Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CCTTCAGTTCTTAAAGCGCTGCAATTCGCTGCTGCAGCCATATTTCTTACTCTCTCGGGGCTGGAAGCTTCCTGACTGAAGATCTCTCTGCACTTGGGGT
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CCTCCCCTGCCCCACCCCACCCTCAATCTTCCTTTCCCTTCTGGCAGGGAGTGCCAGCTCCATAAGAACCTTACATTTGGACAGTCAAGGTGCACAATTC
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AGCAGGGGTGCTGATAACCAAGGCCCATTTTCCTGGCCTGTTATGTGTGTGATTATATTTGTCCAGGTTTCTGTGTACTAGACAAGGAAGCCTCCTCTGC
CCCATCCCATCTACGCATAATCTTTCTTTTCCTCCCAGCAGGGAGTGCTCACTCCATAAGACCCTTACATTTGGACAATCAAGGTGCACAATTGTAAGTG
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ATAATTGCATTTATGTTGGTTCTTGTGCCCTAGACAAGGATGCCCCACCTCTTTTCAATAGTGGGTGCCCACTCCTTATGATCTTTACATTTGAACAGTT
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TGATCAACCAAAGTCCTGTTGTTTTGGACTGTTAATATGTGCAATTACATTTGCTCCTGATCTGTGCACTAGATAAGGATCCTACCTACTTTCTTAGTGT
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GCAGGGGGATGATATTCACTAAGTGCCCCTTCTTTTGGACTTAATATGCATTAATGCAATTGTCCACCTCTTCTTTTAGACTAAGAGTTGATCTCCACAT
ATTCCCCTTGCATCAGGGGCATGTTAATTATGAATGAACCCTTTTCTTTTAATATTAATGTCATAATTGTATTTGTGGACCTGTGTAGGAGAAAAAGACC
CTATGTTCCTCCCATTACCCTTTGGATTGCTGCTGAGAAGTGTTAACTACTCATAATCTCAGCTCTTGGACAATTAATAGCATTAATAACAATTATCAAG
GGCACTGATCATTAGATAAGACTCCTGCTTCCTCGTTGCTTACATCGGGGGTACTGACCCACTAAGGCCCCTTGTACTGTTAATGTGAATATTTGCAATT
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AATAGGCACAATGGCAGTTATCAATGGTTTTCTCCCTCCCTGACCTTGTTAAGCAAGCGCCCCACCCCACCCTTAGTTTCCCATGGCATAATAAAGTATA
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GGACTTAAACAATTCTCAGTTGCACTTTCCTTGGTCCCACCCATTATACATGAACCCCTCTACTTCCTTTCGCATTGCTTCTGAGTATGCTGACTACCCA
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CAGCATTCACTTTTAGAAAAACTACCTAAATTTTATAATCCTTTAATTTCTTCATCTGGAGCACCTGCCCCTACTTATTTCAAGAAGATTGCAGTAAAAC
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GCTCAGGGAGCAGTTTGCCCTACTAGCTCCTCGGACAGCTGTAAAGAAGAGTCTCTGGCTCTTTAGAATACTGATCCCATTGAAGATACCACGCTGCATG
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CTTAGACATATCTCTCATTTTTCATTTTGTTGCTATTTCTCTTTGCTCTCCTAGATGTGGCTCTTCTTTCACGCTTTATTTCATGTCTCCTTTTTGGGTC
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TCCCCTTCTCGTTCGTTTTAAATTTCACCTTTTTTCTGAGTCTGGCCTCCTTTCTGCTGTTTCTACTTTTTATCTCACATTTCTCATTTCTGCATTTCCT
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TATTTGTTCTCTGCTTCTTCCCTTTCTACTCACCTTTGAGTATTTCAGCCTCTTCATGAATCTATCTCCCTCTCTTTGATTTCATGTAATCTCTCCTTAA
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GCCCAGGGTTGTAGCTGGAAGACCTACAACCCAAGGATGGAAGGCCCCTGTCACAAAGCCTACCTAGATGGATAGAGGACCCAAGCGAAAAAGGTATCTC
AAGACTAACGGCCGGAATCTGGAGGCCCATGACCCAGAACCCAGGAAGGATAGAAGCTTGAAGACCTGGGGAAATCCCAAGATGAGAACCCTAAACCCTA
CCTCTTTTCTATTGTTTACACTTCTTACTCTTAGATATTTCCAGTTCTCCTGTTTATCTTTAAGCCTGATTCTTTTGAGATGTACTTTTTGATGTTGCCG
GTTACCTTTAGATTGACAGTATTATGCCTGGGCCAGTCTTGAGCCAGCTTTAAATCACAGCTTTTACCTATTTGTTAGGCTATAGTGTTTTGTAAACTTC
TGTTTCTATTCACATCTTCTCCACTTGAGAGAGACACCAAAATCCAGTCAGTATCTAATCTGGCTTTTGTTAACTTCCCTCAGGAGCAGACATTCATATA
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GACAGCCTGAACTCCCTGCTCATAGTAGTGGCCAAATAATTTGGTGGACTGTGCCAACGCTACTCCTGGGTTTAATACCCATCTCTAGGCTTAAAGATGA
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CACTGTAAAACATAAGAGAAAAACCAATTAGTGTATTGGCAATCATGCAGTTAACATTTGAAAGTGCAGTGTAAATTGTGAAGCATTATGTAAATCAGGG
GTCCACAGTTTTTCTGTAAGGGGTCAAATCATAAATACTTTAGACTGTGGGCCATATGGTTTCTGTTACATATTTGTTTTTTAAACAACGTTTTTATAAG
GTCAAAATCATTCTTAGTTTTTGAGCCAATTGGATTTGGCCTGCTGTTCATAGCTTACCACCCCCTGATGTATTATTTGTTATTCAGAGAAAATTTCTGA
ATACTACTAGTTTCCTTTTCTGTGCCTGTCCCTGTGCTAGGCACTAAAAATGCAATGATTATTGATATCTAGGTGACCTGAAAAAAAATAGTGAATGTGC
TTTGTAAACTGTAAAGCACTTGTATTCTACTGTGATAAGCGTTGTGGATACAAAGAAAGGAGCAAGCATAAAAAAGTGCTCTTTCAAAAGGATATAGTAC
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ATTCCAGGTATCAGAAACGAAAACACATGGAAACTGCTTTTAAACTTTAAAATATACTGAAAACATAAGGGACTAAGCTTGTTGTGGTCACCTATAATGT
GCCAGATACCATGCTGGGTGCTAGAGCTACCAAAGGGGGAAAAGTATTCTCATAGAACAAAAAATTTCAGAAAGGTGCATATTAAAGTGCTTTGTAAACT
AAAGCATGATACAAATGTCAATGGGCTACATATTTATGAATGAATGAATGGATGAATGAATATTAAGTGCCTCTTACATACCAGCTATTTTGGGTACTGT
AAAATACAAGATTAATTCTCCTATGTAATAAGAGGAAAGTTTATCCTCTATACTATTCAGATGTAAGGAATGATATATTGCTTAATTTTAAACAATCAAG
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GACCGAAAGTCACTTAATTCAGCTTGCGAATGTGCTTTCTAAATTATAAAGCACTTGTAAATGAAAAATTTGATGCTTTCTGTATGAATAAAACTTTCTG
TAAGCTAGGTATTGTCTCTACAAAATTCTCATTGTATAGTTAAACCACAGTGAGAAGGGTTCTATAAGTAGTTATACAAACCAAGGGTTTAAATACCTGT
TAAATAGATCAATTTTGATTGCCTACTATGTGAACTCACTGTTAAAGGCACTGAAAATTTATCATATTTCATTTAGCCACAGCCAAAAATAAGGCAATAC
CTATGTTAGCATTTTGTGAACTCTAAGGCACCATATAAATGTAACTGTTGATTTTCTCACTTGGTGCTGGGTACTAGGTTTATAAAATTGTATGATAGTT
ATTATATTGTGCAAATAAAGTAGGAAAATTTGAATAACAATGATTATCTTTTGAATACGCATACGCAAGGGATTGGTTGTCTGAAGAATGCCACTATAGT
AGTTATCTATTGTGTGCCAATCTCATTGCTAGGCATTGGGGATGCAAAGATAAACCATCTTTATTGTGTCTTGGGTAGCAGAAGAAAATATGTGTAAAAT
CAATTTATAATTTGTAAACTGCCACCCATATATAAGCTATATCTGCTGAATGATCATTGATTACTCTTATCCTTAGAGATAACAACTGGGGGCACAAACA
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GATTACTTTCTGTGGGGCTCGGAACTACATGCCCTAGGATATAAAAATGATGTTATCATTATAGAGTGCTCACAGAAGGAAATGAAGTAATATAGGTGTG
AGATCCAGACCAAAAGTCATTTAACAAGTTTATTCAGTGATGAAAACATGGGACAAATGGACTAATATAAGGCAGTGTACTAAGCTGAGTAGAGAGATAA
AGTCCTGTCCAGAAGATACATGCTTCCTGGCCTGATTGAGGAGATGGAAAATTTTTGCAAAAAACAAGGTGTTGTGGTCTTCCATCCAGTTTCTTAAGTG
CTGATGATAAAAGTGAATTAGACCCACCTTGACCTGGCCTACAGAAGTAAAGGAGTAAAAATAAATGCCTCAGGCGTGCTTTTTGATTCATTTGATAAAC
AAAGCATCTTTTATGTGGAATATACCATTCTGGGTCCTGAGGATAAGAGAGATGAGGGCATTAGATCACTGACAGCTGAAGATAGAAGAACATCTTTGGT
TTGATTGTTTAAATAATATTTCAATGCCTATTCTCTGCAAGGTACTATGTTTCGTAAATTAAATAGGTCTGGCCCAGAAGACCCACTCAATTGCCTTTGA
GATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAATGCAAGTTTCTTTCAAAATAAAGAGACATTTTTCCTAGTTTCAGGAATCCCCCAAATCACTTCCTCATT
GGCTTAGTTTAAAGCCAGGAGACTGATAAAAGGGCTCAGGGTTTGTTCTTTAATTCATTAACTAAACATTCTGCTTTTATTACAGTTAAATGGTTCAAGA
TGTAACAACTAGTTTTAAAGGTATTTGCTCATTGGTCTGGCTTAGAGACAGGAAGACATATGAGCAATAAAAAAAAGATTCTTTTGCATTTACCAATTTA
GTAAAAATTTATTAAAACTGAATAAAGTGCTGTTCTTAAGTGCTTGAAAGACGTAAACCAAAGTGCACTTTATCTCATTTATCTTATGGTGGAAACACAG
GAACAAATTCTCTAAGAGACTGTGTTTCTTTAGTTGAGAAGAAACTTCATTGAGTAGCTGTGATATGTTCGATACTAAGGAAAAACTAAACAGATCACCT
TTGACATGCGTTGTAGAGTGGGAATAAGAGAGGGCTTTTTATTTTTTCGTTCATACGAGTATTGATGAAGATGATACTAAATGCTAAATGAAATATATCT
GCTCCAAAAGGCATTTATTCTGACTTGGAGATGCAACAAAAACACAAAAATGGAATGAAGTGATACTCTTCATCAAACAGAAGTGACTGTTATCTCAACC
ATTTTGTTAAATCCTAAACAGAAAACAAAAAAAATCATGACGAAAAGACACTTGCTTATTAATTGGCTTGGAAAGTAGAATATAGGAGAAAGGTTACTGT
TTATTTTTTTTCATGTATTCATTCATTCTACAAATATATTCGGGTGCCAATAGGTACTTGGTATAAGGTTTTTGGCCCCAGAGACATGGGAAAAAAATGC
ATGCCTTCCCAGAGAATGCCTAATACTTTCCTTTTGGCTTGTTTTCTTGTTAGGGGCATGGCTTAGTCCCTAAATAACATTGTGTGGTTTAATTCCTACT
CCGTATCTCTTCTACCACTCTGGCCACTACGATAAGCAGGTAGCTGGGTTTTGTAGTGAGCTTGCTCCTTAAGTTACAGGAACTCTCCTTATAATAGACA
CTTCATTTTCCTAGTCCATCCCTCATGAAAAATGACTGACCACTGCTGGGCAGCAGGAGGGATGATGACCAACTAATTCCCAAACCCCAGTCTCATTGGT
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TAATTATACCTTAGAAATGTTCTCCTTTTTATCATCAAATCTGCTCAAGAAGGGCTTTTTATAGTAGAATAATATCAGTGGATGAAAACAGCTTAACATT
TTACCATGCTTAAGTTTTAAGAATAAAATAAAAATTGGAAATAATTGGCCAAAATTGAAAGGAAAAATTTTTTTAAAATTTCTCTAAATGTAGGCCTGGC
TGGGCTTTGACCTTTTCCGTTTTTAAATCACTCACAGAGGGTGGGACAGGAGGAAGAGTGAAGGAAAAGGTCAAACCTGTTTTAAGGGCAACCTGCCTTT
GTTCTGAATTGGTCTTAAGAACATTACCAGCTCCAGGTTTAAATTGTTCAGTTTCATGCAGTTCCAATAGCTGATCATTGTTGAGATGAGGACAAAATCC
TTTGTCCTCACTAGTTTGCTTTACATTTTTGAAAAGTATTATTTTTGTCCAAGTGCTTATCAACTAAACCTTGTGTTAGGTAAGAATGGAATTTATTAAG
TGAATCAGTGTGACCCTTCTTGTCATAAGATTATCTTAAAGCTGAAGCCAAAATATGCTTCAAAAGAAGAGGACTTTATTGTTCATTGTAGTTCATACAT
TCAAAGCATCTGAACTGTAGTTTCTATAGCAAGCCAATTACATCCATAAGTGGAGAAGGAAATAGATAAATGTCAAAGTATGATTGGTGGAGGGAGCAAG
GTTGAAGATAATCTGGGGTTGAAATTTTCTAGTTTTCATTCTGTACATTTTTAGTTAGACATCAGATTTGAAATATTAATGTTTACCTTTCAATGTGTGG
TATCAGCTGGACTCAGTAACACCCCTTTCTTCAGCTGGGGATGGGGAATGGATTATTGGAAAATGGAAAGAAGAAAGTAACTAAAAGCCTTCCTTTCACA
GTTTCTGGCATCACTACCACTACTGATTAAACAAGAATAAGAGAACATTTTATCATCATCTGCTTTATTCACATAAATGAAGTTGTGATGAATAAATCTG
CTTTTATGCAGACACAAGGAATTAAGTGGCTTCGTCATTGTCCTTCTACCTCAAAGATAATTTATTCCAAAAGCTAAGATAAATGGAAGACTCTTGAACT
TGTGAACTGATGTGAAATGCAGAATCTCTTTTGAGTCTTTGCTGTTTGGAAGATTGAAAAATATTGTTCAGCATGGGTGACCACCAGAAAGTAATCTTAA
GCCATCTAGATGTCACAATTGAAACAAACTGGGGAGTTGGTTGCTATTGTAAAATAAAATATACTGTTTTGAAAA

Loop counts:

3 nts: 21
4 nts: 30
5 nts: 18
6 nts: 22
7 nts: 9
8 nts: 9
9 nts: 10
10 nts: 2

Tetra-loop variants:

UAAU    4
UAAC    3
UUAC    3
CAUC    1
GCCC    1
AACU    1
CAUU    1
AUCG    1
CUUA    1
CCUA    1
AACG    1
AAGC    1
UUUU    1
UGCC    1
AGCU    1
AUCC    1
UUUC    1
UUCA    1
CAAU    1
AAAU    1
UGAA    1
CCUU    1
GUAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 3
A x 0 bulge: 4
U x 0 bulge: 4
C x 0 bulge: 5

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 4
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 4
A x A bulge: 4
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 2
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0