Annotated gene sequence

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AATTGGGAAAATAAGAATATACAATAAGGTAAGTATTTATAACCTGTCAGTATCAAATGGGAATAATACATCCAAAACAGACCACATTATTACAAGCATC
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CTCTTTTTCCAACCTAATCAAATAACGCAGTGTGGCTTTTGTTCATTATAACAACGCGCTCTTTAGGCAACTTTTTTTCAAGCCTTCTGTCACCATTTTA
TTTTTTCAAGTAAGTTAAGTAATAATTGTTCAGAATTGTGGGAAAAAAGATTACTTGGGGGAAAATACTGTATCACTTTATTTGCATATTAGGTTCAGAA
GCTGCCAGCAGACAGGGTACAGAGGGTACAGCACAGATGTAACAGTTGCTGAATAAATGAATGAGAAACCTCATACACAGTAGTACGTATTATACAAATA
GTAACAGGTACACATAGTCACAGGTACTGCATAACAAATGCAATCTTGTTCTCATTATTTATTAGTTTACAGACAATTAATTTATTCAGTATTGTGCTGG
AAGAATCTTTGTGGAATATGTTTACCAACTTATCACTTACCTTCCAGCTATCAGTTCATGCTGCTAAGAAAAAACAATGATGGAATATTTTTGTGTGTGT
GACCTCTACATTTAATTTGATATCAGGCATAGTCACTTGGTCGTTAAAAACTGAAACTTTACAGTTCCACCAGCTAATTACATCTGCTATTTCTGCTTCA
CAGATATGCTTTGAGTTGCTTTGGCTTTGTCTTCCTTTGTAAATACTCTTGTACTTTCTTTTCCTTGTAAACATCTCGTTTGCAGTTTTGGGAGACGACT
TTGCAACTCTGTATAGTGTTTATATATATATGTATATCTATATATATCTGACTTGCCTTTCCATACAGCTACTCACAATAAATGTGTTCATGTAAA

Loop counts:

3 nts: 5
4 nts: 10
5 nts: 4
6 nts: 7
7 nts: 1
8 nts: 4
10 nts: 2

Tetra-loop variants:

UUAA    1
GCAC    1
CAAU    1
GAAA    1
CAUU    1
UUCG    1
AAAG    1
UACC    1
UCAU    1
UCUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 1
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 1
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0