Annotated gene sequence
Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3
RefSeq = hg38
Cell = HEK293T
Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure
loop
bulge/internal loop
no SHAPE data
coding sequence
TGGTAAAGGACTAGCAGTTCTCTGCGGAGGGCCGGTTGATACAGTTCCGGTGGGAGAACGCGGCTGCGAGGTTTTCGGCTTTGGCTCCTGATATGCAGCG
ACAGAATTTTCGGCCCCCAACTCCTCCTTACCCTGGTCCGGGTGGAGGAGGTTGGGGTAGCGGAAGCAGCTTCCGGGGAACCCCGGGCGGGGGCGGACCA
CGGCCGCCCTCCCCTCGAGACGGGTACGGGAGTCCGCACCACACGCCGCCGTACGGGCCCCGGTCTAGGCCGTACGGGAGCAGTCACTCTCCGCGACACG
GCGGCAGCTTCCCGGGGGGCCGGTTCGGGTCTCCGTCCCCTGGCGGCTACCCTGGCTCCTACTCCAGGTCCCCCGCGGGGTCCCAGCAGCAATTCGGCTA
CTCCCCAGGGCAGCAGCAGACCCACCCCCAGGGTTCTCCAAGGACATCTACACCATTTGGATCAGGGCGTGTTAGAGAAAAAAGAATGTCTAATGAGTTG
GAAAATTATTTCAAGCCTTCAATGCTTGAAGATCCTTGGGCTGGCCTAGAACCAGTATCTGTAGTGGATATAAGCCAACAATACAGCAATACTCAAACAT
TCACAGGCAAAAAAGGAAGATACTTTTGTTAACATTTCTGAAATTCAACTGGAAGCTTCATGTGTCAGGAACATCTTGGACAAAACTTTAAGTTGTGTTG
ATATAAATTTACCCAAAGATGATGACTTTGATTGGATAATTAGTAAGGTCTTTTTGTTATTTTTCATCGTATCAGGTATTGTTGATATTAGAGAAAAAAG
TAGGATAACTTGCAACATTTAGCTCTGGAAGTACCTACCACATTTTAGAGATTTACCGTTTCCATATATTTAACATTCCTGGTTACATAATGGACATTTG
TCTTTTAATGTTTTTTCAATGTTTTAAAATAAAACATTTTGTCTTCTAGCTATTGTGGTTTTGTGGTATGATAAAGAAGTAGACTTACTACAGTAATGCT
TTGTAGTCACTTAGAGTTCATAGGTAAATGTTTTGCAAATTATTTTTGAAAATGAAATAGGTAAACCATCCTTTGAGCTGTAGACAGCTCTGTATTTGTT
CGTAAATAATGAGGATGAGAATAACAGAGTTCTGTTCATACTCATTTTATCTAATGCTTCTGTTAAAATGCATTAAAACTTGAAGCCCCAGAAACCCATT
TAAGCATAACTTTATACTCATTTAACTGGAAAAGGCAAGAATAGACCATGCATTGCTAAATCAAAGTGTTCTATCTGAATTTCTCTATACCTCTTAGCAT
TATGGAGTTAGTTTCTCTTGAGGCCAAAGAAGATAGCTACCAGCAGCCTCAAATCACTTCCATTGCAAAAAGAACATCTCTCATCTCCATCAATCCAAGA
GAAGACAAATTTGCCATACTTAGATCATGTTTCTGTATTATTGAACCAATTAACTGTGGCCAAGGCCACAGTGAGACCTAATTAACTTGAATCATGGACA
CATCACCATAATGAGACAGGATTCTGTGACCTTGAACACCACTGGGCCTACCTGGAGTAGAGAAGTGGTTTTCCAAATTAAGGGATGCTATGGATATATA
CCTATAGTTCTGGAGAGAAAAATATGGAAGAATTGTTACCCCAACTATTTTTTAAAAATCAAGTGGTTTTTTGTTTGTTTTTTGAGATGGAGTCTGTTGC
CCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTTCGGCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACATGTCACCATGCCTGGCTAATTTTTG
TATTTTTAGTAGAGACCATGTTTTGTTTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAAATAGGGTCTCACTCTGTTGCCCACGCTGGAGTGCAGTGGCGCAA
TCTTGGCTCACTGCAACGTCCGCCTCCCAGGTTCATACGAGTCTCCCGCCTCGACCTCCTGAGTAGCTGGGAATACAGGCACGCGCCTGGCTCATTTTTG
TATTTTGAATAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGATTGAACTCCTGGTCTCAAGTGATCCCCTACCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGG
GATTTCAGGCATGAGCCACCGTGCCCAGCCCAGAACATGTATTTTTAGTATTTTTAGTATTTTTAGTTTCACCATGTTGACCAGGCTGGTCTCGAACTCA
TGATCTCAAATGATCCACCCATCTCAGCCTCCCACAGTGCTGAGTTTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCGGCCAAAATCAGGTGTTTTAACATGTAACAC
AGACTCTAGGCATTTTGAAGTTACAAAATACGAAGATAGAGCTAGTAAAACTTTTGTTTCAACATTCCCAGAAAGAAACGTGTAAAAACAAAATGGTCAC
ACCTCCTATTTGAACCATACCCACAGAAATTTGTTCATTAGGTATTTCACAGAGACTAGAAAATAAGAATGGAAGGCTTTTAGATTAATAAAAGCTCCAT
GAAAGCCAGGATTTTGGAAATGCTGTTTCTACAAGTTACTAGCTGGATGAGTTCACTTCTCTATGCCTCAATTTTCTCATGTGTAAGATGAGAAAATTAA
TAGTACCTGTGTCATAGAGGTGTTGTGTTGGAGGATTAAATGAATTTATGTATGAAACTCTTAAGCCAGAGCCTGGCACATAGTAAGCACTCAATAAGTG
GTAGCTGTTACTTTCTCATTTACCCCCATTTCCTTAGTTTTTAGAATAGTGTCTGCAAGATAGTAGGTACTTAAGTGATAAATGGATGTAGAAATTCTGA
TTGTAACTACTATATTGTTCTACCTACACCCTGTATATAAAAGGGATAACTTAGTAATTTTTCCCCAGTATTTTAAAGAAAAAGTCCTTATTCCCAACAT
TATGTCTTTCCAGATATGTTGAGGTCATGATGTATAATGGAAATTAAAGCAAAGGGAATACTTTTTTAAATACTTTATTGAACTTTATAGGTAAGAAATG
TTGTCTTTAGGAAATGACATTTGGAGATAATTTACTGAAGCATCTCTTAGATCATTGGGTTATTAGTAAAGACGAAAACAGAAGTTAGGATTTTGTGCCA
GTGTATTTATATCATATTTGGAAGACATTCAAACTGTAACTCTTCTAATGGTCTACGTACATTTTATTTCACTGTAAGTGTAACATAAAACAAAGGTAAA
ATTTCTTGCTAACGCTTACCAACATCTACTTCTAGAGACCTGGCCTGAGTTTTTTAAGAAAAATTTTTGTCCTCAGGAAAGATGCATACACTGTAAGTAG
TGTATTCAGTTATCAAAATTCTTGTGGCATTGGCCATTTGGTTTGTTACCGTTACTCTATTTTTATTTATCTGAGTAAAAGGAATTGATTATTCTTTAAA
ATGAAAGGGATTGTTTTTTAATGTTCTAGGATACACATTTTACCTCTATAAAAATGCTGAATAACTTTTTAGAAAAACTTACAATTAAGTATACATCTTA
AAAATTCATATGCTTAAAGGATGGAAGTGTAGTCTATAGTAGAGTCTTCAAACAAGGGTCTACATACTCCTGGGAATATTAAACTTTCTAAGGGATATGC
AGGCATAAATAGCTTTAAGGGAATGCAAATTCAGATCGCAGTGCCCATGTAAATCCTTTATTAAAATTGACCTACATAAAAACATATCCATATCAAGGGA
TCATGCCAGTTCTTTTTCCCTGCTGCCTTTTGGTAATCACTGGTCTCCCATTTTACAAAAGAAACCTATGGCAAGTTGTGTTTTGCAGAAATGACCCCAA
CAATATTTAAAGTCTCATACCCTTCTCGAACCTTGCCACTACCCTTATCAAGATGTGGAGTTACGTCCCTTCCCTTTGAACATTAACAGACTTTTTTTTT
TTTTCAAAGAGTTAGAGGGTCTCCTTATAGGGGCCTCCCTGTATTACCCAGGCTGGTCTCTAACTCTTAGGCTTAAGGGGTCCTCCAGCCTCGGCCTCCC
AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCACGCTTGGCCCCTTAGCCAACTTCTGACTGCCATAATTAAGAGAATATGATGGAAGTTAATCTATTTTCA
TTGTGGGTAAAGTGTGGTGTTAAAAATGAGTTATAGGCCAGGCACTATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGCCCAGGTGGGCAGATCACTT
GAGGTTCGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTAAAGCCTCGTCTCCACTAAAAACACAAAAATAAGCTGGGCATGGTGGCGCGCGCCTGTAATAC
CAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATAGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAG
AGTGATACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAATAAGTTATATTGGCCCGTGTGGAGATGTTCAGAATTCAGATGTATTATCAAGTTGGGAAATAATGATGA
AAGTGTTCAGTGACCTTGCCTTTTTGTTTCTGGACTATTCAAAAAATCATTTCCTTTGTGGGTACATTGTGTGAAAGGAAAGCAAAGAGCATGAGTTTAA
CATGAAGGAAAAGATACCTTATTTTTAGGCAAAAAGCAAATGGTGAGGCTCTTTGCCTCATCTACCTAAGAATTAAAATATTCAAGATTAGTAAAAAAGC
ATGATTAGTTTTGGTGAATCTCCTGTGAAGCAAACTCTGTATTTCCACCATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGAAGTCTTGTTCTGTCACCC
ATGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTACAACCTCTGCCTCCCAAGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGTTGGGACTACAG
GCATGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCAGGGTTTCACCCTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCATGATCTG
CCCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCTCCACCATTCTTGATAATTATAAAGAGCCTGATGAAGATATC
TCAATTCCTGTCTCAGTAGCATAGTTTGCATGATATCAAGGAGGAGGAAGTTAAAAGTTTCATGTTTACTTCTGACATACTAACATTACATCTTCAAGTT
AAAAACATTTTAGAAGTAAGTTCATGAATTTATATTTTCTGAAACATTTTCAGATTCTTAAGAGAAACATTTTCATTAACCCTTGCCAGTACATTTATTA
TTAGGTTCTATAAATTCCATATTAATTGTTTTACATAGGCCAAAGTCTCCTGCTATTGTCACTCAACCATTTCTCTGTATCATTCATTCCTACCATATAC
TTAGGTTTAAGTTAACAGAAATATGTTGTAGTTTTTACTGTAAATAAGACACATAATCGCCTGGTTGGAAGGTAGTGAGTTATCTTAATTGATTGTTCAG
TCAGTTACAGATCGAACTCTTTGTTCTCGTCTTCCCCCCGCTTCTCACTGCTGCACTTGACTAGTCTGAAAAAAAAAAATACATAGTAGTCATCAGTACA
CCTGATATAAGCCCTGAACTTCCTAATGACCTCTTTTTTTGTGTGTGTGTGACAGAGTCTTACTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCG
GCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTTAGCCTCCTGAGTAGATGGGATTACAGGTGCAAGCCACCATGCCTGGCTAATTT
TTATATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTTTTGAACAGCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGG
GCTTACATGGGTGAGGCAGTGCACCCAGCCTGAATTACCTCTTTTATTTTGCTCATAATTTCCATAATTTATCATCTAATTTAAGATGCTTTGAGATTCA
CTATTATTTTATATGCCACTTAGTAAAAATACTGCCAGTTAAGCTGTGACATGTCATTGATTATAAGATACATCTTAATTTCAGAGATGTTAAATACATG
TCTTAGTTTGATAAAATACCATACAATACTTTTCTTTTTTTTGAGACCGATCCTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGCCTCAGCCTCCCAA
GTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGACACTACACCCAGCTCACATACAATACTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCCCTGTCGC
CCAGGCTGCAGTGCAGTGGCGTGATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGGACAAC
AGGCACGCACCACCACACCCTGCTAATTTTTTATATTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATATTGGCAAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCTG
CCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCCTAAGCCACCGTTCCTGGCCTATAGTACTCTTAAAAGCAGAACATATACTTAGATATAAGTAGG
TATATAGAAGTAAATGTCTCCAAAAGGTAGTGTAGGACAATACATTTGAAAATTGGCTTTAACCCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTACTA
AAAATAAAAAAAAAAAAATAGCCAGGCATGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTAGTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCATGAACCCGGGAGGCAG
AGGTTGCAGTGAGTTAAGATGGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAATAAAAAAAAAAAAAAGAAAATCGGCTTTAT
TTAATTAGGGTTAACTCTTCTCAGATACTTGTATTTGTTCAAATTCATTAAAAACCATAATTGAGGCTGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCA
CTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCATGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGCCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGA
CATGGTGGCATGTGCCTGTATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGCCCAGGAAGTGAAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCTCACCA
CTGCACTCCAGCCTGGGCAACACAGGGAGATCCTGTCTCAAAAAAGAAAAAAATTTTTACAGTTGAAAGATTGCCAACAATCTAAATGACCATAGGAGAA
AGGATAAATAAGTTGCATATTTGCACAGTATAACAAGATAGTTGATTAAATTAGAGCCATTTGATACAACATGAATAAATCTAAAATTGTGTACAAACAA
AAGCCAAAGCAAAACTTATGTGATATTCTTTACGTCAAATTTAAAAGTCTGCAAAACAATATGCTGTACTCTCTATAAATGGTAAATATAAGGTCATAGT
GTAAATACAAATGAAGGTAACATGCTTTAGATATAGTAATTATTTTGGGGTGGGTTCAGGGAGATACAAGCTTCAGATGGACATGGATGTGTGAGTGGAT
ATGTATTTCAAGTCAACCAAATTTGGAAAATGTTAAAATTTATTAAACCTCACCATGGAATACACGTA