Annotated gene sequence

CGCACGCAGGCATATAAACGTAGGTTTTTGATGCTCCTCTGCCTGTTGACCCCGCTATTTTCATGTTTCCAACAGGTTTTTCTTCCCCCAGTCCCTCAGC
TGCTGCTGCTGCTCAGGAGGTCAGATCTGCCACTGATGGTAATACCAGCACCACTCCGCCCACCTCTGCCAAGAAGAGAAAGTTAAACAGCAGCAGCAGT
AGCAGCAGTAACAGTAGTAACGAGAGAGAAGACTTTGATTCCACCTCTTCCTCCTCTTCCACTCCTCCTTTACAACCCAGGGATTCGGCATCCCCTTCAA
CCTCGTCCTTCTGCCTGGGGGTTTCAGTGGCTGCTTCCAGCCACGTACCGATACAGAAGAAGCTGCGTTTTGAAGACACCCTGGAGTTTGTAGGGTTTGA
TGCGAAGATGGCTGAGGAATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCATCTTCACCAACTGCTGCAACATCTCAGCAGCAGCAACTTAAAAATAAGAGTATATTAATC
TCTTCTGTGGCTTCGGTGCATCATGCAAACGGCCTAGCCAAATCTTCTACCACCGTCTCTAGCTTTGCTAACAGCAAACCTGGCTCTGCTAAGAAGTTAG
TGATCAAGAACTTTAAAGATAAGCCTAAATTACCAGAAAACTACACAGATGAAACCTGGCAAAAACTGAAAGAAGCAGTGGAAGCTATTCAGAATAGTAC
TTCAATTAAGTACAATTTAGAAGAACTCTACCAGGCTGTAGAAAATCTCTGTTCTTACAAGATTTCTGCAAACTTGTACAAACAGCTGAGACAGATCTGC
GAAGATCACATCAAAGCACAGATTCATCAATTCAGAGAGGATTCATTGGATAGCGTTCTTTTTTTAAAGAAGATTGATAGATGCTGGCAAAACCATTGCA
GACAAATGATCATGATCAGGAGCATTTTTTTGTTTCTGGATAGAACTTACGTTCTTCAGAATTCAATGCTACCCTCCATTTGGGACATGGGACTGGAGTT
ATTTAGGGCTCATATTATAAGTGATCAGAAAGTGCAGAATAAGACAATTGATGGCATTCTTCTCTTGATTGAGAGGGAAAGGAATGGTGAAGCAATTGAT
AGAAGTTTACTTCGAAGCCTTTTAAGCATGCTGTCTGATTTGCAAATTTATCAAGATTCTTTTGAACAACGATTTTTGGAAGAAACTAACCGGCTCTATG
CAGCTGAAGGCCAAAAATTAATGCAAGAAAGAGAGGTTCCTGAATATCTACATCATGTTAACAAACGTCTAGAAGAAGAAGCAGACAGACTTATTACTTA
CTTAGATCAGACCACCCAGAAGTCATTAATTGCTACTGTAGAAAAACAACTTCTAGGTGAACACTTAACAGCAATTCTTCAGAAAGGTTTAAATAACCTC
CTTGATGAAAACCGAATTCAAGATTTGTCTCTTCTGTATCAGCTCTTCAGTAGAGTTCGAGGTGGAGTTCAGGTTCTTTTGCAGCAGTGGATCGAATATA
TCAAGGCATTTGGCAGCACTATTGTAATTAATCCTGAAAAAGATAAAACCATGGTTCAAGAATTGCTGGATTTTAAAGATAAGGTTGACCATATAATTGA
TATCTGCTTTCTGAAGAATGAGAAATTTATCAATGCCATGAAAGAAGCATTTGAAACGTTCATTAACAAAAGACCAAATAAACCAGCTGAACTTATAGCT
AAGTATGTAGATTCAAAACTTCGTGCAGGCAACAAAGAAGCTACAGATGAAGAACTTGAGAAAATGTTGGATAAAATTATGATCATATTTAGATTTATCT
ATGGCAAGGATGTTTTTGAGGCCTTCTATAAGAAAGATTTAGCCAAGCGCCTGTTAGTCGGAAAGAGTGCATCTGTAGATGCTGAAAAATCAATGCTGTC
CAAACTTAAACATGAATGCGGAGCTGCTTTCACCAGCAAACTTGAAGGAATGTTTAAAGACATGGAACTTTCTAAAGACATCATGATTCAGTTCAAACAG
TATATGCAGAATCAGAATGTTCCGGGAAATATTGAGTTAACTGTGAATATCCTGACAATGGGCTATTGGCCGACATATGTGCCTATGGAAGTTCATTTAC
CACCAGAGATGGTAAAACTTCAGGAGATTTTCAAGACATTTTACCTAGGCAAACATAGTGGCAGGAAACTTCAGTGGCAGTCAACCCTAGGACACTGTGT
GTTAAAAGCAGAATTTAAAGAGGGTAAAAAGGAACTCCAGGTCTCTCTTTTTCAAACACTGGTGCTGCTAATGTTTAATGAGGGAGAGGAGTTCAGTTTA
GAAGAGATCAAGCAGGCAACTGGAATAGAGGATGGAGAGTTAAGGAGAACACTGCAGTCATTAGCCTGTGGCAAAGCTAGAGTTCTGGCGAAAAATCCAA
AGGGCAAAGACATTGAAGATGGTGACAAGTTCATTTGTAATGATGATTTCAAACATAAACTTTTCAGGATAAAGATCAATCAAATCCAGATGAAAGAAAC
GGTTGAAGAACAAGCAAGCACTACAGAAAGAGTATTTCAAGACAGACAGTATCAAATTGATGCTGCAATTGTTCGAATTATGAAGATGAGAAAGACACTT
AGCCACAATCTCCTTGTTTCAGAAGTGTACAACCAGTTGAAATTTCCAGTAAAGCCTGCTGATCTTAAGAAGAGAATAGAATCTTTAATTGACCGGGACT
ACATGGAAAGAGATAAAGAAAATCCAAACCAGTACAACTATATTGCATAGAATGTTGGCCTTGCAGCATTTGGTGTCATATGCAGTAGCCAGTGGATAAA
CTAACCTGTTGATTCAATATTATTTGACTCCTTTTTTACTACCGATGACCAAATGAAGCAGTGTAATTAATGGAAATAGTTGAGTGGACTTTTTCTCAGT
GGTTAACATGCCCATTTTAAAGAGTAATACTTACCTTTAAGAAGAATGTTGTTGAACTCTTTGCATGTTATTTAGTATGATGTGCAGAAAACACTTAAGA
ACGTACCTGGTCTTCATGAATTCCTCTTTGGAACTGGGAAAGAGATCCCTGTGGCTATTAAAAAGGGGGGAGGGTTCTTACACACCATTAATTATGAAGC
AAAAGGTTTATTTGCTTAAAATGTCATTTAAAGATACTTAAACTGCATGCAAACTTTATTTACTGTACAGAGTTCTGGATGTATTTATCAAATAGAAAAA
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CTGAAAGGGATGTTTTTTAAAAAAAATTATTTGGAAACAAGTTTTCAAGTAGGGGGACAGTTGCTTACATAATATCTTGTATATTCACATCCTAAAAATT
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TTGTAGATTGTTACAGGCTTCCTAGGATTTAGCATTCCTATTTTCTCTACCAAAGTTTTTTTTAGAAGCATCCCAACTCTTCTCTTTGTTGATAAATAAG
CCTTTCCTGTCATCTTCATTTTAACTTGCTAAAACCCTAGATACAAAGGTCCTCCCTCATTTTTCCCACAGAGCCCCTGTTTGGGAATTTGAGATTCTGT
GTCATGCTGGTTTTCCTTTCAGAATTGCTTGAAATCGAGTTCTCTTAGCCACTGGACACCTAGTTTTCAGGAGAATGTCCCAAGATTGTTTATATATACA
AAATGGCAAAAGTACTGTTTTTCGAATTGATAATTCAAGCAAAGGCTTCTCTTTACTGTCACTGATTTTTTTTTGTTTTTATTTTGTTTCCTTGTTTCTA
TTTCCTTGAAGCTTTGAAGGGAGGAGAAGCAGAAAATTTTGTTTATGTTTGTTAAAAATCAGAACTACTTAATGCTTTTTGCCACAGCATATTTCCTTGC
CTGTTGGAGCCGTTAGGAAGATTACCTATGTCCTAATCTTCAACCTGAGAAGATTTTTGACTCTTGTGTCTACTGTTGATTGTTTGCTTGAGTTCTCAAA
GACCTGTGGCCAGGTATTTTAAAAAGTCGTCTATTTCTTTCTAGTTGCATCAACTTGCACACTGGTGTCTAACTATATGTGGTATTCGGAACTTGTAATT
CTTATTGAGCAGCCATTGCCTATATTTTCTCAGCTCCTCACTGATTTCTTTATATGAGCTCAGCTGACAAGCAAATGCAGCTATTTTGTTTACCCTCTCT
TCATACCGGACCATCAACAACAGTGTTCTAACTCATCCCTGATGGTCTGTGAGATGTAGACTATTACACAAGATTCAAGTTACTCGTAAGCAACTTTTAG
ATAGAGTTGGTCCTGTTAGGAGGAGACTCTTGATGTCACCTTCAGTATCTTGAAAGCGGGTCCCCTCCCCGAGGCTCTTAATTCTTTGAAAACTTGATGC
TGTTTCAGCTGAAAAATTAGCAAGACTGTTAAAAAAAAAAAGTTGAGGGGAGCTGTTTAAGAAACTGAAAAGTAATTGCAAACTACATTGGATAATTGTG
ACTTTCAGTTGTTGTTCTGTATCAGTTGAATTTTTGTGCTCTTTTCCCTGTGTACGTGGTGGTTCTATTTTTCTCCAATAAAACTTTTATTTAAAAAAAG
TT

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 5
5 nts: 4
6 nts: 3
7 nts: 1
8 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

AGAC    1
AUUG    1
CAAG    1
UUUA    1
GUUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 3
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 2
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0