Annotated gene sequence

GGGTGGCCCAAAATGGAGAACGCGGAGCAGCGCAAGATGGAGGCTCCGCTTCTCTGTGTAGCAGTAGATTTAGGTTCCTTTTCTCCGGCAGGCTCCTAAG
CCTAGGAGAGCCCGAACTGGAGCGCGTGGTGGGGGAACTGCTGGGGAAGGCGATTGGCATCGATCTCTCCATCCCTTCCGAGGCCCGACTTCGGAATTGT
CTTAGAAGAAAGAAGGCAAGCCACCATTTTACCCACGTAAATATATGAATATATTTCTGACATTGAGGTGTTCCAGAAGATGATAAAGAAATGATAGCAG
CTCCAGAAATACCAACTGATTTTAATCTACTACAGGAGTCAGAAACACATTTTTCTTCTGACACAGATTTTGAAGATATCGAAGGAAAAAACCAAAAGCA
AGGCAAAGGCAAAACTTGTAAAAAAGGCAAAAAGGGCCCAGCAGAAAAGGGCAAAGGTGGAAATGGAGGAGGAAAACCTCCTTCTGGTCCAAACCGAATG
AATGGTCATCACCAACAGAATGGAGTGGAAAACATGATGTTGTTTGAAGTTGTTAAAATGGGCAAGAGTGCTATGCAGTCGGTGGTAGATGATTGGATAG
AATCATACAAGCATGACCGAGATATAGCACTTCTTGACCTTATCAACTTTTTTATTCAGTGTTCAGGCTGTAAAGGAGTTGTCACAGCAGAAATGTTTAG
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TTCAAATCCAGTTTTTGTGAATTCATTGGCGTGTTAGTACGGCAATGTCAATATAGTATCATATATGATGAGTATATGATGGATACAGTCATTTCACTTC
TTACAGGATTGTCTGACTCACAAGTCAGAGCATTTCGACATACAAGCACCCTGGCAGCTATGAAGTTGATGACAGCTTTGGTGAATGTGGCACTAAATCT
TAGCATTAATATGGATAATACACAAAGACAATATGAAGCAGAACGGAATAAAATGATTGGAAAACGAGCCAATGAGAGGCTAGAACTCCTGCTACAAAAG
CGGAAAGAGCTTCAGGAAAATCAAGATGAAATAGAAAATATGATGAATGCAATATTTAAAGGAGTGTTTGTACATAGATACCGTGATGCGATAGCTGAAA
TTCGAGCTATTTGCATTGAAGAGATTGGCATTTGGATGAAGATGTATAGTGATGCCTTTCTTAATGACAGTTATTTAAAATATGTTGGTTGGACTATGCA
TGATAAGCAAGGTGAAGTAAGACTCAAATGTCTTACTGCTCTACAAGGGCTTTATTATAACAAAGAGCTTAATTCCAAACTGGAACTTTTTACCAGTCGG
TTCAAGGATAGAATTGTGTCTATGACCCTTGACAAAGAATATGATGTTGCAGTACAAGCAATAAAATTACTCACTCTTGTTTTACAGAGTAGTGAAGAAG
TTCTCACTGCAGAAGATTGTGAAAATGTCTATCATCTGGTTTATTCAGCTCACCGGCCAGTAGCAGTAGCAGCTGGAGAATTTCTCTACAAAAAGCTCTT
CAGTCGTAGAGATCCAGAGGAGGATGGAATGATGAAAAGAAGAGGAAGACAAGGTCCAAATGCCAACCTTGTTAAGACATTGGTTTTTTTCTTTCTAGAA
AGTGAGTTACATGAGCATGCAGCATACCTTGTGGATAGCATGTGGGACTGTGCTACTGAGCTGCTGAAAGACTGGGAATGTATGAATAGCTTGTTACTGG
AAGAGCCACTTAGTGGAGAGGAAGCACTAACAGATAGGCAAGAGAGTGCTCTGATTGAAATAATGCTTTGTACCATTAGACAAGCGGCTGAATGTCATCC
TCCCGTGGGAAGAGGGACAGGAAAAAGGGTGCTTACAGCAAAGGAGAAGAAGACACAGTTGGATGATAGGACAAAAATCACTGAGCTTTTTGCCGTGGCC
CTTCCTCAGTTATTAGCAAAATACTCTGTAGATGCAGAAAAGGTGACTAACTTGTTGCAGTTGCCTCAGTACTTTGATTTGGAAATATATACCACTGGAC
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TGCACTCTGTAATGAAGAGTTCACAATCTTCAACAGAGTAGATATTTCAAGAAGTCAACTGATAGATGAATTGGCAGATAAATTTAACCGGCTTCTTGAA
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CAAAGTGGGATTTATTTGCTTGTAATTACAAACTCTTGAAAACTGGAATCGAAAATGGAGACATGCCTGAGCAGATTGTTATTCACGCACTGCAGTGTAC
TCACTATGTAATCCTTTGGCAACTTGCTAAGATAACTGAAAGCAGCTCTACAAAGGAGGACTTGCTGCGTTTAAAGAAACAAATGAGAGTATTTTGTCAG
ATATGTCAACATTACCTGACCAACGTGAATACTACTGTTAAGGAACAGGCCTTCACTATTCTGTGTGATATTTTGATGATCTTCAGCCATCAGATTATGT
CAGGAGGGCGTGACATGTTAGAGCCATTAGTGTATACCCCTGATTCTTCATTGCAGTCTGAGTTGCTCAGCTTTATTTTGGATCATGTCTTCATTGAACA
GGATGATGATAATAATAGTGCAGATGGTCAGCAAGAGGATGAAGCCAGTAAAATTGAAGCTCTGCACAAGAGAAGAAATTTACTTGCAGCATTTTGTAAG
CTAATTGTATATACTGTGGTGGAGATGAATACAGCTGCAGATATCTTCAAACAGTATATGAAGTATTATAATGACTATGGAGATATCATCAAAGAAACAA
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GTGAATTTTCTTCTAAACTACTTCGACAAGACAAAAGAACAGTGTATGTTTACTTGGAAAAGTTCATGACCTTTCAGATGTCACTCCGAAGAGAGGATGT
GTGGCTTCCACTGATGTCTTACCGAAATTCTTTGCTAGCTGGTGGTGATGATGACACCATGTCAGTCATTAGTGGAATCAGCAGCCGGGGGTCAACAGTA
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CTTCATGAGTGTTTATCCAATGCAGACTGAACATCATCAAACACCTCTTGATTATAATCGGCGTGGCACAAGCCTAATGGAAGATGATGAAGAGCCAATT
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TAAATCTGTGGTGAAGTCATTTTCTAAGTGGAAGAGGAAATTTTAAAGTGTGGTAGATACAGTGAAATTCTGTACAGATTTTTCTCTAAGGAGAATATGA
CATGCTTATGCTTACCAAGATCAAGTGCATTGAGGGGCAGTTTTGTTTGCCTGAATAAACGTAAAGGACAAGTAAACAATTTGATGATAAGCTACAGTTT
TTCTTAGAAAGTAAATATTTTATTTATGCGCTGTTAGTTGGCTTTTGAATCGATTATTTCATGCTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAACAAAATAACAATC
TGAAGAGGCATTTGGTACAGATATGAATTCTCTTACATTTATTTACTGGTTGTACTAAATAATGATGACCTCTGCTGGATTTCTGTTTACATCCAGAAAA
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AAGAGCTTCTCTATACTTTTCAGAAATATCCAGATGCAGTGAACTGCCAGAAGGTAACCAGTCTCAAACATGCTTATCCCATTATCAACCCTGAAAGTTT
GCTTGTCCTTTAAGATAAAAATGTAATGTTGTGATATTCCTTCCAGTAATGCCACTGTATTTTGTCTCCAAATAAAAGAAGCTTATTGTAGTATGTTTGC
AGAAAAATTCTAAACAAAAATTATACAGCTTATTAGAGTGTGGGAATAGGGATCTAAATTTTAAATAAAATTATATATATATATAAATTGGTGCTGATTT
TATAATTGCGCAGTTTGTTTAGTTTTTTCTTACTTTTAAATTCCAACTTAAAATTATGAGGTTTCAGAAATATATTGAAAGTTTAACAATGTTTAAAAAT
AGAAAAGCATGAGTGTTCATGCTTTAAAATGATTTTTAAATTTGTATTTTATATTGTTTTATCTATCTGTCTTTGCAAGCAGTCTTCAGGTTAAAGATAC
TTCTAACAGGTTACAGTACATTTCCTCTGTATGTAAATTAGATGGGATAATAGAATTCATAACCCATAATATTCTTTGAAAGCTAAGCTTTAAACTTCAT
TTTATGTCCTTTCACAAATAAATTAGTTTAAAACAGAAAGTGGCTACTTGCCATTTTGACATCAACTCATTTTGCGAGGCTTAGGCAGCTAGACATCGTT
TAAAACAAAATATTAACTTATATTACATGTGTATCTATCTATTGTCAGTCGTCTCTCAGTTCTTGAGGTATATTATTTTAATCATTCCATGCCTTAATAT
GCTTGCAATACAAGAATATCTTCAGATGGGTGAATACCAAAAGGCTTTCAGTTTTTAGTCAGAAATCAAGCATTGGGCTGTGGTAGCCAAAAACCATAGG
TTAGCTAAAAAGATCATGATACAATTATTTTATTAAGTCATGGTTAATAACAAATGAATCCAGACTTGTCTAACAGATTTTCCATCAACAAATATTGTTA
TGTGCAAAAGTATTGCCTATGTTGTTTTACACACCACTGCATTAACTAGAACTGCTGAGAGGACTGTATATATGATTTTAAACCTAAGTTGATTTTTTTT
CTCACTCTTGAAAGGAGTACTTCTTTGTGAAAGCAGTTCTTACAGCTTTGTTTTCAACCAGCTAAAAATGTTTTATATATTACTCTAACCTGTTGTCCTC
CACATTCTATTGTCCTAATTGTACTGTTTTCTGATTTGTATTTATGTCTTGAGACAGTAACTTTTTGAATAAAAATAAACCTACAGTATGTTGTATGTTT
TCTCTTGTACTCAAAGGGGGAGGGTGGCTATAAATGGTTTGCAAATTTATATCTATTATCACATCTTTTAATGTGTTTGGGGAATAATTTATAGAGAATA
CCATCAGTTTATATTTTTAATAAATCATATGTATTTACAATGAAA

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 3
5 nts: 1
6 nts: 3
7 nts: 1
8 nts: 1
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

UUAA    1
AUAU    1
GUGU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0