Annotated gene sequence

ACTGCCGGCCGGACGCCATCTTGCTGGTTTGCGGCCGGTCTTGGATGAAGCGGCGGCCGTGGTGAGAGCGTGGGGAAGGGTGGGGTGAGGGGGCGAGGCC
GCAGCTAGGGCGGCGAAACTCTCCTCCCCTCGGCCCCACCGCGTGGGACGGCGTGAACGTGGTGTCGGAGGGATGTCAGCCTTCTCTGAGGCGGCGCTGG
AGAAGAAGCTGTCGGAGTTGAGCAACTCGCAGCAGAGCGTGCAGACCTTGTCCCTGTGGCTCATTCACCACCGTAAACACTCGCGTCCCATCGTCACCGT
GTGGGAGCGGGAGCTGCGGAAAGCCAAACCAAACAGGAAGCTTACTTTTCTCTACCTAGCCAATGATGTCATACAGAACAGCAAGAGGAAGGGGCCAGAG
TTTACAAAAGATTTTGCACCAGTTATAGTGGAGGCTTTTAAGCATGTTTCAAGTGAAACTGATGAAAGTTGTAAGAAGCACCTTGGAAGAGTGTTATCTA
TTTGGGAAGAAAGGTCTGTTTATGAAAATGATGTATTAGAACAACTTAAACAAGCTCTGTATGGTGATAAGAAGCCTAGGAAGCGAACTTATGAACAGAT
AAAGGTGGATGAAAATGAAAACTGTTCCTCTCTGGGATCTCCAAGTGAACCACCACAGACTCTAGATCTCGTTAGAGCATTACAAGATCTGGAAAATGCA
GCCTCAGGTGATGCAGCAGTTCATCAGAGGATAGCTTCTTTACCTGTTGAAGTCCAAGAAGTATCTCTATTAGATAAAATAACAGATAAAGAATCTGGAG
AAAGGCTTTCCAAAATGGTAGAGGATGCGTGTATGTTGCTGGCAGATTACAATGGCAGATTGGCGGCAGAAATAGATGATAGAAAGCAACTCACTCGAAT
GTTAGCAGATTTTCTTCGTTGTCAAAAGGAAGCCCTTGCAGAGAAAGAGCATAAATTGGAAGAGTACAAGCGCAAGCTAGCCAGAGTTTCCCTGGTGCGC
AAAGAACTCAGGTCCCGGATCCAGAGCCTGCCAGACTTATCTCGATTGCCCAATGTCACTGGCAGCCACATGCACCTGCCCTTTGCGGGAGACATCTACA
GTGAAGATTGATGGACCAGCCTCTTTCCAGGTCCCAGGACTTTGCAAGAGATGGAGACAGGTTAGGTGGATAGTCCTGTAGTGTTATTTTTGTATATTGT
TGAGAAAGAAACACTAACAAAAGGAACAACGAGTAATTTATAAAATTGTTTAAAATGTTGGTTTGTTTACTATTTTATTGGTAAATTAACATGACTTAAT
TTGAACAAAGTGATGATTTGTGTGTATTAATAAGCTCACAAATAGTGATTATTTTCAAAAGATCTTTTTGTAAATTTTTTTTTTGATCCAAGGCCTTGTG
AGAAATCTCTTGTTTGTATTTCTTCAGGTATTTTCAATTGTTTTTCTTTATTTTCTTCAGCATTTAATCACTGTATACTATGTAATTCCTGAAGGGGAAG
AACTAATTAGGAGTTGATTGAGACTTTATTATGGTATAGTTAGGACTTGATTGTAGAAGGGACTAAATGTTCCAACATAATCTTTACCCTTCTCCCCAAA
CAAAATATCAATTCTGTGTCTCTACATGCCTTTGATTCCTTAGAGGTCGGTAATTTAACATAAAACAGGGATGTCACTTTGAGGGGCAGATGAAAGTCTA
GAGAACTGTTCCTTAATAGCATTGTAAAAGTTCCATTCCAACTGCCAGTGTAGATTTTAAAAGTGTTAAATAGTGACTCCCTTGATTAAACTGTTTGTAA
TTATTTGAGTAGATTAATAATGAAAATACTTTGGAAATAATATACATTTTGACATTCTACCAAGAGGACAACTTTGGTTCTGGAACTGGTTTCTATTTGT
CAAATCAGTTTCCTTTTAACATAATTAATCCCTTTAACAAAAAGCCGTCTATGGGATTAAAAGACACGTGAAATGATACTTTTATTATTCCCTTGCTCAT
ATAACTTTAAAAATAATACTTTTAGCTCTAATAGCTCAAGAACACAATATTCGTTAATGTTCAGTAAAGTAGCCTGAGACATTTTCAATGTTTCCTTAAG
GTTTTTGAATGACTGTATATTTGGCAGTTAAGCAGTGCCACACTACAGGGTAGATATGGTAAATTTTATATTTGTATATTTACAGTTACAAAACAAATGT
ACTTTTACCTTTTATTTCTGACCCTGTGTGTTAGAGCAGTTGCATGCTCTCCTGCTGTTAAAAACACATTGTTAAGCTGTGGATTTGTACTCAATAATGA
CTTAGGATAAACATTTATTTTCATTCATTGCTTTACATACTAGACATTTTTCTTCTCTTTGTAAGTAGATTCAAATTAGATAGTCAATAAAACATCTTGA
AAATCCCACAAGCCAATTATGTCTCTCTAGTCTGAATGGCTTCATTGTTTCTTTCTCAGTATTAGAAATTATAGTTACAATGAATTGCATATGAAGAAGG
CAGACATTTATTTTTAATAGCCAAGTAGTTCTGCAAATAGTTCTTTTAACAATTTGACCTCTCTCCAAAACAGAGACACATATAAGTAGTGCTCATCCAT
GCACTACTAATAATACATGGCTTATTCCAAAGTTTTTAGTCAACTTTTGGGACTTGGGGTGCATTTTCTCACAGAAAGAATAGTAGTTAGGTTCCCTAAC
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GTGAAAGCAAAAACTTGTATGTTAACTTATTTTCAATATCTTGACCTTATTTATGATCTGCTAAAGTGGTGATTTATCCATTCAAAATATATATTTTTTT
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TAGATACTGATTTTAATGCCAGTATCTGCTCTAAATATTTATGATAAAAATGCATTATTTTTTTAAAGAGCTTGATGAGATTTGTGATAAGTGATAGTAC
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AAAAGCATGGTGCCGTAGGGCTGCTATGGTTTGAATGGATGCCATCACTCTTTTCTCCACATACAGTGCAGAGAGCTGTCTGGAGTCACAATCTGAACAG
ATTCTCGGGCGCTCCTTCTCTCCTTCCATCACTACAGTAAGTAAAAGGACCATAGAGGGGAACCAGGAATCTGAGAATCAGCTGTGCTCAATAGCCAACC
TCCCTGTCCAGATGCAGCTATTTTGGTATCTCCTATCACATGCACTCTGAATCAGGGTTTTTCTATAAGAAATCTTTCAGAATCAGCAAAAGTGGGGATG
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GAGAAATCTTTAGAGAGAAAAAACTCAACAGTACAAATTAACTAATTGGGAAAGTTAGAATGTCCTTTCTGAATTTTTCATTAAAAAAATTACATTATCT
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AATGTAAGCCCAGTTCTTCTCTGTATAGAAAGGAAACATTGTGTTACTTAATGAATTATTTATACAGAGCATTTGTTGCCAACTGTTGTTCCAGCCATCC
ACACAGGAGTCTGTTCTGAGGTGGCAATAGCACATGGGAAGATGAACTTTCCCTGTTTGTTTACCCGTTCTTCTTTGGCTGTATCTGATGACAGTATAAG
ATGTTCTTAATAAAGTTTTATGTTCTTTTTGAAATGTG

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 4
5 nts: 4
6 nts: 6
7 nts: 4
8 nts: 5
9 nts: 3
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

ACAU    1
UAGU    1
AUUA    1
UUCC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 2
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0