Annotated gene sequence
Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3
RefSeq = hg38
Cell = HEK293T
Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure
loop
bulge/internal loop
no SHAPE data
coding sequence
CTCTTGACCCCACCTACACTACGACGACGGACGCTCGAGAACGCTGCACCGCGCCCCGCAGGAAGTGCTTCCCTGGGCGGAAGCTTCTGAGCGTGATATA
GCGGAAGTGCCTTCTCTTCCGGTCTTTCTGGTCTCGGCCGCAGAAGCGAGATGACGAAGGGAACGTCATCGTTTGGAAAGCGTCGCAATAAGACGCACAC
GTTGTGCCGCCGCTGTGGCTCTAAGGCCTACCACCTTCAGAAGTCGACCTGTGGCAAATGTGGCTACCCTGCCAAGCGCAAGAGAAAGTATAACTGGAGT
GCCAAGGCTAAAAGACGAAATACCACCGGAACTGGTCGAATGAGGCACCTAAAAATTGTATACCGCAGATTCAGGCATGGATTCCGTGAAGGAACAACAC
CTAAACCCAAGAGGGCAGCTGTTGCAGCATCCAGTTCATCTTAAGAATGTCAACGATTAGTCATGCAATAAATGTTCTGGTTTTAAAAAATACATATCTG
GTTTTGGTAAGGTATTTTTAATCAATTAGGCTTGTAGTATCAGTGAAATACTGTAGGTTTAGGGACTGGGCTAGCTTCATATCAGATTTACTTGTTAAGT
GACTGTTTTGGAATGTTTACTTTTGGACTGGGTTTGTAACACGGTTAAAGGCAATGAGAAACAAGCAGAATTCCAGGAGTCCTTGAAGCAGAGGGCACTG
GAAGACAATATAGCAGATTAAAATAGCACAGCTCATGTGGCATAGGTGGGTATTTTAGATGTTTGAGTAAATTTGAAAGAGTATGATGTTTAAATTACCT
TTAGCAACATGTTCATCTGCTATGCTGTCATGACTAGGGGGATGATTATTAGTCACATAGAGCTTGGGAGTACCACTGGAAACGTATGGGTAGGAGTTTA
GGTGGCTTCTGTTTTTCAAAAGATGATCTTATCCTAGTATCTGTAATGCTCACTTGGCACACCTGACTTGTGGGCTGTGTGTAAGGTGGCTAGCTAAGTG
AAAAAAGCCTGCTAGGTGTGAGTCAACTTAAGAATATGTAAATAGGTTTGAGAAAAAGTAGGGCTTGGGTGCAAGTAAAGATTGAGCAGGAAATAAAGGA
AAATCAAGTATAATCCCTGAGATTTGTAGACTAAAGGCAATGATGTGGGACTACTTGGTCGAATTTTTTTAGCCCTCAACTTGGTAATTGGGTGTTTCTG
TGTTAAAGCACTGAAACTTGCTGTCGTGCCTTCCTAGTTTTCGTGGTTTATTGACAGGGTTGGGGGTTTTTTTTGTTTTTTTAAAATGAAGGGACAAAGT
CAACTGGACTGCTGAGTGAGAGGGCAGGGGCAGTTGAAGGGAACATGAATTGCTGGAACAGCTACATAAAATAGTGATGTAGCCAAGTCATGCTATTTAA
ATTATAATTCTCCACTGTGTTTAGAATAACATCTGAGGTTCTTAACCTGGCCTTGGAAGGGTATCACTTTTACTTGTAACCTGGAATGGCTTTATAATGT
GCTAGCTAATTGCTACTCTCATCTTGTATTTTAACTCCTAATTTACCCTTCAGGTCTCAGCTTCAGAACATTCACTTATAAAGAAACCCTGCTGATTAAA
TCTCTCTTGGGCTTCCTCCCGAAATGTGAGACTATACTTTAAAGATGTATGGTTAGAGTCCAATTGCCATTGCCTTTCTTGTTTACAGATAGTGCAATGG
CGCAATCCTGGCTCACTGCAGCCTCTAATTCCTGGGCTCAAGTCAAGTGGTTCTCCTGCCTCAGCCTTCTGAGTAGCTGGGACTACAGATGCACACCACC
ACACCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTTGTAGAGATGGAGATTCACTCGACTAATTCTTTTTGTATTCTTAGTAGAGACTGGGTTTCAACATGTTGACCAGG
CTGGTCTCGAACTCGACCTCGTGATCCGCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCACTCCCGGCTGTCATCATCAAATTTTC
AAGTGAAGATAGTCTGTTGAAGATTGAACAATGACCTTGAAAGACAGCTGAGTTGCTGTGGGTATAATGTAAAGCTGGTGAAGTTTGGCCAGTTTGGGCT
TCAGAAGTCTAAGTCTAGTGAAGGTACCCTGACCCCCATATAAACAACCCTTGAGGCCGGTGTGGTGGCTCACGGCTGTAATCCTGGCACTTTGGGAGGC
CGAGGTGGGCGGATCACAAGGTCAAGAGATCGAGATCACCCTGGCCCACATGGTGAGACCCCAACTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTG
GCATGTGCCTGTAGTCTTAGCTACTTGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGTGC
TCCAGCCTGGTGGCACAGTGAGACTCCACCTCAAAAAAAAAAAAAAATCCTTGAACTAATGACTCAAATTTTCAAATGAAACAAAATAAGCAGTGGATCT
TGCATTGGAGATGGAGTTAAACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGGACTCCTGGTTTCAAGTGATCCTCTCATCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA
GGGACGAGCCACCACACCCCACCTATTGTCTATATTTCTATCTTTAACAGCACTTCAGTCCTGCCTTAAGTTATAGTTATGTATAGATACCCATTATACT
TTAAATTTTTCAGCAGAAATTATGCTTTTATCTTCTCTGCAGTGTTATATGTTGGTGTGCAAAAATGTTAAATTTATTTTTCCTAAGTACCCCATCTGCT
TTTCAACTCTGTCCTCTGCCTGAAAAGCCTCCCTCCAGCCCCTACTTCCCTCCCATCTTAGTTCACAAAGTCAGGTTGATTTGCCCCCAGCTGTCAAAGC
AGACTACCTGTTTCCACATGTAACTGGTTATGTTCTGTAAAGTTACAAAAATAGAAAGGTTGAATCTGTGGCGGCCGGGTACGGTAGCTCACGTCCTATA
GTCGCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGTTCACGTGAGGTGGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATA
CAAAAATATTAGCCGGGCGTGGTGGTGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGACGGAGGTTGCGG
TGAGCTGCAGAGGCCTCACCTCTAATTGAGACACAATTATATATTGTTGATATATATATATATATATATACACACACACACACACACTATGATGGATAAA
TGCATGAGTTTCTGTGAGAGCATTGGAAAGGAGTTTGTCACTCAATAGGTGAAGCCAGGCTAAGATTTAAGCTGAGCCAGGGAGGACTTGAAGGAATCAT
GATGAGAGAGAAGGTAAGTGGCTTTGCCAGCAATGAAACAGCTGACATAATGGTAACCAGTCAGAGGAGGGCATAACTATGAAACTGGACACCTTGGTTG
TCAGGTTAGAAGGATGGGGTGTAGGGTTGGTAAGAAAAGAATTCAGGGAAGAGCAGCGATCAGATTATGAAGAATTTGTCTTGAGAAATTACAGAGGATT
TAAACCAGAATGTTAGGAATAGTTATTCTAGCAAGATGAATGTGGAAAGTGTTAGTGTGCATGTGATGAGTCTTGAAGCTGGAAACTAGGTAACAGGTTC
TTAAATAGTTCATGTGAAAATCATGACAGACTAAGGCAGTGGCTGTGGGGCTGTCCGGGAGTTCTCTACAGAAAACATCTAAAACTTGAATGTGCAAGTG
AGTAGCTAACTTCCAAGCTTCCCATTTCTGTATAATTTAAGCATGAAAATGAGAACACTGAGATTTGATAGGCATGTAGAAGTCAGAGTAAGCAAGAGGG
CTTGAGTTCATCGATGAACTTCAGTAACTATCCTTGACTTAGTATTGGTGGAAACCATTTGTGAATTTACAGACTCCAAAAACAAAAAGATAATTTAGAG
TCTCAAAGTAAGATTTGGGGAGATGTCCATTGGAGACAGAAGTGGAGAGAGGGAGAAGTTCATTTGTTGACATATTTATGTATGGTGCACCTACTGTGTG
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AGTCACACAAACCAAGGAAGGGGATTGTTTGAGGGGGGCACTCAGTCACATGTGGCTGAGGCCAAAGAGAATGAAGATATATTTTAAAATTCTGGATTTG
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AATGGGGAGTTTAGTTTAAAAGACAACACTAGATACTTTTGGAAGTTTACCTATTCTGTGGTTCCCTTTTATTGACTAAATGGTGCCCTTCATTCATGAA
GCAAGTATCTATTTAGTGACTACTATGTGTCAAAAGCTATCTAGGCCCAGAAACTTTTAAGTGGAAAACAAAACAAAGACCCTGCCCTGACAGATTTCAA
TCATGTATATACTGTATGTATGTTTGTGGAAGGTGACATAATAGACAATTGCAGATAGTGATAAGTGTGTAAGACAAGGATACCACGAGCGTAATAGACA
GTGGGGATGGAGGAACCTTTAGAAGGTTGGTTAAGTTGAATGATAAGGAGCCATTCTTTTGTCTTTACCTGAATGACTTATCATTCAGCCCTTTTTGAGT
TTTGGGTTGCTTGCAGAGTTTAACCTTGCCTGTAATTGAAACTTAATTTTGTAATAGCATAACTTCATGTAAGAAAAGCAAAGCAATACATTACAGAATT
ATTTTACTGAAGAACTTGTTTCAGAGAAAGAGGCTGTTTCACATTTATTAGCACATTTGGATTATATTTAGGTGTTTTATTTTTTTTTAAACAAAGGAGT
TTGGATCATAATACAAGAGAAGCACAGGGCAAAGACACTGCATAACCTCAAGAACTAAGAATGGAAGGACTGGCCAGGCCTGGTGGTGCACACCTGTAAT
CCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCGAGAGAATCGCTTGAGCCTGGGGGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGAGAACGGCGGGCGGCAGAGCGAGACTCCAT
CTCAAAAAAAAAAAAGGATAAAGGAAGGACTTAAGCAAAATCTTCCTTGTAAGTAGAAGGATGTTTTGACAAGAAAAGTTGCAATGGAAAAATGGTTCTC
ATGTACACGAGTATGTAGAATAAGCATCGTGTGTGGATTGGATTCAGATCAAAACATTGCTTTTATGTTTGTGTCTTTATACGGTGGGAGTATACCCTGG
TGCCCCAGGATGAAGACTTGACCTGACCCATGTATTTTTAGATTACTCACAGATAACAAAAAGTATTTTCATCATGATTAGTTGCGAAAACAGTTTTATT
TCAATAGGTAAAACGTGCAGTCCTATGTAATCGTCAGAAGGTAATCTTAATTATAGCTTGGGTGTGCTTTAAACTGCAAGCTGGCAGTGGAGGGCACGAT
TCCTCTGATTTCAGCTTTCTCCTTATACTTTTCTGGAGCTGTGAGCTGCAAGTTAACTCAGTGGGATTAAAGTGTAGACTGGAGGTACAAAAGGTGAGGA
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CCTCTTTGGAGGTTCCCTGCTGGGTAGTTATCCTTGTATCTGATGGACCCATCTCAATTTAAAATACTCTGCCAGGTTCGGAGGTTCATGCTTGTCATCC
CAGCACTTTGGGAGGCTCAGAGGTGCCATTGGCTTGAGCCCAAGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACCTGGTGAAACCTCTTCTCCATTAAAAATACAAA
AAATTAGCCAGGCATGGTGGTATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGGAGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAAC
CTTGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAAAGACCCTGTCTCAAGAAAAGTCTGTAATTCTTTCCTAACCCTTAGTATCCAGCCTCAGTCCTGA
GGTTTTCTTTACCTCTGGGGGCTATTTTATGCCGGCTCTCTCCTGAGTGTCACACATCTGGTCCTCAGGAAACATTCTCACATCCCTGGCCTGAAAAAAA
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TTCCTTTCACTGGGTTTCAAAGTAGAAGGTAGTAACTCCTTTGTCCAAGAAGGCTGAATTGAGCACTTAACAATTCTCCAAAGAAATTTCTTCATTGGTC
TCTATCCTAGACCCCTTCTGTATCCTTGATATGGCTGAGGATTCTAAAAAATGACCAGTCTTACATGGGAGGGCTGGGATATAAAAAATAAAATAATAAA
TAATGATAAAAACTGAAAACTGACCACGTTCTTGGATATGTTTTCTTTGGGTTGTGTGTGTGTGTGAGACTTTTGATAGTTACCCAAAGTAGGAAAAATC
CCATTCTAATAAGGTTATATTTATGTAGCTCTGCAAATAAACATCTAGCAAATGTAAAAAGTATTTTCTTTGCCTTAAAAATGATTAAAATTATTTGAAC
TCCTGAGGAGTGTTATATGAATAAAATTAGTAAGTTATTTGGAGGAAAGTTATTTTTTAAAAAGACAACTGGTAAAACAGTACAGGAGAAAGGCCAGCTT
CCTCAAGTGAGGACAGTTGTTTAGAATTGACTGAGGAGCGGCCGGGTGCGGAGGCTCACATCTGTAATCCCACACGCCTTGGGAGGCTCTGAGGCGGGTA
GATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCCACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGCAGTGGCACACACC
TGTAATCCCAGCTACTCCGAAGGCTGAGGCAGGAGGATCACCTGAGCCCAGGAAGTTGAGACTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTC
AGTGACAGCGAGACTGTCTCAAAAAAAGAAAAAAGTGACTGAGGAGGAAGAGGCCAGGTGGCAAATGGAACAGAATCACCAAAGGGTGAACAGGACTAAG
GCAATGTAGTGTATGGCTCAGCTACGTCAGAGTGGAAAAGGTGTTATTAGAGCAGAAACTATGGTCCCTGCGTCACAGGGAAGCAACCTACAGAGAAGCA
GCAGCTCCCCAAGAGAGGAGAGATAAGAAGCCAGAAGCCTCAGAGTGAACAATTGTCCTATTAGGGATTGCTCTAGAGAGAGAAACCTCTGGGAACGTAC
CCCTGTGAGGCAGCACAGCACAATGCTTTTAGAATTGTATGAGAGTTGATATATCTCCATTTGTTTTGCAAAGGCAAAAACTAAGATACAGAGATTATCT
GTTAAAGTTATGTATTTCTTTGGTAATAAAGATGCTGACAGTGTTGCTGGAATGCATTTCTTTAATAAAGATATTGTACAATGAAA
Loop counts:
5 nts: 1
7 nts: 2
Single bulge variants:
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1 x 1 internal loop variants:
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