Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GTCGCGCCATTTTGCCGGGGTTTGAATGTGAGGCGGAGCGGCGGCAGGAGCGGGTAGTGCCAGCTACGGTCCGCGGCTGGGGTTCCCTCCTCCGTTTCTG
TATCCCCACGAGATCCTATAGCAATGGAACTCAGCGATGCAAATCTGCAAACACTAACAGAATATTTAAAGAAAACACTTGATCCTGATCCTGCCATCCG
ACGTCCAGCTGAGAAATTTCTTGAATCTGTTGAAGGAAATCAGAATTATCCACTGTTGCTTTTGACATTACTGGAGAAGTCCCAGGATAATGTTATCAAA
GTATGTGCTTCAGTAACATTCAAAAACTATATTAAAAGGAACTGGAGAATTGTTGAAGATGAACCAAACAAAATTTGTGAAGCCGATCGAGTGGCCATTA
AAGCCAACATAGTGCACTTGATGCTTAGCAGCCCAGAGCAAATTCAGAAGCAGTTAAGTGATGCAATTAGCATTATTGGCAGAGAAGATTTTCCACAGAA
ATGGCCTGACTTGCTGACAGAAATGGTGAATCGCTTTCAGAGTGGAGATTTCCATGTTATTAATGGAGTCCTCCGTACAGCACATTCATTATTTAAAAGA
TACCGTCATGAATTTAAGTCAAACGAGTTATGGACTGAAATTAAGCTTGTTCTGGATGCCTTTGCTTTGCCTTTGACTAATCTTTTTAAGGCCACTATTG
AACTCTGCAGTACCCATGCAAATGATGCCTCTGCCCTGAGGATTCTGTTTTCTTCCCTGATCCTGATCTCAAAATTGTTCTATAGTTTAAACTTTCAGGA
TCTCCCTGAATTTTTTGAAGATAATATGGAAACTTGGATGAATAATTTTCATACTCTCTTAACATTGGATAATAAGCTTTTACAAACTGATGATGAAGAG
GAAGCCGGCTTATTGGAGCTCTTAAAATCCCAGATTTGTGATAATGCCGCACTCTATGCACAAAAGTACGATGAAGAATTCCAGCGATACCTGCCTCGTT
TTGTTACAGCCATCTGGAATTTACTAGTTACAACGGGTCAAGAGGTTAAATATGATTTGTTGGTAAGTAATGCAATTCAATTTCTGGCTTCAGTTTGTGA
GAGACCTCATTATAAGAATCTATTTGAGGACCAGAACACGCTGACAAGTATCTGTGAAAAGGTTATTGTGCCTAACATGGAATTTAGAGCTGCTGATGAA
GAAGCATTTGAAGATAATTCTGAGGAGTACATAAGGAGAGATTTGGAAGGATCTGATATTGATACTAGACGCAGGGCTGCTTGTGATCTGGTACGAGGAT
TATGCAAGTTTTTTGAGGGACCTGTGACAGGAATCTTCTCTGGTTATGTTAATTCCATGCTGCAGGAATACGCAAAAAATCCATCTGTCAACTGGAAACA
CAAAGATGCAGCCATCTACCTAGTGACATCTTTGGCATCAAAAGCCCAAACACAGAAGCATGGAATTACACAAGCAAATGAACTTGTAAACCTAACTGAG
TTCTTTGTGAATCACATCCTCCCTGATTTAAAATCAGCTAATGTGAATGAATTTCCTGTCCTTAAAGCTGACGGTATCAAATATATTATGATTTTTAGAA
ATCAAGTGCCAAAAGAACATCTTTTAGTCTCGATTCCTCTCTTGATTAATCATCTTCAAGCTGAAAGTATTGTTGTTCATACTTACGCAGCTCATGCTCT
TGAACGGCTCTTTACTATGCGAGGGCCTAACAATGCCACTCTCTTTACAGCTGCAGAAATCGCACCGTTTGTTGAGATTCTGCTAACAAACCTTTTCAAA
GCTCTCACACTTCCTGGCTCTTCAGAAAATGAATATATTATGAAAGCTATCATGAGAAGTTTTTCTCTCCTACAAGAAGCCATAATCCCCTACATCCCTA
CTCTCATCACTCAGCTTACACAGAAGCTATTAGCTGTTAGTAAGAACCCAAGCAAACCTCACTTTAATCACTACATGTTTGAAGCAATATGTTTATCCAT
AAGAATAACTTGCAAAGCTAACCCTGCTGCTGTTGTAAATTTTGAGGAGGCTTTGTTTTTGGTGTTTACTGAAATCTTACAAAATGATGTGCAAGAATTT
ATTCCATACGTCTTTCAAGTGATGTCTTTGCTTCTGGAAACACACAAAAATGACATCCCGTCTTCCTATATGGCCTTATTTCCTCATCTCCTTCAGCCAG
TGCTTTGGGAAAGAACAGGAAATATTCCTGCTCTAGTGAGGCTTCTTCAAGCATTCTTAGAACGCGGTTCAAACACAATAGCAAGTGCTGCAGCTGACAA
AATTCCTGGGTTACTAGGTGTCTTTCAGAAGCTGATTGCATCCAAAGCAAATGACCACCAAGGTTTTTATCTTCTAAACAGTATAATAGAGCACATGCCT
CCTGAATCAGTTGACCAATATAGGAAACAAATCTTCATTCTGCTATTCCAGAGACTTCAGAATTCCAAAACAACCAAGTTTATCAAGAGTTTTTTAGTCT
TTATTAATTTGTATTGCATAAAATATGGGGCACTAGCACTACAAGAAATATTTGATGGTATACAACCAAAAATGTTTGGAATGGTTTTGGAAAAAATTAT
TATTCCTGAAATTCAGAAGGTATCTGGAAATGTAGAGAAAAAGATCTGTGCGGTTGGCATAACCAAATTACTAACAGAATGTCCCCCAATGATGGACACT
GAGTATACCAAACTGTGGACTCCATTATTACAGTCTTTGATTGGTCTTTTTGAGTTACCCGAAGATGATACCATTCCTGATGAGGAACATTTTATTGACA
TAGAAGATACACCAGGATATCAGACTGCCTTCTCACAGTTGGCATTTGCTGGGAAAAAAGAGCATGATCCTGTAGGTCAAATGGTGAATAACCCCAAAAT
TCACCTGGCACAGTCACTTCACAAGTTGTCTACCGCCTGTCCAGGAAGGGTTCCATCAATGGTGAGCACCAGCCTGAATGCAGAAGCGCTCCAGTATCTC
CAAGGGTACCTTCAGGCAGCCAGTGTGACACTGCTTTAAACTGCATTTTTCTAATGGGCTAAACCCAGATGGTTTCCTAGGAAATCACAGGCTTCTGAGC
ACAGCTGCATTAAAACAAAGGAAGTTCTCCTTTTGAACTTGTCACGAATTCCATCTTGTAAAGGATATTAAATGTTGCTTTAACCTGAACCTTGAGCAAA
TTAGTTGGTTTGTGTGATCATACAGTTATGTGGGTGGCTTCTAGTTTGCAACTTCAAGGGACAAGTATTAATAGTTCAGTGTATGGCGTTGGTTTGTGTT
GAGCGTTTGCACGGTTTGGATAATCTTAAATTTTGACGGACACTGTGGAGACTTTCTGTTACTAAATCCTTTTGTTTTGAAGCTGTTGCTATTTGTATTT
CTCTTGTCCTTTATATTTTTTGTCTGTTTATTTACGCTTTTATTGGAAATGTGAATAAGTAAAGAATTACTTGTGTTACTTGCCAAGCAGTGCACATTTC
ATAGTTTCAAATCTGTAATCAGCAATAAAAATCCTAAAATATGTACCTAAGAA

Loop counts:

3 nts: 6
4 nts: 8
5 nts: 2
6 nts: 1
7 nts: 1
9 nts: 2

Tetra-loop variants:

AGAC    1
GCUG    1
AAUC    1
UUAG    1
GAUG    1
CCAA    1
CUAG    1
AGAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 3
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0