Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GGAAAATTACCCGGTATCGTTAGAGCTACACCAAAATTGCATTGAGCCAAACTTGCCACCAAGAGCCCAACAATCACCATGATGCTGAGCACGGAAGGCA
GGGAGGGGTTCGTGGTGAAGGTCAGGGGCCTACCCTGGTCCTGCTCAGCCGATGAAGTGATGCGCTTCTTCTCTGATTGCAAGATCCAAAATGGCACATC
AGGTATTCGTTTCATCTACACCAGAGAAGGCAGACCAAGTGGTGAAGCATTTGTTGAACTTGAATCTGAAGAGGAAGTGAAATTGGCTTTGAAGAAGGAC
AGAGAAACCATGGGACACAGATACGTTGAAGTATTCAAGTCTAACAGTGTTGAAATGGATTGGGTGTTGAAGCATACAGGTCCGAATAGCCCTGATACTG
CCAACGATGGCTTCGTCCGGCTTAGAGGACTCCCATTTGGCTGTAGCAAGGAAGAGATTGTTCAGTTCTTTTCAGGGTTGGAAATTGTGCCAAATGGGAT
GACACTGCCAGTGGACTTTCAGGGGCGAAGCACAGGGGAAGCCTTTGTGCAGTTTGCTTCACAGGAGATAGCTGAGAAGGCCTTAAAGAAACACAAGGAA
AGAATAGGGCACAGGTACATTGAGATCTTCAAGAGTAGCCGAGCTGAAGTTCGAACCCACTATGATCCCCCTCGAAAGCTCATGGCTATGCAGCGGCCAG
GTCCCTATGATAGGCCGGGGGCTGGCAGAGGGTATAATAGCATTGGCAGAGGAGCTGGGTTTGAAAGGATGAGGCGTGGTGCCTATGGTGGAGGGTATGG
AGGCTATGATGACTATGGTGGCTATAATGATGGATATGGCTTTGGGTCTGATAGATTTGGAAGAGACCTCAATTACTGTTTTTCAGGAATGTCTGATCAT
AGATACGGAGATGGTGGGTCCAGTTTCCAGAGCACCACAGGGCACTGTGTACACATGAGGGGGTTACCTTACAGAGCCACTGAGAATGATATTTATAATT
TCTTCTCACCTCTTAATCCCATGAGAGTACATATTGAAATTGGACCCGATGGCAGAGTTACCGGTGAGGCAGATGTTGAATTTGCTACTCATGAAGATGC
TGTGGCAGCTATGGCAAAAGACAAAGCTAATATGCAACACAGATATGTGGAGCTCTTCTTAAATTCTACTGCAGGAACAAGTGGGGGTGCTTACGATCAC
AGCTATGTAGAACTTTTTTTGAATTCTACAGCAGGGGCAAGTGGTGGCGCTTATGGTAGCCAAATGATGGGAGGGATGGGCTTATCCAACCAGTCTAGTT
ATGGAGGTCCTGCTAGCCAGCAGCTGAGTGGTGGTTATGGAGGTGGTTATGGTGGTCAGAGCAGTATGAGTGGATATGACCAAGTTCTGCAGGAAAACTC
CAGTGACTATCAGTCAAACCTTGCTTAGGTAGAGAAGGAGCACTAAATAGCTACTCCAGATATAAAAGCTGTACATTTGTGGGAGTTGAATAGAATGGGA
GGGATGTTTAGTATATCCAGTATGATTGGTAAATGGGAAATATAATTGATTCTGATCACTCTTGGTCAGCTTCTCTTTCTTTATCTTTCTTTCTCCTTTT
TTAAGAAAACGAGTTAAGTTTAACAGTTTTGCATTACAGGCTTGTGATTCATGCTTACTGTAAAGTGGAAGTTGAGATTATTTTAAAACTTCAAGCTCAG
TAATTTTGAACACTGAAACATTCATCTAGGACATAATAACAAAGTTCAGTATTGACCATAACTGTTAAAACAATTTTTAGCTTTCCTCAAGTTAGTTATG
TTGTAGGAGTGTACCTAAGCAGTAAGCGTATTTAGGTTAATGCAGTTTCACTTATGTTAAATGTTGCTCTTATACCACAAATACATTGAAAACTTCGGAT
GCATGTTGAGAAACATGCCTTTCTGTAAAACTCAAATATAGGAGCTGTGTCTACGATTCAAAGTGAAAACATTTGGCATGTTTGTTAATTCTAGCTTTTT
GGTTTAATATCCTGTAAGGCACGTGAGTGTACACTTTTTTTTTTTTTAAGGATACGGGACAATTTTAAGATGTAATACCAATACTTTAGAAGTTTGGTCG
TGTCGTTTGTATGAAAATCTGAGGCTTTGGTTTAAATCTTTCCTTGTATTGTGATTTCCATTTAGATGTATTGTACTAAGTGAAACTTGTTAAATAAATC
TTCCTTTTAAAAACTGGAAAAAA

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 4
5 nts: 3
6 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

AUUU    1
CUCU    1
GAGA    1
GAUA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0