Annotated gene sequence

GGAATCGTCATCTTCTTCCCTCGGCCCCAACTAGTAGACCACGACCAGAAGACACATCCTAACCTACACCTACCGTAGTGTCACACCCGGCACAGCGCGA
CCAGGTCCACCAACTGCGCCTGCGCGAACCGGCCGCTCCCGCGACATCACAGGAAGGCTGAGAGAAAGGGCAGGTCCCCGCTGCGTGGGGCTGGGCTTAA
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AACAAGCATATCAAAAGGAGTGTTTCGTCACCTTTTTCCTCTTACCCTTTACATCCTTTTAGCAATAAAGTGTTCAGAACAAACTGGTTTTCCTTTACTG
TGCTTTGCAAAACTTATTCATGTTTTATTGGGTGACTTTGTATTTACACTTTCCTCAGATAGTCTGTTGTCAGATGACTTTGACCAATGATTGGGAGGAA
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AATATTTCTAGTTATTTTGTTCAATGTGACTGATAAAAGTTTATATTGGAATAGCTGTGAAATGGAAA

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 4
5 nts: 3
7 nts: 2
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

GUUG    1
AAAG    1
UUUU    1
AGGA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 1
A x 0 bulge: 2
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0