Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CCCAGGCTGCAACGGAGGCAGAGCCAACGCCTCGCGGGCTTCCACGTACGCACTCCAACGCGTGTTCCCGGAGAAGAACGCATCCGGGTCACGGGAGCCG
GTGTCTCAGGCTCCGCCCCTTCACCCCCCGAAAGGCTAATCCCCACTTCCGACCCTCTCAGGCCTTTTCCGCTTCTCTTTTACCTCCCCAGGTCCGCCCG
TCTGCGCCCCTCACAGGAAGCCGGAGGGTCGCTCTGATCCCGAATCTCCCACAGGCGTGAACCTGCTCTGCTGTGTATCTTTGCGGGGTGGCCTGCGCTG
AGGCCTGCCGCGCGCGGTGAGTCCGCGCAGACCTGACCCTGCGTCTCGCAGCTCGGTTGAGGCCGCCGCCGCCTTCTCGGGATGCCGCGGCCGGGGTCCG
CGCAGCGCTGGGCGGCCGTCGCGGGCCGTTGGGGGTGCAGGCTGCTCGCACTGCTGCTACTGGTGCCTGGACCCGGCGGCGCCTCTGAGATCACCTTCGA
GCTTCCTGACAACGCCAAGCAGTGCTTCTACGAGGACATCGCTCAGGGCACCAAGTGCACCCTGGAGTTCCAGGTGATTACTGGTGGTCACTATGATGTA
GATTGTCGATTAGAAGATCCTGATGGTAAAGTGTTATACAAAGAGATGAAGAAACAGTATGATAGTTTTACCTTCACAGCCTCCAAAAATGGGACATACA
AATTTTGCTTCAGCAATGAATTTTCTACTTTCACACATAAAACTGTATATTTTGATTTTCAAGTTGGAGAAGACCCACCTTTGTTTCCTAGTGAGAACCG
AGTCAGTGCTCTTACCCAGATGGAATCTGCCTGTGTTTCAATTCACGAAGCTCTGAAGTCTGTCATCGATTATCAGACTCATTTCCGTTTAAGAGAAGCT
CAAGGCCGAAGCCGAGCAGAGGATCTAAATACAAGAGTGGCCTATTGGTCAGTAGGAGAAGCCCTCATTCTTCTGGTGGTTAGCATAGGGCAGGTATTTC
TTTTGAAAAGCTTTTTCTCAGATAAAAGAACCACCACAACTCGTGTTGGATCATAACTACGTTTTGAGAATTGATGCACCATTGCCACTGTAATATTGCT
GTCCTCTAATTAATTTTAGGTACTGAAGAACTTAATATTGGCAACATTTTTAAATCCTTACTCATACACTTGTTGGGAGGGATGTACAATGCATATTCCC
AAACTGTGGAAAGGACACCTTTTTTTATTTGTAAAGGTGGAAAAACTTTGGAACTCATTTTGGGCTATTCATGTTAAATATTCAACACCAATGATCTACT
CTGTTCGCAGTTGTTTATATCTACTCTTCGCACACTAAACTTTGGTATTTTGATTCCTTTTAACCATTTAAGACTACTTTTCTTATAGGTAGTTGATATT
TTAAAAACTTTAGATTTAATGTCTACATGTGTTAGGGAGGAAGAAAATTGCCTTTTAATTGTTAATAAGAAAACCAAATGTGATGAACTGTAGCCCAAGC
CCTATTCTGCACTGTTCAGTTTTATGGAGGAAAAATAAATCTACCATAGGAATGTTAGTTAATATTGATATATCATGGTAAAATTGATTTCTCACTAGCT
TAGAAAATGTCAGACTTTTGTTTTTGGGGTTTATAATTTAAACCAGCTATGCTATTTTTTCATAAAGGCATTTGTAGTACACAGAAAACAGTAGTTTCAG
TAGTGTAAAAGAGTTTATACAGGCCTTAAATATCAGACTTTGTAACAGGTAGAAATATTACAGAATAATTTAAGACACTACAATGGGGGCAAATGAAATA
GGAAAATTTTTAGTGAGTTACACGTACTCATTACATTTTCAGTGCTTTTACAAGGAAAAAAGGTGATATGTTTAATTTTAAAATTTTAATTGGCTAGCTC
TTGCCCTTATATGACTTTAATGTCTGTGAGTCATTCCCAGCTTAAATTAACAATTGTTAGTATTAGTCTCACACATAAGTGCCATACATTTTATCCTCAT
GGATGTGATGCACTGAAAAGTTAGTTGCTCTCCTTTTTTCTTTTTTTTGTCGTGCATATTTTATTTCTGTAGTTTCTGGTTAGCTACCCTAAAGTGATTT
AAAAATTTAGAATGCTTTGTGTTTCCTATTTGGTAATCTTCATTGACTTTTCTTTAGTTAATGAGTATTAAATAGTGCATATTCTGTAGACTATAGGGTT
TACATTGTGTTGCATCTTATAACTTGTATAGATTGAGCTGATTGAAATAAGATTTTGTTCCAAGTATTATCTGATAGAATACAAGATGATTCAAAATTAT
ATAGATATTTAAAGCTTTTCTGCTGTTTTTTTTTTTTTTAATTGCAACTGCTTTTCTGCCGTGCCTCTCTTCCCTACCCAAAAGTGATGAGTTCTGAACA
AGACAAGACTGTCATATTGTAGAGACTTTGGTATGTGATACCATAGAATACTGATTGGATAGCCATCCTAGTCACTTACCAATACTGACTAGAAGTTAAC
TCTTAATTCTAAGCTATCTTAAAATGCATATATATACTTCTTGCATGGAAGAGCAAAACAAATTCAAGTTGTCATGCCTGATAATTTCAGATGCCACCGT
ATAGCAAAGGGTGAACATGTTTTCAACCCTTTAACTTTTTACGGTGTTTGAAGACCAGCTACTCCTTAATATTTATCAATGGATTAAGAAGTTTAAGATT
TTGCAGATTTATCAATTTGGGTTTTTGTACTGAAGTTGTCTTGCGGCTTTGCAAGTGTCCCTTTATATTTAAATTTGAAAGTTGTAAGCACTGATGTTAA
TGTGATTGATCAGCATGGGCATATGTAAAATGTCCTTTTCTGGTTGCCTCTCTATGCTATTGTGTTCAGATACTTACACCATAATTAAACAGTAAGTTAT
AGACTTGCTGAGTTTGGCATAGATAGTGCACTCATTTAATCTGTGCCTCTCAAAACTTCAGAATATTAGCATATTACCACAAATAATTTTTGGTGAAACT
ATTGAGATATTAAAATTTTTGAAATCACTACTGTTACCTGTTATAGAAAATAGTGTTGGCTTAGTCTAGTCTCTGTGTAACTGGTTACATTTTGATGGTT
GTCTATACTCAACTGGATATGTGTATGTAAATTAGAAAATACATACCTATCCAGACATAAATGCTAAGTAACATTTTTTTCTTCCTCCAACTACATAATT
TGTAGCTCATCATTTTTCCTTAATCCTTTCCTAACTTGTTGCAGCAGTTTGAATTTCCCAGATATTTATGTTTGAACATAATGGCTCAGAATACATATTT
GAACATCATAGTTGTATATATTTTTAAAGTAGAATAAATAATGGAAAGCAACTTGATATACAAGTTTATACTAAAATTTCAACTGTGTGAAGATACATTT
TAAGGCATTACTTTGCTAATAATCTACACATTCTTTTTTCTATTAAATAAACAAATGGTTTGTGGTTCACAGCTTTCATCCAAGCTTGGTGATAATCAAT
TTTGAAAATACAGTGGACTGAAAAGCAAATTTATTCTTTCGAAGATTTCATTTAAATCTCTGTACTATGCATTTTTGTTTCAGTTTGTAAATGTGTAACA
TTTATAGTTAAATAGGACAAAGCAGGCCCTATGACTATTGTTTTCAAAAAATTAATATATAAATAATTCAGAGGGGTTTTTCATTTACTTTTGAAAAGAA
ATTTCTTTAACAGGATTGCACCTATCAATTTCTTGTAGAATAAAAAAAAATCTTTCA

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 7
5 nts: 6
6 nts: 3
7 nts: 4
10 nts: 2

Tetra-loop variants:

AUAG    1
AGAC    1
CACU    1
UAAU    1
AAUU    1
UCAU    1
AAAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 2
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0