Annotated gene sequence

AAACCATCTGCTACGTTACGTGGGGGGAGGTCAGCTCCTATACAGCCACACTTTTTTCAATCTTCAGCTTTTCAGGCCTAGGTCCTGGTTTTATTTTAGC
TTTCAGAGCTTCTCTGTAGGCTTGAATTTCCAGGAGGCAGCCCGAGTCCCTGGGGAGAGGGTCATCGTGGCTCTCGTCGGTGCCTTCCACCTCTGGACAG
GCAACCGGTGGGAGAGGACGCCGGTGGGCGGGGGGAGGAGGCGGCCCTAGCGCCATTTTGTGGGAGCGAAGCGGTGGCTGGGCTGCGCTTGGGTCCGTCG
CTGCTTCGGTGTCCCTGTCGGGCTTCCCAGCAGCGGCCTAGCGGGAAAAGTAAAAGATGTCTGAATATATTCGGGTAACCGAAGATGAGAACGATGAGCC
CATTGAAATACCATCGGAAGACGATGGGACGGTGCTGCTCTCCACGGTTACAGCCCAGTTTCCAGGGGCGTGTGGGCTTCGCTACAGGAATCCAGTGTCT
CAGTGTATGAGAGGTGTCCGGCTGGTAGAAGGAATTCTGCATGCCCCAGATGCTGGCTGGGGAAATCTGGTGTATGTTGTCAACTATCCAAAAGATAACA
AAAGAAAAATGGATGAGACAGATGCTTCATCAGCAGTGAAAGTGAAAAGAGCAGTCCAGAAAACATCCGATTTAATAGTGTTGGGTCTCCCATGGAAAAC
AACCGAACAGGACCTGAAAGAGTATTTTAGTACCTTTGGAGAAGTTCTTATGGTGCAGGTCAAGAAAGATCTTAAGACTGGTCATTCAAAGGGGTTTGGC
TTTGTTCGTTTTACGGAATATGAAACACAAGTGAAAGTAATGTCACAGCGACATATGATAGATGGACGATGGTGTGACTGCAAACTTCCTAATTCTAAGC
AAAGCCAAGATGAGCCTTTGAGAAGCAGAAAAGTGTTTGTGGGGCGCTGTACAGAGGACATGACTGAGGATGAGCTGCGGGAGTTCTTCTCTCAGTACGG
GGATGTGATGGATGTCTTCATCCCCAAGCCATTCAGGGCCTTTGCCTTTGTTACATTTGCAGATGATCAGATTGCGCAGTCTCTTTGTGGAGAGGACTTG
ATCATTAAAGGAATCAGCGTTCATATATCCAATGCCGAACCTAAGCACAATAGCAATAGACAGTTAGAAAGAAGTGGAAGATTTGGTGGTAATCCAGGTG
GCTTTGGGAATCAGGGTGGATTTGGTAATAGCAGAGGGGGTGGAGCTGGTTTGGGAAACAATCAAGGTAGTAATATGGGTGGTGGGATGAACTTTGGTGC
GTTCAGCATTAATCCAGCCATGATGGCTGCCGCCCAGGCAGCACTACAGAGCAGTTGGGGTATGATGGGCATGTTAGCCAGCCAGCAGAACCAGTCAGGC
CCATCGGGTAATAACCAAAACCAAGGCAACATGCAGAGGGAGCCAAACCAGGCCTTCGGTTCTGGAAATAACTCTTATAGTGGCTCTAATTCTGGTGCAG
CAATTGGTTGGGGATCAGCATCCAATGCAGGGTCGGGCAGTGGTTTTAATGGAGGCTTTGGCTCAAGCATGGATTCTAAGTCTTCTGGCTGGGGAATGTA
GACAGTGGGGTTGTGGTTGGTTGGTATAGAATGGTGGGAATTCAAATTTTTCTAAACTCATGGTAAGTATATTGTAAAATACATATGTACTAAGAATTTT
CAAAATTGGTTTGTTCAGTGTGGAGTATATTCAGCAGTATTTTTGACATTTTTCTTTAGAAAAAGGAAGAGCTAAAGGAATTTTATAAGTTTTGTTACAT
GAAAGGTTGAAATATTGAGTGGTTGAAAGTGAACTGCTGTTTGCCTGATTGGTAAACCAACACACTACAATTGATATCAAAAGGTTTCTCCTGTAATATT
TTATCCCTGGACTTGTCAAGTGAATTCTTTGCATGTTCAAAACGGAAACCATTGATTAGAACTACATTCTTTACCCCTTGTTTTAATTTGAACCCCACCA
TATGGATTTTTTTCCTTAAGAAAATCTCCTTTTAGGAGATCATGGTGTCACAGTGTTTGGTTCTTTTGTTTTGTTTTTTAACACTTGTCTCCCCTCATAC
ACAAAAGTACAATATGAAGCCTTCATTTAATCTCTGCAGTTCATCTCATTTCAAATGTTTATGGAAGAAGCACTTCATTGAAAGTAGTGCTGTAAATATT
CTGCCATAGGAATACTGTCTACATGCTTTCTCATTCAAGAATTCGTCATCACGCATCACAGGCCGCGTCTTTGACGGTGGGTGTCCCATTTTTATCCGCT
ACTCTTTATTTCATGGAGTCGTATCAACGCTATGAACGCAAGGCTGTGATATGGAACCAGAAGGCTGTCTGAACTTTTGAAACCTTGTGTGGGATTGATG
GTGGTGCCGAGGCATGAAAGGCTAGTATGAGCGAGAAAAGGAGAGAGCGCGTGCAGAGACTTGGTGGTGCATAATGGATATTTTTTAACTTGGCGAGATG
TGTCTCTCAATCCTGTGGCTTTGGTGAGAGAGTGTGCAGAGAGCAATGATAGCAAATAATGTACGAATGTTTTTTGCATTCAAAGGACATCCACATCTGT
TGGAAGACTTTTAAGTGAGTTTTTGTTCTTAGATAACCCACATTAGATGAATGTGTTAAGTGAAATGATACTTGTACTCCCCCTACCCCTTTGTCAACTG
CTGTGAATGCTGTATGGTGTGTGTTCTCTTCTGTTACTGATATGTAAGTGTGGCAATGTGAACTGAAGCTGATGGGCTGAGAACATGGACTGAGCTTGTG
GTGTGCTTTGCAGGAGGACTTGAAGCAGAGTTCACCAGTGAGCTCAGGTGTCTCAAAGAAGGGTGGAAGTTCTAATGTCTGTTAGCTACCCATAAGAATG
CTGTTTGCTGCAGTTCTGTGTCCTGTGCTTGGATGCTTTTTATAAGAGTTGTCATTGTTGGAAATTCTTAAATAAAACTGATTTAAATAATATGTGTCTT
TGTTTTGCAGCCCTGAATGCAAAGAATTCATAGCAGTTAATTCCCCTTTTTTGACCCTTTTGAGATGGAACTTTCATAAAGTTTCTTGGCAGTAGTTTAT
TTTGCTTCAAATAAACTTATTTGAAAAGTTGTCTCAAGTCAAATGGATTCATCACCTGTCATGCATTGACACCTGATACCCAGACTTAATTGGTATTTGT
TCTTGCATTGGCCAAAGTGAAAATTTTTTTTTTTCTTTTGAAATCTAGTTTTGAATAAGTCTGGGTGACCGCACCTAAAATGGTAAGCAGTACCCTCCGG
CTTTTTCTTAGTGCCTCTGTGCATTTGGGTGATGTTCTATTTACATGGCCTGTGTAAATCTCCATTGGGAAGTCATGCCTTCTAAAAAGATTCTTATTTG
GGGGAGTGGGCAAAATGTTGATTATTTTCTAATGCTTTGTAGCAAAGCATATCAATTGAAAAGGGAATATCAGCACCTTCCTAGTTTGGGATTTGAAAAG
TGGAATTAATTGCAGTAGGGATAAAGTAGAAGAAACCACAAATTATCTTGTGCCTGAAATCCATTAAGAGGCCTGATAGCTTTAAGAATTAGGGTGGGTT
GTCTGTCTGGAAGTGTTAAGTGGAATGGGCTTTGTCCTCCAGGAGGTGGGGGAATGTGGTAACATTGAATACAGTTGAATAAAATCGCTTACAAAACTCA
CACTCTCACAATGCATTGTTAAGTATGTAAAAGCAATAACATTGATTCTCTGTTGTACTTTTTTGTAACTAATTCTGTGAGAGTTGAGCTCATTTTCTAG
TTGGAAGAATGTGATATTTGTTGTGTTGGTAGTTTACCTAATGCCCTTACCTAATTAGATTATGATAAATAGGTTTGTCATTTTGCAAGTTACATAAACA
TTTATCAATGAAGTCATCCTTTAGACTTGTAATCGCCACATTGTTTCATTATTCAGTTTCCTCTGTAAAGGGATCTTGAGTTGTTTTAATTTTTTTTTTC
TGCATCTGAATCTGCATGATTTCCAAACCCTGTACCATCTGAATTTTGCATTTTAGCACTTGCACTATTACTCAGCAGCAGTAACATGGTAACACTTAAA
ATGGTACTCGGGGACCTCCAAAGACTAAACTGACAAGCCTTCAAGGAGCCCAGGGGTAAGTTAACTTGTCAACGGCATGGTTTAATCCCTTCTTTACACT
TGTGTAAATTTCAGTTACTGGTCATAGAAGGCTTTCAATGTTGAGTGGCCTTTTATTAACATGTTTATGGTACTGCATAGATACGGGTATTTATTTTACC
CTAAGAAGATTTTGAAGTTTAAAAGTACTTAAACTATTTGGCAAAGATTTGTTTTTAAAAATCTATTTGGTCAATCTAAATGCATTCATTCTAAAAAATT
TTTTGAACCAGATAAATAAAATTTTTTTTTGACACCACAGTTTAGTGTCTGGAGTCTTACTGGAAAAACACGATTTCTTTTTATATGTGATATACAGATG
CTGGAAAGTTACCTTTAAAAATTGAGTCTCTAAAGAAAAAAGAAAATAATAAAAATTGAGTCTCAAGAAGTTGTACTTCATATGCACAAGAGAAATGAGG
CCAAGACTCACAGTAAGCTTTTACATGGAATGGTAACTTTTAGTTAGACTGAAAAACTTGAATGTTAGCTATTAAAACCTTTTAGGAAGGAATAGCCAGC
TAAAACCAAATGAGATTTTTAAAGTTAAATCAGCACTTAAGTTGTGTCCTTAGTAGGAAAAAGTAGGAAGTTAACTACTCCGTAATCCAAGAGATAATGT
GTAACAGTAAGAATGATTTTGTTGTTGTTGAGTATGAGCAAAGTAGCCCCTAAGTGTGTATTAGGGTTCTGTACTTAACTGTTGTGTGATGTGTGCTTTT
GTTAGGCATCACTGTGCCCAAGTATTTCATGTTCATTGTAAAGAGGAAAAATACAGATTTCTCTATAATGTCACCACTTATTTCTAATGCCACTTTTCAT
CTTGTGGAAATGCCATGTTTTGATTCAGTCTTCTGAATTTGAACATTATTCAGGTTATTTCCAATTGCTGGGAATATCCTTACTGCTAAAATAAATTCTT
AGCATTGGAATTGCTAGGTCAAAGATTATGCATGCTTTTTAAGGGCTTTTGAAATGTATTGCCAGTCTGTGGCCTGCCACCCTCCCTGAACATGCCTGGT
CTTGCTTAAAATGTATTGCCAAATAGTCCTTGGGAAGTTTATGTTGTCTTTAACAATGTGAAATAGTACTACTATTCACGTTCCTTTTGTCTGACAATTT
GATAAGTGAATAATTGTATCCCACCATTCTGTAGTATTGGTTTTTAACATGGAAATTTTAGTCAATA

Loop counts:

3 nts: 3
5 nts: 1
6 nts: 2

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 2
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

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G x C bulge: 0
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A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
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U x U bulge: 1
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C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0