Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CCTCCTCCCGCTCCCCGCAGGGGTGGAGCCTGAGCGAGGAGCCCGCGAGCTCTCCTCTCTCCTCTGTCTCCGCGGATGACGAGTGGCTGGATAACATGGA
GTCGGGCAAGATGGCGCCTCCCAAGAACGCTCCGAGAGATGCCTTGGTGATGGCACAGATCCTGAAGGATATGGGAATCACAGAGTATGAACCAAGGGTT
ATAAATCAAATGTTGGAATTTGCTTTCCGTTATGTGACTACAATTCTGGATGATGCAAAAATTTATTCGAGCCATGCTAAGAAACCTAATGTTGATGCAG
ATGATGTGAGACTGGCAATCCAGTGTCGTGCTGACCAATCTTTTACCTCTCCTCCCCCAAGAGATTTTTTACTGGATATCGCAAGGCAGAAAAATCAAAC
CCCTTTGCCACTGATTAAGCCATATGCAGGACCTAGACTGCCACCTGATAGATACTGCTTAACAGCTCCAAACTATAGGCTGAAGTCCTTAATTAAAAAG
GGACCTAACCAAGGGAGACTAGTTCCACGATTAAGTGTTGGTGCTGTTAGTAGCAAACCTACTACTCCTACTATAGCAACCCCACAAACGGTGTCTGTCC
CAAATAAAGTTGCAACTCCAATGTCAGTGACAAGCCAAAGATTTACGGTGCAGATTCCACCTTCTCAGTCCACACCTGTCAAACCAGTTCCTGCAACAAC
TGCAGTTCAAAATGTTCTGATTAATCCTTCAATGATTGGGCCCAAAAATATTCTTATTACCACCAACATGGTTTCGTCACAGAACACAGCCAATGAAGCA
AACCCACTGAAGAGAAAACATGAAGATGATGATGACAATGATATTATGTAAGGAATATAGTCTAGTCTAGATGCATTTCAAAAGGAAAGTTGGTTTTGAG
CCCAGTATACTGAACTAGAATATTCTAGATCTTGTTTTACCTTAAAAGACTGAAATGTAGCTGCAGTATTTTTCGTCAGTTAAAACTGTTAGATCTCTTT
AGTAAACATACAAATGTGTTTTTCAGTAGGCTTCAATTACAAACAGTTAAGTACTTGTTTCTTAATAGTTTCATTAATGTTGAGTCCTAATATGGCAATT
CTGTTTTTGAGACACTTTTCTGCCTTCTATCACTGATAGTAGCATTTAAGTTTCAGATTCTACAGCCTAGTCAGCAGATTTATCTTTGACAGCATAATTT
CTGATCTACATTTAAATACTACTTTATTTTATAAGGTAATATAGTTACTTACTGTCACTAGCTAATTTTTTTTTTTTTACCAAATCTCTCAATATAGGAA
ACATTTTTTGGAAAGGATGGATTTAGAGGAGAGATTCTAAATCCATTTTGGATGTATTTGTTTCTTTGACTTCCTTAACTTCCAAACTCAACTCCCTTTC
TAGATCCCATTCATTTTCTGCACCTCCCCCATAGGCTTGTTTCTCTCCATTGCTATTAAATGTAGAAGGCCATACCTGGAATTTTAAAAATATTATTCCT
GGTAATACAGCTCAGTGTCATTTTCCTATTTTTAAAACATGCTCTACATGCCTAATGTTTTGTGATTCACTTTAACCTGATGGTTTGCATTTGCTGTTTT
TCACTCTTATGTCAGAGCAGTTGGGTTTTACCCCTTAGTTTTTATGCCTGTTAAGCTTTACTGTGCTTTTGACAGGTAGTTTTGGGTCAGTTATATTCAG
TTTTAGTATTGTATTCCAAGTTGATAACTCTTCCATGTTTCACATTTCTAAATTTAACAGAGATGCTGTAGCTTAAAACATGTTTTGATAAGTAATTACA
CTGGACCTAGGCAAAACCACTGAAGAACAAGTGTTCCTTTTTACCACATACATATTATGTTTTGATCACTGCTGCTTGAGCCCCGCTATTGGTATAATTC
AGATCATTTTAGCTTGTTGCTGAGGATGTCACATATAAGACAGGATCAAACCTGAAAGACACTAATGGTTCATCCTCTATAAGGCCAACAAAGAAAACAA
ATTAATGTGATGTAACTTGCATTTATGTGCACTCTGCATAGGTTTCCCAATAATACTGTAATGTTGCTGAACACCTTTCCCTGTTTTCCATTTATACACA
TATTAAAGTCATATTGGGAAAGATGGCAAAGCTTTTGAGAATATAAACACACCTGTTTTGTTTTTCTTAAGTTCAACATACTTTTGTAGAATTTGTAAAA
TAAATGTTCGTATCATAATTGAGAATTTATAGCCAAGGATCCTCAAAACAGAAGTTTCATCTTAGGATAGTGTTTGATATATCTAAGAAAGTCCAGTAAC
AGAGAAGAAATGTCTCAAATGTCTCGTATCAGTTTTAGTGTTTTTCAGTATTAGGGAAAGGTAATATAAAAACAGGTAAAATGTATAAAAATAGACCTGA
TCAACATCATAGGAGATAAATATTCATTATATAGCATAGGATATTATTACTTGAATGTTCTCAGGGAGGCAGCAAGTCAGAAGGCCTAGGTTCTAGTCCT
AGCTCCATCATTTACCAACTGTGTGACCTTACTTCACCTCTTAGCCTTGTTCTCCTCACTAGCAGTAGGAAAGTAACACCTACCCTGCCTACCTCACAGG
GCTGTTGTGAGGGTTCAATTGGTATATGTGAAAATTCTTTCAGAATTGTAAAATGCTATATGACTGTAAGGAATTATTGCATTTGTTCCAAGGTTAATAA
AAATTTGAGCTTA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 5
6 nts: 3
7 nts: 3
8 nts: 1
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

AUAU    1
CAAA    1
AUUC    1
UUUA    1
UGAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 2

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 2
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0