Annotated gene sequence
Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3
RefSeq = hg38
Cell = HEK293T
Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure
loop
bulge/internal loop
no SHAPE data
coding sequence
CTCTTGACCCCACCTACACTACGACGACGGACGCTCGAGAACGCTGCACCGCGCCCCGCAGGAAGTGCTTCCCTGGGCGGAAGCTTCTGAGCGTGATATA
GCGGAAGTGCCTTCTCTTCCGGTCTTTCTGGTCTCGGCCGCAGAAGCGAGATGACGAAGGGAACGTCATCGTTTGGAAAGCGTCGCAATAAGACGCACAC
GTTGTGCCGCCGCTGTGGCTCTAAGGCCTACCACCTTCAGAAGTCGACCTGTGGCAAATGTGGCTACCCTGCCAAGCGCAAGAGAAAGTATAACTGGAGT
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TGAGCTGCAGAGGCCTCACCTCTAATTGAGACACAATTATATATTGTTGATATATATATATATATATATACACACACACACACACACTATGATGGATAAA
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TCTCAAAGTAAGATTTGGGGAGATGTCCATTGGAGACAGAAGTGGAGAGAGGGAGAAGTTCATTTGTTGACATATTTATGTATGGTGCACCTACTGTGTG
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AATGGGGAGTTTAGTTTAAAAGACAACACTAGATACTTTTGGAAGTTTACCTATTCTGTGGTTCCCTTTTATTGACTAAATGGTGCCCTTCATTCATGAA
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TCATGTATATACTGTATGTATGTTTGTGGAAGGTGACATAATAGACAATTGCAGATAGTGATAAGTGTGTAAGACAAGGATACCACGAGCGTAATAGACA
GTGGGGATGGAGGAACCTTTAGAAGGTTGGTTAAGTTGAATGATAAGGAGCCATTCTTTTGTCTTTACCTGAATGACTTATCATTCAGCCCTTTTTGAGT
TTTGGGTTGCTTGCAGAGTTTAACCTTGCCTGTAATTGAAACTTAATTTTGTAATAGCATAACTTCATGTAAGAAAAGCAAAGCAATACATTACAGAATT
ATTTTACTGAAGAACTTGTTTCAGAGAAAGAGGCTGTTTCACATTTATTAGCACATTTGGATTATATTTAGGTGTTTTATTTTTTTTTAAACAAAGGAGT
TTGGATCATAATACAAGAGAAGCACAGGGCAAAGACACTGCATAACCTCAAGAACTAAGAATGGAAGGACTGGCCAGGCCTGGTGGTGCACACCTGTAAT
CCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCGAGAGAATCGCTTGAGCCTGGGGGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGAGAACGGCGGGCGGCAGAGCGAGACTCCAT
CTCAAAAAAAAAAAAGGATAAAGGAAGGACTTAAGCAAAATCTTCCTTGTAAGTAGAAGGATGTTTTGACAAGAAAAGTTGCAATGGAAAAATGGTTCTC
ATGTACACGAGTATGTAGAATAAGCATCGTGTGTGGATTGGATTCAGATCAAAACATTGCTTTTATGTTTGTGTCTTTATACGGTGGGAGTATACCCTGG
TGCCCCAGGATGAAGACTTGACCTGACCCATGTATTTTTAGATTACTCACAGATAACAAAAAGTATTTTCATCATGATTAGTTGCGAAAACAGTTTTATT
TCAATAGGTAAAACGTGCAGTCCTATGTAATCGTCAGAAGGTAATCTTAATTATAGCTTGGGTGTGCTTTAAACTGCAAGCTGGCAGTGGAGGGCACGAT
TCCTCTGATTTCAGCTTTCTCCTTATACTTTTCTGGAGCTGTGAGCTGCAAGTTAACTCAGTGGGATTAAAGTGTAGACTGGAGGTACAAAAGGTGAGGA
GTGAGGAGATAGGGTAGTTCTTCCTTGGCTGGCTGGCTTCATAATCCCTGGGCCCCGCAGATAATTAAATCGACTTTTTCTGTCTCAGGCATTTGTATGA
CCTCTTTGGAGGTTCCCTGCTGGGTAGTTATCCTTGTATCTGATGGACCCATCTCAATTTAAAATACTCTGCCAGGTTCGGAGGTTCATGCTTGTCATCC
CAGCACTTTGGGAGGCTCAGAGGTGCCATTGGCTTGAGCCCAAGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACCTGGTGAAACCTCTTCTCCATTAAAAATACAAA
AAATTAGCCAGGCATGGTGGTATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGGAGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAAC
CTTGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAAAGACCCTGTCTCAAGAAAAGTCTGTAATTCTTTCCTAACCCTTAGTATCCAGCCTCAGTCCTGA
GGTTTTCTTTACCTCTGGGGGCTATTTTATGCCGGCTCTCTCCTGAGTGTCACACATCTGGTCCTCAGGAAACATTCTCACATCCCTGGCCTGAAAAAAA
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TTCCTTTCACTGGGTTTCAAAGTAGAAGGTAGTAACTCCTTTGTCCAAGAAGGCTGAATTGAGCACTTAACAATTCTCCAAAGAAATTTCTTCATTGGTC
TCTATCCTAGACCCCTTCTGTATCCTTGATATGGCTGAGGATTCTAAAAAATGACCAGTCTTACATGGGAGGGCTGGGATATAAAAAATAAAATAATAAA
TAATGATAAAAACTGAAAACTGACCACGTTCTTGGATATGTTTTCTTTGGGTTGTGTGTGTGTGTGAGACTTTTGATAGTTACCCAAAGTAGGAAAAATC
CCATTCTAATAAGGTTATATTTATGTAGCTCTGCAAATAAACATCTAGCAAATGTAAAAAGTATTTTCTTTGCCTTAAAAATGATTAAAATTATTTGAAC
TCCTGAGGAGTGTTATATGAATAAAATTAGTAAGTTATTTGGAGGAAAGTTATTTTTTAAAAAGACAACTGGTAAAACAGTACAGGAGAAAGGCCAGCTT
CCTCAAGTGAGGACAGTTGTTTAGAATTGACTGAGGAGCGGCCGGGTGCGGAGGCTCACATCTGTAATCCCACACGCCTTGGGAGGCTCTGAGGCGGGTA
GATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCCACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGCAGTGGCACACACC
TGTAATCCCAGCTACTCCGAAGGCTGAGGCAGGAGGATCACCTGAGCCCAGGAAGTTGAGACTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTC
AGTGACAGCGAGACTGTCTCAAAAAAAGAAAAAAGTGACTGAGGAGGAAGAGGCCAGGTGGCAAATGGAACAGAATCACCAAAGGGTGAACAGGACTAAG
GCAATGTAGTGTATGGCTCAGCTACGTCAGAGTGGAAAAGGTGTTATTAGAGCAGAAACTATGGTCCCTGCGTCACAGGGAAGCAACCTACAGAGAAGCA
GCAGCTCCCCAAGAGAGGAGAGATAAGAAGCCAGAAGCCTCAGAGTGAACAATTGTCCTATTAGGGATTGCTCTAGAGAGAGAAACCTCTGGGAACGTAC
CCCTGTGAGGCAGCACAGCACAATGCTTTTAGAATTGTATGAGAGTTGATATATCTCCATTTGTTTTGCAAAGGCAAAAACTAAGATACAGAGATTATCT
GTTAAAGTTATGTATTTCTTTGGTAATAAAGATGCTGACAGTGTTGCTGGAATGCATTTCTTTAATAAAGATATTGTACAATGAAA