Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CGCGTTCAGCGGCCTCTTTGTGTGGTGCCCAGATAGGGGAGCGGAGGTGGCGGCGGCGGCGGTAGCGGTGGCCTTGGTTGTCTTCCAGTCTCCTCGGCTC
GCCCTTTAGCCGGCACCGCTCCCCTTCCCTCCCCCTTCCTCTCTTCCTTCCTTCCCTCCCCTTCCCTTTTTCCCTTCCCCGTCGGTGAGCGGCGGGGGTG
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AAGGTGGTTCACTGTACCTAGACTGTTCAAACAAGATGATTTATGCTAAACACCTGCTTTCCTTCTGGGAGTATGGAATTTTGGTACATGCCAGGTAAAG
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GAGGGAGAGATCCTAAAGAAGCCTGCACATGGATTCCTCCAGATTCTGCTTATGTCTTTTTCCTGTATGATCCAACTGTGTACACTTACTGTGTCACTGT
AATAAACTTTAGCCATGAGTACGATA

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 7
5 nts: 4
6 nts: 1
7 nts: 3
8 nts: 3
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

UUUU    1
CUUA    1
UUCU    1
UUGC    1
AAUA    1
GUAU    1
AUAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 1