Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GAGGAGGCGGAGGACGCGGCGGCGGCGGGGACGCGGTGACTTAGGGCCGCTCCGTGTTATGAAGACAGTATGGAGTTTCCAGACCATAGTAGACATTTGC
TACAGTGTCTGAGCGAGCAGAGACACCAGGGTTTTCTTTGTGACTGCACTGTTCTGGTGGGAGATGCCCAGTTCCGAGCGCACCGAGCTGTACTGGCTTC
ATGCAGCATGTATTTCCACCTCTTTTACAAGGACCAGCTGGACAAAAGAGACATTGTTCATCTGAACAGCGACATTGTTACAGCCCCCGCTTTCGCTCTC
CTGCTTGAATTCATGTATGAAGGGAAACTCCAGTTCAAAGACTTGCCCATTGAAGACGTGCTAGCAGCTGCCAGTTATCTCCACATGTATGACATTGTCA
AAGTCTGCAAAAAGAAGCTGAAAGAGAAAGCCACCACGGAGGCAGACAGCACCAAAAAGGAAGAAGATGCTTCAAGTTGTTCGGACAAAGTCGAGAGTCT
CTCCGATGGCAGCAGCCACATAGCAGGCGATTTGCCCAGTGATGAAGATGAAGGAGAAGATGAAAAATTGAACATCCTGCCCAGCAAAAGGGACTTGGCG
GCCGAGCCTGGGAACATGTGGATGCGATTGCCCTCAGACTCAGCAGGCATCCCCCAGGCTGGCGGAGAGGCAGAGCCACACGCCACAGCAGCTGGAAAAA
CAGTAGCCAGCCCCTGCAGCTCAACAGAGTCTTTGTCCCAGAGGTCTGTCACCTCCGTGAGGGATTCGGCAGATGTTGACTGTGTGCTGGACCTGTCTGT
CAAGTCCAGCCTTTCAGGAGTTGAAAATCTGAACAGCTCTTATTTCTCTTCACAGGACGTGCTGAGAAGCAACCTGGTGCAGGTGAAGGTGGAGAAAGAG
GCTTCCTGTGATGAGAGTGATGTTGGCACTAATGACTATGACATGGAACATAGCACTGTGAAAGAAAGTGTGAGCACTAATAACAGGGTACAGTATGAGC
CGGCCCATCTGGCTCCCCTGAGGGAGGACTCGGTCTTGAGGGAGCTGGACCGGGAGGACAAAGCCAGTGATGATGAGATGATGACCCCAGAGAGCGAGCG
TGTCCAGGTGGAGGGAGGCATGGAGAGCAGTCTGCTCCCCTACGTCTCCAACATCCTGAGCCCCGCGGGCCAGATCTTCATGTGCCCCCTGTGCAACAAG
GTCTTCCCCAGCCCCCACATCCTGCAGATCCACCTGAGCACGCACTTCCGCGAGCAGGACGGCATCCGCAGCAAGCCCGCCGCCGATGTCAACGTGCCCA
CGTGCTCGCTGTGTGGGAAGACTTTCTCTTGCATGTACACCCTCAAGCGCCACGAGAGGACTCACTCGGGGGAGAAGCCCTACACATGCACCCAGTGCGG
CAAGAGCTTCCAGTACTCGCACAACCTGAGCCGCCATGCCGTGGTGCACACCCGCGAGAAGCCGCACGCCTGCAAGTGGTGCGAGCGCAGGTTCACGCAG
TCCGGGGACCTGTACAGACACATTCGCAAGTTCCACTGTGAGTTGGTGAACTCCTTGTCGGTCAAAAGCGAAGCACTGAGCTTGCCTACTGTCAGAGACT
GGACCTTAGAAGATAGCTCTCAAGAACTTTGGAAATAATTTTATATATATATAAATAATATATATATATATACATATATATAAATAGATCTCTATATAGT
TGTGGTACGGTCTAAAAGCAGTCTTGTTTCCTGGAAATAAAAAGTTGGGATATTAACTTGTTTTTGCACTTTAGAATAGCATGAGAATCTCACTAATTTA
GCATTCTGATAAAAGAAACTTTAGAGCAAGTCAGAATAGAGAGGTGTTTTTCCTTTGAGGGGATAGGGGAAGTAAGCCAATAAGAACCTTTTAAACAAAT
CGTCCTGTCACAAAATGCTTTCATATGGCTTAATTTTGTCAACACTGCATTGTCTTTTGAGCTCTTTTTTCCCCCCCAACAAAGTTTTTTTGTTTTTTGT
TTTTTTTTTTAAGTAGAAATTCCCTCCAGTTTTATTAGCCTCTTTATATGTCTCAAATTGCATGAATTTTTTCTGGCTGTTGGAAACCTGAATGCTTTTA
GACCCAAATGGAAAATTTCTGAAATGCTGGATTATCTATTTTTAAACAAGCAGTTGACTTAAAACTTTCTGTGGCAACTTCTGGTTTTCTGACAGTTCCC
AGTGAGAGAAATGCTGAAAGTACACTGGGATCACTGGGACACTGTCTTATGAAGGTTTGCTTGGGATGAAAAAGGATATTGCAGCTTCAGCAGTGTTGAA
CTGTGTGTTTAAAAATGTGAATTACTGTTATTGTATACTGTAATTGATTACATGGGCTGGGGGGGTGTCAAAGAACTTGACAGGTTGTGTTGATGCTCTT
AGTTGAGTCTTGAAAAGTAAATATTAACGCTACAGAAATGCATGAGTTTCAATATATTTTTTGTCTTTGTTTGCATTGTATAACTTTAACGAGTGAGTTT
AAAATTATTTAATTTCCTTAGAAAAATAACACCATTTGGAAAAAAAAACTGGTGTTATGAAGAACGTAAATGCACTGTTTTTATTTTTATTTTATATAAT
TTAAATTGACTTTCCCACTGTCTTTAAGTTGAAACTGTTAAGCTGAATAAAAACTTAAGCTGCAAATTGATAACTTCGCTACATAACAAGGAAAATATAA
ATGTTTACAAACAGCTTAAAGATTTGCATGTGCAGTGTGCATTTATAACAAACTTCTAATTGCACAAAACCCATGCCAGCTCAGAGTTTAGGTGTACACA
TTTACCCAGTTGAGCGTTCTTAGAATAACTACTGCACAAGTTGACAATAGGTCGTTCTCTCTTTTTTTTTGTTTGCTCCCTTTTTCTTTTTCTCCCCTTC
CTCCTTACCCTCCCTCCCTTACTCTCCCCCCCCACCACCACCCTCCACCCCCAACTCATGAAAAGATTCTATGGACTGAAAAAGCCCCAGGCTGAAAGGA
CTGGACTGCCTTGATTGACATGGGGAAGGGGGTTAGTAGACTATGTGGATTGCGGCAGCAGAGGCTGCAGCCTAACGTGTGGTTTTAATGACCAGCACGC
AAGGCAAAAGCATTTTGCACAGTGTTTGTTTTCCTGTCTTGCACTTACAAATAAGGTCTATGGGAGTAGCATGGAAAACGTTTGCTGTTTTTCCCTTTTT
TTTTTAATTGCTTTTGTTTAAAATTTGATCGCCTTAACTACTGTAAACATAGCCTATTTTTGTGCTTAAGATACTGAATGGAAAACTCCATTGTGTGTTG
CTGGACTGTTTTGGAAATATTTGGTTAAATGTGTGTTAATTTGGCTGTAATGGCATTTAAAGCAAACAAACAAACAAAAAAAGCTGTGAAAATGGCCTTG
GAGCATTATCTTTAGTTACTTGAAGAGTTTCTAGTTTTTTTAAAATACAGTTTATGTTAAAATAATTTTTATTAATTTAGAGAAGACAATCAATGTCTGT
GAGAAAACGGACTTTCTTTTGGATTTTCTTTTTGTGGTCATTGTGAGTGATTGCTTTTTCCTTTTCTTAGTTTCACATTCTTCCTTTGTTCTAAAACTTA
GACTGACATCTAGCTTTGACAATCATAGTATGTTTTATTTTCCTGAGGGGGAATAACTTATAATGCTGTTTAGTTTTGTACTATTGGTGTGTTGGTGAAT
TTTTAAACTGTGTGCTAACTGCAATAAATTATATGAACTG

Loop counts:

5 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
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