Annotated gene sequence

TGGTAAAGGACTAGCAGTTCTCTGCGGAGGGCCGGTTGATACAGTTCCGGTGGGAGAACGCGGCTGCGAGGTTTTCGGCTTTGGCTCCTGATATGCAGCG
ACAGAATTTTCGGCCCCCAACTCCTCCTTACCCTGGTCCGGGTGGAGGAGGTTGGGGTAGCGGAAGCAGCTTCCGGGGAACCCCGGGCGGGGGCGGACCA
CGGCCGCCCTCCCCTCGAGACGGGTACGGGAGTCCGCACCACACGCCGCCGTACGGGCCCCGGTCTAGGCCGTACGGGAGCAGTCACTCTCCGCGACACG
GCGGCAGCTTCCCGGGGGGCCGGTTCGGGTCTCCGTCCCCTGGCGGCTACCCTGGCTCCTACTCCAGGTCCCCCGCGGGGTCCCAGCAGCAATTCGGCTA
CTCCCCAGGGCAGCAGCAGACCCACCCCCAGGGTTCTCCAAGGACATCTACACCATTTGGATCAGGGCGTGTTAGAGAAAAAAGAATGTCTAATGAGTTG
GAAAATTATTTCAAGCCTTCAATGCTTGAAGATCCTTGGGCTGGCCTAGAACCAGTATCTGTAGTGGATATAAGCCAACAATACAGCAATACTCAAACAT
TCACAGGCAAAAAAGGAAGATACTTTTGTTAACATTTCTGAAATTCAACTGGAAGCTTCATGTGTCAGGAACATCTTGGACAAAACTTTAAGTTGTGTTG
ATATAAATTTACCCAAAGATGATGACTTTGATTGGATAATTAGTAAGGTCTTTTTGTTATTTTTCATCGTATCAGGTATTGTTGATATTAGAGAAAAAAG
TAGGATAACTTGCAACATTTAGCTCTGGAAGTACCTACCACATTTTAGAGATTTACCGTTTCCATATATTTAACATTCCTGGTTACATAATGGACATTTG
TCTTTTAATGTTTTTTCAATGTTTTAAAATAAAACATTTTGTCTTCTAGCTATTGTGGTTTTGTGGTATGATAAAGAAGTAGACTTACTACAGTAATGCT
TTGTAGTCACTTAGAGTTCATAGGTAAATGTTTTGCAAATTATTTTTGAAAATGAAATAGGTAAACCATCCTTTGAGCTGTAGACAGCTCTGTATTTGTT
CGTAAATAATGAGGATGAGAATAACAGAGTTCTGTTCATACTCATTTTATCTAATGCTTCTGTTAAAATGCATTAAAACTTGAAGCCCCAGAAACCCATT
TAAGCATAACTTTATACTCATTTAACTGGAAAAGGCAAGAATAGACCATGCATTGCTAAATCAAAGTGTTCTATCTGAATTTCTCTATACCTCTTAGCAT
TATGGAGTTAGTTTCTCTTGAGGCCAAAGAAGATAGCTACCAGCAGCCTCAAATCACTTCCATTGCAAAAAGAACATCTCTCATCTCCATCAATCCAAGA
GAAGACAAATTTGCCATACTTAGATCATGTTTCTGTATTATTGAACCAATTAACTGTGGCCAAGGCCACAGTGAGACCTAATTAACTTGAATCATGGACA
CATCACCATAATGAGACAGGATTCTGTGACCTTGAACACCACTGGGCCTACCTGGAGTAGAGAAGTGGTTTTCCAAATTAAGGGATGCTATGGATATATA
CCTATAGTTCTGGAGAGAAAAATATGGAAGAATTGTTACCCCAACTATTTTTTAAAAATCAAGTGGTTTTTTGTTTGTTTTTTGAGATGGAGTCTGTTGC
CCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTTCGGCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACATGTCACCATGCCTGGCTAATTTTTG
TATTTTTAGTAGAGACCATGTTTTGTTTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAAATAGGGTCTCACTCTGTTGCCCACGCTGGAGTGCAGTGGCGCAA
TCTTGGCTCACTGCAACGTCCGCCTCCCAGGTTCATACGAGTCTCCCGCCTCGACCTCCTGAGTAGCTGGGAATACAGGCACGCGCCTGGCTCATTTTTG
TATTTTGAATAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGATTGAACTCCTGGTCTCAAGTGATCCCCTACCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGG
GATTTCAGGCATGAGCCACCGTGCCCAGCCCAGAACATGTATTTTTAGTATTTTTAGTATTTTTAGTTTCACCATGTTGACCAGGCTGGTCTCGAACTCA
TGATCTCAAATGATCCACCCATCTCAGCCTCCCACAGTGCTGAGTTTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCGGCCAAAATCAGGTGTTTTAACATGTAACAC
AGACTCTAGGCATTTTGAAGTTACAAAATACGAAGATAGAGCTAGTAAAACTTTTGTTTCAACATTCCCAGAAAGAAACGTGTAAAAACAAAATGGTCAC
ACCTCCTATTTGAACCATACCCACAGAAATTTGTTCATTAGGTATTTCACAGAGACTAGAAAATAAGAATGGAAGGCTTTTAGATTAATAAAAGCTCCAT
GAAAGCCAGGATTTTGGAAATGCTGTTTCTACAAGTTACTAGCTGGATGAGTTCACTTCTCTATGCCTCAATTTTCTCATGTGTAAGATGAGAAAATTAA
TAGTACCTGTGTCATAGAGGTGTTGTGTTGGAGGATTAAATGAATTTATGTATGAAACTCTTAAGCCAGAGCCTGGCACATAGTAAGCACTCAATAAGTG
GTAGCTGTTACTTTCTCATTTACCCCCATTTCCTTAGTTTTTAGAATAGTGTCTGCAAGATAGTAGGTACTTAAGTGATAAATGGATGTAGAAATTCTGA
TTGTAACTACTATATTGTTCTACCTACACCCTGTATATAAAAGGGATAACTTAGTAATTTTTCCCCAGTATTTTAAAGAAAAAGTCCTTATTCCCAACAT
TATGTCTTTCCAGATATGTTGAGGTCATGATGTATAATGGAAATTAAAGCAAAGGGAATACTTTTTTAAATACTTTATTGAACTTTATAGGTAAGAAATG
TTGTCTTTAGGAAATGACATTTGGAGATAATTTACTGAAGCATCTCTTAGATCATTGGGTTATTAGTAAAGACGAAAACAGAAGTTAGGATTTTGTGCCA
GTGTATTTATATCATATTTGGAAGACATTCAAACTGTAACTCTTCTAATGGTCTACGTACATTTTATTTCACTGTAAGTGTAACATAAAACAAAGGTAAA
ATTTCTTGCTAACGCTTACCAACATCTACTTCTAGAGACCTGGCCTGAGTTTTTTAAGAAAAATTTTTGTCCTCAGGAAAGATGCATACACTGTAAGTAG
TGTATTCAGTTATCAAAATTCTTGTGGCATTGGCCATTTGGTTTGTTACCGTTACTCTATTTTTATTTATCTGAGTAAAAGGAATTGATTATTCTTTAAA
ATGAAAGGGATTGTTTTTTAATGTTCTAGGATACACATTTTACCTCTATAAAAATGCTGAATAACTTTTTAGAAAAACTTACAATTAAGTATACATCTTA
AAAATTCATATGCTTAAAGGATGGAAGTGTAGTCTATAGTAGAGTCTTCAAACAAGGGTCTACATACTCCTGGGAATATTAAACTTTCTAAGGGATATGC
AGGCATAAATAGCTTTAAGGGAATGCAAATTCAGATCGCAGTGCCCATGTAAATCCTTTATTAAAATTGACCTACATAAAAACATATCCATATCAAGGGA
TCATGCCAGTTCTTTTTCCCTGCTGCCTTTTGGTAATCACTGGTCTCCCATTTTACAAAAGAAACCTATGGCAAGTTGTGTTTTGCAGAAATGACCCCAA
CAATATTTAAAGTCTCATACCCTTCTCGAACCTTGCCACTACCCTTATCAAGATGTGGAGTTACGTCCCTTCCCTTTGAACATTAACAGACTTTTTTTTT
TTTTCAAAGAGTTAGAGGGTCTCCTTATAGGGGCCTCCCTGTATTACCCAGGCTGGTCTCTAACTCTTAGGCTTAAGGGGTCCTCCAGCCTCGGCCTCCC
AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCACGCTTGGCCCCTTAGCCAACTTCTGACTGCCATAATTAAGAGAATATGATGGAAGTTAATCTATTTTCA
TTGTGGGTAAAGTGTGGTGTTAAAAATGAGTTATAGGCCAGGCACTATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGCCCAGGTGGGCAGATCACTT
GAGGTTCGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTAAAGCCTCGTCTCCACTAAAAACACAAAAATAAGCTGGGCATGGTGGCGCGCGCCTGTAATAC
CAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATAGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAG
AGTGATACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAATAAGTTATATTGGCCCGTGTGGAGATGTTCAGAATTCAGATGTATTATCAAGTTGGGAAATAATGATGA
AAGTGTTCAGTGACCTTGCCTTTTTGTTTCTGGACTATTCAAAAAATCATTTCCTTTGTGGGTACATTGTGTGAAAGGAAAGCAAAGAGCATGAGTTTAA
CATGAAGGAAAAGATACCTTATTTTTAGGCAAAAAGCAAATGGTGAGGCTCTTTGCCTCATCTACCTAAGAATTAAAATATTCAAGATTAGTAAAAAAGC
ATGATTAGTTTTGGTGAATCTCCTGTGAAGCAAACTCTGTATTTCCACCATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGAAGTCTTGTTCTGTCACCC
ATGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTACAACCTCTGCCTCCCAAGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGTTGGGACTACAG
GCATGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCAGGGTTTCACCCTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCATGATCTG
CCCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCTCCACCATTCTTGATAATTATAAAGAGCCTGATGAAGATATC
TCAATTCCTGTCTCAGTAGCATAGTTTGCATGATATCAAGGAGGAGGAAGTTAAAAGTTTCATGTTTACTTCTGACATACTAACATTACATCTTCAAGTT
AAAAACATTTTAGAAGTAAGTTCATGAATTTATATTTTCTGAAACATTTTCAGATTCTTAAGAGAAACATTTTCATTAACCCTTGCCAGTACATTTATTA
TTAGGTTCTATAAATTCCATATTAATTGTTTTACATAGGCCAAAGTCTCCTGCTATTGTCACTCAACCATTTCTCTGTATCATTCATTCCTACCATATAC
TTAGGTTTAAGTTAACAGAAATATGTTGTAGTTTTTACTGTAAATAAGACACATAATCGCCTGGTTGGAAGGTAGTGAGTTATCTTAATTGATTGTTCAG
TCAGTTACAGATCGAACTCTTTGTTCTCGTCTTCCCCCCGCTTCTCACTGCTGCACTTGACTAGTCTGAAAAAAAAAAATACATAGTAGTCATCAGTACA
CCTGATATAAGCCCTGAACTTCCTAATGACCTCTTTTTTTGTGTGTGTGTGACAGAGTCTTACTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCG
GCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTTAGCCTCCTGAGTAGATGGGATTACAGGTGCAAGCCACCATGCCTGGCTAATTT
TTATATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTTTTGAACAGCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGG
GCTTACATGGGTGAGGCAGTGCACCCAGCCTGAATTACCTCTTTTATTTTGCTCATAATTTCCATAATTTATCATCTAATTTAAGATGCTTTGAGATTCA
CTATTATTTTATATGCCACTTAGTAAAAATACTGCCAGTTAAGCTGTGACATGTCATTGATTATAAGATACATCTTAATTTCAGAGATGTTAAATACATG
TCTTAGTTTGATAAAATACCATACAATACTTTTCTTTTTTTTGAGACCGATCCTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGCCTCAGCCTCCCAA
GTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGACACTACACCCAGCTCACATACAATACTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCCCTGTCGC
CCAGGCTGCAGTGCAGTGGCGTGATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGGACAAC
AGGCACGCACCACCACACCCTGCTAATTTTTTATATTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATATTGGCAAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCTG
CCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCCTAAGCCACCGTTCCTGGCCTATAGTACTCTTAAAAGCAGAACATATACTTAGATATAAGTAGG
TATATAGAAGTAAATGTCTCCAAAAGGTAGTGTAGGACAATACATTTGAAAATTGGCTTTAACCCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTACTA
AAAATAAAAAAAAAAAAATAGCCAGGCATGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTAGTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCATGAACCCGGGAGGCAG
AGGTTGCAGTGAGTTAAGATGGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAATAAAAAAAAAAAAAAGAAAATCGGCTTTAT
TTAATTAGGGTTAACTCTTCTCAGATACTTGTATTTGTTCAAATTCATTAAAAACCATAATTGAGGCTGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCA
CTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCATGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGCCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGA
CATGGTGGCATGTGCCTGTATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGCCCAGGAAGTGAAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCTCACCA
CTGCACTCCAGCCTGGGCAACACAGGGAGATCCTGTCTCAAAAAAGAAAAAAATTTTTACAGTTGAAAGATTGCCAACAATCTAAATGACCATAGGAGAA
AGGATAAATAAGTTGCATATTTGCACAGTATAACAAGATAGTTGATTAAATTAGAGCCATTTGATACAACATGAATAAATCTAAAATTGTGTACAAACAA
AAGCCAAAGCAAAACTTATGTGATATTCTTTACGTCAAATTTAAAAGTCTGCAAAACAATATGCTGTACTCTCTATAAATGGTAAATATAAGGTCATAGT
GTAAATACAAATGAAGGTAACATGCTTTAGATATAGTAATTATTTTGGGGTGGGTTCAGGGAGATACAAGCTTCAGATGGACATGGATGTGTGAGTGGAT
ATGTATTTCAAGTCAACCAAATTTGGAAAATGTTAAAATTTATTAAACCTCACCATGGAATACACGTA

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 1
6 nts: 2
7 nts: 2
8 nts: 1

Tetra-loop variants:

AUAA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 1
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0