Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGTCTCCGCCCTCGCGCGGGAGCTGGGAGGCTGCGAGATCCCTACCGCAGTAGCCGCCTCTGCCGCCGCGGAGCTTCCCGAACCTCTTCAGCCGCCCGGA
GCCGCTCCCGGAGCCCGGCCGTAGAGGCTGCAATCGCAGCCGGGAGCCCGCAGCCCGCGCCCCGAGCCCGCCGCCGCCCTTCGAGGGCGCCCCAGGCCGC
GCCATGGTGAAGGTGACGTTCAACTCCGCTCTGGCCCAGAAGGAGGCCAAGAAGGACGAGCCCAAGAGCGGCGAGGAGGCGCTCATCATCCCCCCCGACG
CCGTCGCGGTGGACTGCAAGGACCCAGATGATGTGGTACCAGTTGGCCAAAGAAGAGCCTGGTGTTGGTGCATGTGCTTTGGACTAGCATTTATGCTTGC
AGGTGTTATTCTAGGAGGAGCATACTTGTACAAATATTTTGCACTTCAACCAGATGACGTGTACTACTGTGGAATAAAGTACATCAAAGATGATGTCATC
TTAAATGAGCCCTCTGCAGATGCCCCAGCTGCTCTCTACCAGACAATTGAAGAAAATATTAAAATCTTTGAAGAAGAAGAAGTTGAATTTATCAGTGTGC
CTGTCCCAGAGTTTGCAGATAGTGATCCTGCCAACATTGTTCATGACTTTAACAAGAAACTTACAGCCTATTTAGATCTTAACCTGGATAAGTGCTATGT
GATCCCTCTGAACACTTCCATTGTTATGCCACCCAGAAACCTACTGGAGTTACTTATTAACATCAAGGCTGGAACCTATTTGCCTCAGTCCTATCTGATT
CATGAGCACATGGTTATTACTGATCGCATTGAAAACATTGATCACCTGGGTTTCTTTATTTATCGACTGTGTCATGACAAGGAAACTTACAAACTGCAAC
GCAGAGAAACTATTAAAGGTATTCAGAAACGTGAAGCCAGCAATTGTTTCGCAATTCGGCATTTTGAAAACAAATTTGCCGTGGAAACTTTAATTTGTTC
TTGAACAGTCAAGAAAAACATTATTGAGGAAAATTAATATCACAGCATAACCCCACCCTTTACATTTTGTGCAGTGATTATTTTTTAAAGTCTTCTTTCA
TGTAAGTAGCAAACAGGGCTTTACTATCTTTTCATCTCATTAATTCAATTAAAACCATTACCTTAAAATTTTTTTCTTTCGAAGTGTGGTGTCTTTTATA
TTTGAATTAGTAACTGTATGAAGTCATAGATAATAGTACATGTCACCTTAGGTAGTAGGAAGAATTACAATTTCTTTAAATCATTTATCTGGATTTTTAT
GTTTTATTAGCATTTTCAAGAAGACGGATTATCTAGAGAATAATCATATATATGCATACGTAAAAATGGACCACAGTGACTTATTTGTAGTTGTTAGTTG
CCCTGCTACCTAGTTTGTTAGTGCATTTGAGCACACATTTTAATTTTCCTCTAATTAAAATGTGCAGTATTTTCAGTGTCAAATATATTTAACTATTTAG
AGAATGATTTCCACCTTTATGTTTTAATATCCTAGGCATCTGCTGTAATAATATTTTAGAAAATGTTTGGAATTTAAGAAATAACTTGTGTTACTAATTT
GTATAACCCATATCTGTGCAATGGAATATAAATATCACAAAGTTGTTTAACTAGACTGCGTGTTGTTTTTCCCGTATAATAAAACCAAAGAATAGTTTGG
TTCTTCAAATCTTAAGAGAATCCACATAAAAGAAGAAACTATTTTTTAAAAATTCACTTCTATATATACAATGAGTAAAATCACAGATTTTTTCTTTAAA
TAAAAATAAGTCATTTTAATAACTAAACCAGATTCTTTGTGGATACTATTAAAGTAACATTTAAGCCTCAACCTTGAATGATGTTGTTTAATATAAAATG
CTTTTATTTTTGATGGAAAGGCAATCAAAGCCTAAAGTTTCCAAGGAACGTAAAATAACTGTGCTTCTCTGAGAATGCCCGCCTCACAAGTGGAACATTT
TGAGTTAATAATGATGATTTTTATGTTTCTAAGGTTGCTTCCTCTCTGAAATAATTCAGAATCCACCCCCATTTAATAAAATACCTATGATTCATTTCAC
CTCAAGTTCCTAAGACAAAAAATTTCAATTCTGACTTTAGGAGGTCAGAGTTTTTAAAGCTTCCAACTCTTAAAGGATTTAGTCTAGAAACCAATTCTAA
TTCAAAAGGATATTATTTACTCATGGCTTTTCATTTCATTTCAGTAATATTGTCAGAACTTTAAGTCAGTGAGTTGGGTATTCAGGAATTAACAATTTTA
GAAGACAATATGTTTCAATAAAATGAGAATTGGTTTTTCCTACTTTCCAGGCTCTAAAATTACATGAATTTTCAGGGAGCTGTGAACATTTAGGAGCACA
TTATTCATTCAGCATCTTTTATATGCCCAACATATGATATTGTGTTGAAGATATATCTGCAAAGAAGAAAAAAAGCCACTGCCGTCGTGGAGACTCACAA
TCTAGGAAAAGAGAGGGACAGCAAACAACTCATTACAATACATTGGGATCAGTAGTGTGAGGGAGAAAAACAGGTCTAGGTTCTTTGGAAAACATTTAGG
AGAGTCAATGAGACTTTCAGAATGTGAAGTGCATGGGATTAGGTCATGGAAGAAGACCATGTATGTCATCTTGAGGACTTCATTCTGTAGACCATGGGCC
ACTATTGAAGTTTTGCATTTTGGAAGGAGCTTATTAGTTTGTTTTCCTGTTGATTATAGTAGTAATGCAGTATCAGGGTAGCTGAACTGCAATAATAATC
CCAACATCTCACTGGCTTCATGCAGTAGGAATATGCTTTCATCACAGTCCAGTATGGCAGGCAACCTCCAGACTCCCAGGGACCCAAACTTACACTTTAC
TAAATGTAATTCTTTCATTTGAATTTTTAAAGGTTTTTGTATAATCATCTTAGTAAAACATTTGATAATTCTTCACAACATTTGCAATCATTGATTTGGC
CAGATTGGTCTAACATGGTACCCATGATTTTACTTCATTTCCAGTACTATTCTGATAATTTCCTTTAGAGTCAATTGAGTAGAGAGTACCCCTCTCACCT
AAGCTTAGTCATGTCCCAGGAATTTTGGAACTCCAACTGAGATTTCAGGCTCATTATTCATTCTAGGGCTGAATGAATAATGTGCCCTTTGAACCCTTGT
GCCATGCTGGAAACTGTGGTCTTGGTGTGGCATGGAAAAACCAGAGGGTGAGGGATGTGGATGAGAAGATGACAGAGAATCAGACATGCAGAGAGGACTG
CCAGGTCTCCCAGTGGGTTCCAGGGAGACTCAGCTATCCTTCCCTCTTCTTGAGTTCTGTCTTAGTCCATTCGGGCTACTATAACAAAATACCATAGACT
GAGTGGCTTTAAACAACAGAAGCTTGTTTCTCACAGTTCCAGAAGCTGGAAAGTTCAAGATCAAGTCACCTGCAGATTCAGTGTCTGATGAGGTCCTCCT
TCCTCACAGAAAGCTCTCTTCTCTCTGTGACCTTATATCACAGATGACTCTGGGTTCCTCTTACAAGGACACTAGTTCCATTCATGGGGGTTCCACTCTC
ATGACCTAACACCTCTCAAAGGCCCCATTTCCTAATACTGTCACCTTGGGGGTAAGGATTTCAACATGAATTCTGGGGGGACACAAACATTCAAACCATA
GCAAGTTCCATAATGCACCCCATCATATGTGTGTGTGTGTGTATTTATTTATTTATCTAAGATAGCTCTAGTTTGCTGCTTTGCAACACATTCTGCCCCT
ATTGCATTGGTTTAAAAAAAAAGTACAGAAGTCAAGATGAGACTATATAAATCTTGACAAGTTGTTGGCCGTGATTGCTCTTTTGTGATGCAGGAGTGAG
AATCTGGAGAATCTGGCTTAAGAGGTGGCTGAGAATTAAAATAATAGGCATGAAAATGCTTCATACAGCTCTGTACAGTTGTTGACAGTGCCTTTTTTGA
AACCTATCACTGCTATATGTTAGCAAGCAAACACTGATCTTGTTTTGTAATGTGTAATTGTTCACTTCTGCTTTCCCTGTATCCCTTTTTAGATTCCACA
CCCATATTAGTGAGAAGCAAGAAAAAAAAATGTACACAGTGTCCTAAATGTTGTTTATCTCGAATAATAGAAGTAGGAGTGTAAAACTTAAAGGCTGATT
AATAATGCAAATGAAAAGGCAAATGGATTATTGAATAGAAAAGGTCTAGATTCTATGTTTGAATGTGGTTATGAATTAATATGGGCAGAATCTCTAAGAT
TCTGCTAAGTGAACATTTAGTAGTTTACTAGACATCTTCTCTTCCACCTAGCAAAGAGTTTGTTGCCCAGAGTTATATAAATCCTACTCTATTGCACACT
AATCTTTGCATGTTTAACTCTTTGGGACTTAGGTTCCTAGATAAGGACTTCATGTGTATCTATTTAGAAAAAGAACATTTCTTCATTTCCACAAAGCTAC
ACAGCCATCAGTTCGTTCAATATCTTGTCCAAAGTTATTGCTAGCGTTCTTCTTTCTGAGTCTTTGTGGCTAATGCTTTTTTGAGGAAGAAGCATGATTT
AGTCTCAGCTCTCTATTGATCATTTTAGGCTTTTATCTTACTGAAAAAATTAAGCACAATTTAAGATTTTTTTTGAAATATTTACTGAATTTTGAGGCCA
TAAATTATTTCCTGATAGCACACATGTATGGGTTGTAGATTCCACACTTTTAATCTTCCAGCCACCTATTGCAGATTGGTTCTGAGAAGCAGGATGAGTG
GGAGTGGGCTTAGGGGTCAAAATTGAGACCTAAGTGGTATAAAACAAGATAATCCTAGCTTCCTCCCACTTAAAATAATTTGATGGGACTTCTGTATCTG
ATTTTTAAGCTTGCATTTGTGTTTATATTTTCATTGTAAAAATATCAAATAATACAGTTTTTGAAGGTAAAAAGTAAATGTTCCCGCCCTTCTACCATCC
TCCTTCCTCAGTCCCATTCCCCAACAGTTTAACGTGCGATACAATAATGTGTGACACAAAATGACCTAGTTCTTGCCCTAGTGACTAAGCAGATGCAAAC
GCCTTCTTCTTTCCAAACAGTGTGGTCTTATCCCCGTCGCAAATGGAGGATATTTAAGAAACCCAAGCCAGAAACCCCACAGTCTTCACAGTCACTGTGT
CCTCCACCTCCTAGCAGCTTCCTGCTGTTCTGCTCTAGTGGTTCTCTCTGCTTCCCCACACCCACCCGTAAGCCACAACAATCTTTCCAAAACACGAACT
TGATGGTTTCATTGTCACACCCCAGCTTAAAACACTTTCCTGGCTTCCCCTGGTTCTTAGGATAAAGACCAAAATACTTAATGCTGCACAGTCCAGTCCC
AACCCACTCTCCAGCTTCATCTTAATCACACCCCTCTTTGCTCCTAGTGTCCTACCACATTGCCTGACTTACTGTTTCTTGGTAAATGCTATTCTTACTT
CCTGAAGATTATTTCCATCTCCTCACCCGACACCCTTCAGTTAGCTTCCACTCAACCTTCAGAATTTAGTTCAGGTGACCCTTCCTCAAGAGAAGATTTT
CCTGAACCATTAGGAAAGGCTTCTCTTGTTTCTCAGTCTCATAGCATCATCTGTCTCTTTTTTGTGACTTGAATATAATTAATATTTTATATTTTGTCCT
TGTTGCTTGTTTGGTTAATAGATTTCCACCACTAGACTGCTCAATACGTTAGTAGGGCACCTGACACATAGTTGCAGCTCTTATTTATTGAATGAATGAA
TGATTCCTTCCCGTACCACCCTAGTCTTGCCCACTGTCATTTTTATTCTGGGTATTATATTTCCCAACCAGTTGTCTGACTTTCTCCTCAGATCTCATCC
CCATGGGTCTGAGTGAGTTGCCTTGAATATAAGATTCAGTGATGGTGTCCTGCTGCACTTAAGAGAAAATCCTTTTTTCAAGCCCTAAAATCCTGCCCTC
ACTAGACTTCTCTCACCATTTCTCTGTTTGCATCCTAGCCTTTTAGTTTTGGCCTCATATAAGCTTGCAGCCCTGCCTGAAACAGTTGTCTCTGTCCCCA
CTCTACCCCCTGCCCTCCACAAAGAAAAGTTAACTCTTACTCATCTTTCAGATCTCAGACTAAAAGTTTCCTCAGAGATGCCACCATAGCTCTCTATTTC
TCATACCTTTCATGATACTTCATCACCTGTCTTCATGAAGTCCTCCTCTAGACTATTAGCAAAATGCTCATACTGTGTCCTCAGTATTTGGCACATAATA
GGTTTTCTTGACACTGAAGGAAGGAATAAACATCTGGTAACTATAGCTAGAAAAAAAGGAAATACGGTATCTACTTCACTAAAACCAAAGGGGGTTTTTT
TGGGCAGACAATCTTCATTATTCAGATGGAAATTAATGTTTGTTGAATGAATGAGCTACATTTCATGGATTAACTCCATGAAATGGAGTTCAGCTAGTAA
GGGTTATACTTTGAGGCTATTTCATCTTGATGGGCTTGTTGTTCAAAGTTAGAGCCTCATTTTAAGTAAAATGTTCTGTGGGGGCCATATTAAGATTTTC
ATATGACAGAAGTGTATATATATCCACAAATGTTTCAAGCCAAGATTATGTCTTCTTCCATAATGCCACCTTCTTCTAGGATAGTATTTTTGGGCCAGAT
GGTTTTCCACATTTAAAACATACCAACATTCTTTTAAGGCCCAGTGATTATCAAAAGGGATTGGCACTACATTTTAAAATGTAGGGGGGATTTTTGATTG
TCACAGGACTAGAGGATGCCATTTGTATTTAGTAGATGAGGCCAGGCAGGATGCTAAATGTCTTAAAAGTCCGGGAGTCCTGCACAAAAAATTACTGCCC
TTCTTGATTTGCCAATTATGCCCCTGCTGGGAAGCATGAAAGGAGAGAGAAGAGCTTTCAGAATGTCAGGGATAAATATATCCATTAAGCCTTCAGACTA
AGATGCAGGAATAGTTTTCCATTTGGGTATGAATACGGCAAGTTCTTAGAACATTTCTTAAAACATAATTAGCCAAATACTAGTGTAACAGCTACAACTT
ATCTAGTTTTAATCAACTCCAGGGAACATTACACTTTATTTAACCCCTAATTATCTGATAACCCAAGTTCTGTCAGAAACACTGCTGAGGCATCCAGGAA
GATGAGCCTGTGAAATTTGAGAATCCTTCATGTCTCTGGAATGAGTCCCTAGATTCTAGCCCTGCAGCTAGCTGACACTCTAAAAAATTATGAGTGCCTT
CCTTTAGCTCCCCATAGAAATGTCTTTGTATAACCATGGCATGATATTATTCTCTTGACTTTTGTTGAGGATTGATAGAAATAAAAATGAGCCAGAAATG
TTTCTTCAGCTTTTGTAAAGTGCTGTTAAAAGCATTATGTCATATCTAGTACTTCTTATCTAAGTATTTTAAAATTTAGTGTTAGGAAAATTTTTTTCAC
ATAGGATACATGTTAATATTAGGTAGTACATCTAAAGAATTCATTTGCTTCCCTTTTGCCTTGGTTGCTGGGAAACTCAGAGCCAAACTCGGTGCTTAGA
TTAATTACTTTCAGCCTAGGTTTTTCTGTATATCACCCTTTCGGTAGGGCTTGAAGTAACCCTTCAGTTTGCTCATATTTTGTTGTGAGTTTTATAGATA
GTTTACATGCAACGAAATGCATATATCTTAAGTGTTCAACTCAGTGAGTTTTGACACTTTTCTTTGTCCATGTTAACAATCATCAAAACATTTTCATTGC
CCCAGAAAATACCATTGTGCTCCTTTCCGGCAAATATTCCTTCCCTCTGCTAAAACTACTTTTTCATTTCTATGACCATAGTTCAGTTTTTGGCTATTCT
TGAACTTTATTTGAATGGAATCGTACATATATAATCTTTTTGTTTGGCTTTTAAAACTCAGTATAACGTTTTGACATTTGTCCATGTTGTTGCATGACTC
AGCAGTTCTTTCTTTTCAGTTGCTGTGTAGTAGTCCATTTCTTTTGGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGCTTTTTAAATTTATTTTTTATTTTTTTTTTTTTG
AGACAGAGTCTGGCTCTGTCAACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATCATCTCGGCTCACTGCAATTTCTGTCTCCCAGGCTCAAGCCATCCTCTAACCTCA
GCCTCCCGAGTAGCTAAGACTCTACAGGCGTATGCCACCATACCTAGTTTGTTTTTGTTATTTTTTTTAGTACAGATGGGGTTTTGCCATGTTGTCCAGG
CTGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAAGCAATCCACCCTCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAAGTGTGAGGCACTGTGCCCTGCCAGTATTCCATT
TTTTGTGTATACCACAATTTATCATTTTTTTCTGTGTAGGTATTTTCATTGTTTCCAAGTTGGGAAGTATGAATAAAGTTGCTATGAACATGCATGTACA
AGTCTTTGTAGATAGCTCATGTTTTAAAAAGTGTTTGTTTAATGATTTCATTGCAAAATCATCTTTATTGTAAACATATCTTTTTGAGGGTAGATTGGTA
AAATATACATAATAAATACATGACAATGCAGGAGTCCAAGTATTATTAGGTTTACAGTCATAACAAACACCAAGAACCATTTATAAATTTCAGTTTCTCA
TTGTTTTAGAATGGAAGGTCTAACCAAATATGTAATGTATCCCTTCAAGTAAACTAGTATAACTTGGGTACCTTCTCATATAAATTCCCCTTAAGGCATA
CGTTGCTGTCTTTTCCAAATTCCCATTTTGCTTGTCCAATAGGCATTATCAGATACAACATGTTCAAAGGCAAACTTGATTTTCCTCCCATGGTTTCCTC
ATCTCAGCTCCTTTTTTTTTCCAGTTGCACAGGCTAAAAATAGGAAGTCATTCTAGATTCCTCTCTTTTTCATAAACCTCACATCAAATCCATCAGCCAA
TCTGGTGTGCTCTACCTTCAAGATACGGATTATCCAGAATTCAGCCGCTTCTCACTGTCTCTACTGCTAACATAGTAGTCAAAGCTGCTATCATCTCTTG
CTTGGATTGGTGCAATGGCCTCACAACTGATCTTCCTGCTTCCATACTTGACCCCTAGAGCCTCTTCTAAACAGAGTAGCTAGAGCGATCTTTTCTAAAT
CTAAGCCACATCATGTCACTCCCCTGCTCAAATCCCAACATTTTATTCAGAATAAAAGTCGAACAATGCCCTACCTGTAGGTAATCTAGGCCTCCAAAGC
TCTTCTTACATCACCTCCTGTAACTCTCCCCCTTTCTCACTCCTCTACAGCCACACAGCTGCCTCACTTTCCTTTGAACGTACCAAGGGCAATCCTGCTT
CAGAGCCTTTGCACTTGCTGTTTCTGGGCCAGGAATTCCACACCCTCCTTCCCTCACATGTATCCCAAGGCTCACTGCCTTCCTTCAGTTAAGTCTGCTG
GAATGTCACTTCATTAGGTATTGCCTGATCACCTTTTCTAAAGTGAGTCTCACCTCCACCCTCAATGCTGGCAATGTCTGTCTGTAGTGTATTCTTAACA
ATACAGATTAGCACAATGCAGGCCAGACCATGAAGACTGTTTCAAGTTCGAGGATGGGCAAAAATAATGACTAGGACTTGGCTCAAGATTCCTCAAACAG
CCAATAAACAATGCAAAGAATAAATGAGAGAGTAATTGGAGACAAGCTTTCCCTTGGCTTCCCTTCTTTTCTCACAGAGGCTTTTCCAGAAGGTGGTCAT
TTCCATAGCCCATGTGGAATGAGATGTCCACTAGGGCAGAGAAGCACAGAACCGTGGGCACTGCTTCCCTTCCTTTAACCCTATCATATTGCTGCCCAGT
GAGCAATATGGTCATTGGTCAAGAAGGCTTATGCCCAGGTATCCCTGTGGCTATGAGCATTGCTCCTTATCTATGCCTCTGCTCTTAGACTTTTCCATTC
TGCCCTCTTAGGGGCCTTCCTGGCCATGACCACACTACCTTATTTTTCTCTATAGTACTTATCACCATCTGACATGTATTTATGTTTGTATTTGTTTATT
GTCTGTCTCTACAAATAAAATGTAAATTCCCTAAAAA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 2
6 nts: 2
8 nts: 1

Tetra-loop variants:

AAAA    1
ACAG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0