Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AAAACCCGGGCCGGGATAGGGCGTGGGGCCGCGCGTCTGGACGTCCCTCGCGTCGGGCCCGACAGCGCCTGCGCACTGCGCCGCCGGCTGGGGTGCTGGG
GGCGGGGCAGGGGCAGGTGTAGCCTCTGTGCCTCGTTGTCCCCTGGCGCTACCCGGACATCTCTCAGGGTGCCGGCACCATGAAGATCTGGACTTCGGAG
CACGTCTTTGACCACCCGTGGGAAACTGTTACAACAGCTGCAATGCAGAAATACCCAAACCCTATGAACCCAAGTGTGGTTGGAGTTGATGTGTTGGACA
GACATATAGATCCCTCTGGAAAGTTGCACAGCCACAGACTTCTCAGCACAGAGTGGGGACTGCCTTCCATTGTGAAGTCTCTTATTGGTGCAGCAAGAAC
GAAAACATATGTGCAAGAACATTCTGTAGTTGATCCTGTAGAGAAAACAATGGAACTTAAATCTACTAATATTTCATTTACAAACATGGTTTCAGTAGAT
GAGAGACTTATATACAAACCACATCCTCAGGATCCAGAAAAAACTGTTTTGACACAAGAAGCCATAATTACCGTGAAAGGAGTTAGCCTCAGCAGTTACC
TTGAAGGACTGATGGCAAGTACGATATCCTCAAATGCTAGTAAAGGCCGAGAAGCAATGGAATGGGTAATACATAAATTAAATGCTGAGATTGAAGAACT
GACAGCCTCAGCAAGAGGAACCATAAGGACTCCAATGGCAGCAGCAGCGTTTGCAGAGAAGTGATCGTGACAGTTGGTAGACAACATCGGGTACTCCAGG
TCTCTCCAAACTGACTATATATTTATTTGTTATTTTAAAAATACAACTATATTTTGGGTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATAAGTTGGTGTAAGGCTA
TGTGACTTGATCAAAACAGATGCAGGGCCTCTAAATAAAAGGGATCATCTGAAATTAATGTTGTTTGAAATTACTATCTGATTTTGAGGGTTCCAGTATT
TCTGTGAAAATTCAACAAGAACTCCTTGGAAACTGGTATTGATATTCAGTCTCCTTAAGGTAGATTTTTCAAGCTTTTCATACATTGGAACTCCACCTGA
CTTTGGACCAACCCCAGAACAGAGCAGAGCCACCTCCTATAGACGCCCATTGCCCTGCTGCTGTACACTTCAGCAGCTTGCACAAGGGAGCTCACTTAAA
AGGAGAAATTGTGTAGTTTTAAAATATATTTTGTGTAAAATACCTTACTATGCTATAAACCACCATTAAAAACCAGTGTTTTGATTTGGTACTTAAATAT
TTTTGGAGTGAAAATTATCACTAAAGTAACATGACTCCAACAAAAGTATGGTTTCATTATAAAAGAGTACTGTATTGATTTGCCCAAGTTTTGTAACTTA
GTAAAGGTATTAACTTCCTTGGATTTGTACTTTGTGATTTAGTATGCTGTATCGTGGGCTGGTTATGTTAACTGAAAAAAATAAAGTCATTACCTGAGTT
TTGCAGTGCTCTAACTTAAACAGAAGAACAGCTGTTCACATCTTTTAGCATTTTACATTTGCCTAACTTAAAAATTGCCATGTGTCAAAATCATGGTTTT
GTAATTGCTAAGGCATGATATGTCAGGTTATTTGAATATAATTACTTTTTGAAGTAATTGTGACCACAAAACATCTTTTTTACATGAAGGAGCTGTGTAT
CATTTGAAATTACTCAAATGATGTCTTGCTCTGAGGCATAAATCCCAGGTACTTAGTGTTTTTAATAATATGGTGCCACTGCAGGATTTGGGGGCGGTGG
GGAAGAACAAGCATAATGGTAGGGGGAGGCTTGGCCTGAAACTAACCACTGAGTGAATTGCACTGCAGGTTTTACTTAACGGGAATTCCTTATTTGGGAT
GTCAAGAGGGCAGCTGCAAACTGAAAAACAATCCAGTAAATGTACTTTGTTTTATGTATTGTAGCAGGCAATTAACTACTAAATAATAGCTTTGACATTT
GCAATTGTTGCATAGAGACTATTTTTGCTAGAAGATGATTAGCTCTTGCCTTTATTTTACAGTGCTTAGTGTGATAAACTTCTAGTCATGTTTCCTATCC
AAGAGACCAGTTAATATATGTACATAAACCACAGAAATAGTATAACACACTATTTTTAAATTATCGTTTTCCTACTTAAATTTTGTTTAGCTTAAGACTT
CTTAGGACATTTGTAAAAGCAGGTTAAATTTAATAAGGTTTCTGATTTTTTTTTGTAACCGGAGATAGTTTTTACAAGTGAAATAACATTTCAGCTAAAT
AAAACATCGCTAAATAATTGATATTTGATGAAAATCTGCTTTGTATAATTTCTGTAAATTATCCTTGTTCTGAAAAAGGTGTAATGCCCTAATATTTTTA
AATCCTTATCCTTTGATTTTTTAAAAACTGACCTATTGATAAAACTATAAATTTTCATTTTCCAGTGCAGTTAGTTACCTTTTTAAACATAAATGCACAA
CAAGCAAATGAATTTAAGAGAACTAAACTGGAATAAGTGTTCATAAATGAAACCCTTGGACTATTTAATAAAGTTGAAATGTGAATTAAGGAAAACTTTT
GTTAATAAAAACTTTCTTTTAAGTGA

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 6
5 nts: 1
6 nts: 3
7 nts: 4
8 nts: 1
9 nts: 2

Tetra-loop variants:

UUGU    1
UAUG    1
UACA    1
AGCU    1
UUUG    1
UAUC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 3
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 2
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 2
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0