGATGTCCTGGTTCTAC
TACCAGTACCTGCTGGTCACGGCGCTCTACATGCTGGAGCCCTGGGAGCGGACGGTGTTCAATTCCATGCTGGTTTCCATTGTGGGGATGGCACTATACA
CAGGATACGTCTTCATGCCCCAGCACATCATGGCGATATTGCACTACTTTGAAATCGTACAATGACCAAGATGCGACCAGGATCAGAGGTTCCTTGGGGA
AGACCCACCCTACGAAGTTGGAATGAGACCATCAGATGTGATAAGAAACTCTTCTAGATGTCAACATAACCAACCTTATAAAGACTAAAATTCATGAGTA
GAACAGGAAAATCATCCTGACTCATGTGTTGTGTTCTTTATTTTTAATTTTCAAAGAGGCTCTTGTATAGCAGTTTTTGTCTATTTTAACATTGTAGTCA
TTTGTACTTTGATATCAGTATTTTCTTAACCTTTGTGACTGTTTCAATATTACCCCCGTGAAAGCTTTTCTTAATGTAACTTTGAGTACATTTTAATTGC
CTTCTATTTTTAAAACTCAAAATCATTAGTTGGGCTTTACTGTTCTTGCTATTGTATGGCATATACATCTGCCTGGATATATTTCTACTCTTGACCAAAG
TTTTGTAAAGAACAATATAAGATTTCGGGTAGGGGTATGGGGAGGGAAGATATTTTATTGAGAACTACTTAACAAAAGATTTATCTGTAAGCTTGAACTC
AGGAGTACAGTTTTAGCTATCTAGACTCTAACAGCTTTTGCTTTAAAATTATTAAAGTGTTTCTTAATGAAAAAGAAAAGATCTTGCTAAAGTTAAAATA
AGGAACATTTCACCTTTTAAATATTTAATTCTTATGTGGACTTATTTCCAGAAAACTTTGGTGATAATTCTTGAGACAAAAGGTGGTTAAGTAGCATTAT
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TTGTAATGGGTGCTGCATTTGCACATTGCATTAAGTTATGATGAGACGAATTGTTGTTAAAAATTATAGCAAAAAGAAATGTAAACTTGGTTAAAATCCT
TTCACTCTTTGTATTGTTTTTTTTAAGGTTTTTATTCCTTAAATGTAAAATGACTACCTAATTTTTTGATGTAAATACATTAAATTCAAAGAGAAAAAAA
ATCAGCTGATGTAGCAGTATATCTTTTCCTTGATGGTTAAATATTGATCTAGTATTTATATTGCTGAATTATTTTCTGTGGAGGACCAGATAAGCAGTAA
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TCAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTGTATCTGTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTGGCCAGGAT
GGTCTCAAACTCCTGACCTCCTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGTTTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAAATTGAGGTATTTT
TTGCCCTACGTTTTAAGGACTAGACTTTTGAAGTATTTTATAGTCTAGAGGTCTCAAGTAATATATATGTGTTTAATATTTTTAGAGCCAATTGATACCA
CAATTAGATAGGAGTAGTGAGAATAATATGGAATTACTTGGTTTGAAGTAGTTAAAAATTGGATATGGTTATATCTGAGCTGTAGTCATATTATCTCAAG
AAAAATAATACGAGGATTTAACATAAGATTTGTTCTATTAATGCCCAAATTTGGCTTTCCTCTACTATCCCCCATAGAGAACCACTAACAAGTGGATGTC
TAATATTCCTCTGGTGAGTTGAAGGCAGGAGAAGTTGAGAATCATTAGTTTCAATGAGTATCCAGGTGACCTATCCTGGCCCTCTACTCAGAAACCGGCA
ATTTGTCTTCACTCTGAGATTCATTAAATTGCTGTTGTATAACTGATGGTTATTATGAACACTGACCTGTGAGACATATGGAAGATAAAGTTTGGTCTTA
CAGGAAATCTTGAGGAGAGTCAAAAGAGAAATGGGAGATGTCTCTTGAGAGGTGATCAGAGAAGTTTATGCTCACTGTCTGATGCAAATGTCTGGTCTAT
TTGTTAGTAAATAACAGGGAAATCATTTTCACTTTTTGTTAAAAATAAGGTATTTACAAGCATACCTTGTAGTTATTGTGGGTTCAGTTTCAGACCACTG
CAATAAAGTGAATATCTCAATAAAGTGAGTCACATGAAGTTTTTTGGTTTTCCCCTGCATATAAAAGTTACATTTACACCATCCTGTAGTCTATTAAGTG
TGCAGTAGCATTATGGCTAAAAAAAAAAAACACCCAATATACCTATCTTAATTAAAGAATTATTTATTGCTGAAAAA

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 4
5 nts: 1
6 nts: 2
8 nts: 2

Tetra-loop variants:

AAAU    1
AACU    1
CUAU    1
AAAC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 2
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 2
C x C bulge: 0