Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AAACCCAAAGCGGCCGCCGTAGGCGAAGGTGAAGATGGCTGCCTCTGCCTTTGCTGGTGCAGTGAGAGCAGCTTCAGGAATCCTACGGCCCCTGAATATT
TTGGCATCTTCAACCTACCGCAACTGTGTCAAGAATGCCTCTCTTATTTCTGCATTGTCCACTGGACGTTTTAGTCATATTCAGACACCAGTTGTTTCCT
CCACTCCCAGACTTACCACATCTGAGAGAAACCTGACATGTGGGCATACCTCAGTGATCCTTAATAGAATGGCCCCCGTGCTTCCAAGTGTCCTGAAGCT
GCCAGTCAGATCTCTAACATACTTCAGTGCAAGAAAAGGCAAGAGAAAGACCGTGAAAGCTGTCATCGATAGGTTTCTTCGACTTCATTGTGGCCTTTGG
GTGAGGAGAAAGGCTGGCTATAAGAAAAAATTATGGAAAAAGACACCTGCAAGGAAGAAGCGATTGAGGGAATTTGTATTCTGCAATAAAACCCAGAGTA
AACTCTTAGATAAAATGACGACGTCCTTCTGGAAGAGGCGAAACTGGTACGTTGATGATCCTTATCAGAAGTATCATGATCGAACAAACCTGAAAGTATA
GATCAGAAGTTTCACTTGTTTCTCAGTTATTGGATATGTATCTTTGTGTACATATCTTTGCAAAAATGGATAAGTACAAAACTTGATGTAAATTGTACCA
ATGAATACGTAAACATACAGTGACAACATTAAACTTAGAAAAGTTTTAAAACTTAATGGATCAGACTTTGCCAGATTTGGTTAGGGAAACAGAAATTTAG
AATGGTGCATTATTTTTAACAAATGGTATTGGCTTAACTAGTTGTTTCAGTTATGCTCTTTTAGTTGCAAGGAATCTCAAGTGGGACAAACATAAAAAGA
CTCAAAAGCTACAAGTTAGCTCAAGCAATGTGACATTATTTCAAGGATATGTGCCAGGGAATTCAGGAACCACCTCACCAACCCCATCTCCCACTCAGAA
ATCACCTCCCAGCCTCAGGAAGAGTAGAAATTGGGTGGTGCTCCTCAGCAGGGGAAGGTGGATGTTTAGGCTTGGGCTCTGCATGCATGTGACTTGCTTC
TTTTTGCATTGTTAACTCCATTCTCTCTATTCACCAACTTCTCTACACAGCTTTTGCATACTTACAGTTTCTGTTCCTTTGTAATAACTTTAACTTGCAC
CTTTGAGGTTCTTTTCTACATGATGACCTTCAGCTCCTGCTGCTAGTCTCCAATTGCCAAGGGAATTTAACTGGGCCAGACTACCTTTTTATACTAGGTC
TGGTTGGGTCATTGTCTAGAGTAGGGATTGGCTGTCCTTAAGTCAGGAGCCCGCTTTGTATTAGCAGGTTTGCATGCAGCAAAAAAACAGTTATGTGAGC
AGTTTCACTTGGAGGTTCACATGGGGTGGCAGCACACTTAACATCTAACACACCAGGTTCATTGTGTTCATAACACTTGTCATTTACTGTAACAACATTT
TTTCATAGGAGAGTAAATAGCCCTTCAGCATGCTCATTCATGAAACAGAAGAGGCTGTACAAGTGAAGACAAGGGCTTTTTATGCAAGTTTTGAAAGATA
GGTATTTATTTTTTCTAGAGACAGGAGTTTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCATAGCTCATTGAAGCCTCGCACTCCTGGGCTCA
AGTGGTCCTCCTGCCTCAGCTTACTGAGTAAGGATATGTATTTCTTAAAAGTTAGTTTATCCACTTCAGATTTCATGTTTTCATTTGTAAGGATAAACTT
TTCCCACAAATTTTCAACAATCATTGTAGAAACTAAGGGGGAGAAAGTAATCTCAGTTGTTTTAGAAACGAAAAAGTTAAGCATTGTTTACTTGAAGTGG
GCAGGGAAGCAGCACTGAGTAAAGTTCAATTGAGTGGTTACAGTCTAGGGCAGTGGTTCCCAACTCTCCGATCAGAATCATCTGGGAAGCATTTTCAAAC
AGCAAAGTACTTTGAAAACCATTATTAAATAGAATTATGCATGAATTACTGTTTCAGATCCTTTAATGTGGTAGTTGGTAATAATAAGATGAAATTCCTC
TGTTGTTAGTAAAATTATGAAATTGAAGTTCTGCAGCATGTCAGGCCAGGATTATTAGGGAGATTCCTCGAAACTAGTGTGTGTTTATTAAAAGGAGAAA
GGATAACAATAGAATGTTCTAAAACCAGAAGTCCAAGTGCGTGTCTACTTATGGGACCAATAAATAAAGAACAGACATTTGATTTGAGGTGAGGTAAAAG
CCTGAAACATGGAATGGCATTCTGTTTTGATGGATTTTCATTTCTTCGCACTTCTGAGACGGCAAAGCCAACCACTTAGAAGCCTTCCACATCTTTGTCA
CCTGCCTGGCTCCTGCTCTCTGATGTACCTCTGGGTAGTGAGATGGAAATGGTGCCTGCAGAAGTTGGGGAGAAGGATACTTTTGCACAGCCTCCATGAT
GTCTTTATTGCAAATATGGATGACAAGGGTCTCTGTTACAGGGGCCTCAGAGCACCTTCGTTTCTCCTCTAGACCAGGGACAGGTGTAGAGATAAGGACT
GGCAACCAGAGCCTCAGCATCCAAAGATGGACTGAAGTGGGATGGCTGACAGGCACATAACTTACGGGAAAGGGAATTTCATACATACGATTTTTGTTTT
GTGGGTAGGAGGGCTTATCATCAACACTGATTTTATAATCTGACAATAAATGTCTTTCATTAAAGAGTTTACCTAAATGATGTTCGATTATATGTATAAT
TTATAAAATATTTATGTATAGTTTGTTTATTCAGGTATATGTATAATTTATTGAACACCTACTATGTCCCAGCATATCTACAAAACTGGGTACATACATA
CTGTCTAACTGCTAATCCACATTTCCAGTCTTACAAAGGACATAATGATTAGTTAAGCCCTAATTTAGATTTGAGGAAACTGAAGCTGAGAGAGGGTTAA
GTAAATTACCCAAAGTACAGCTAATAAGACCCAGAATCTCAGTCTCACTCCTTGGGATCCTGTGTATTTCCCTGAGTCTTCTAACATATGAAAATTCATA
TCTAAATCAACAAGTGACTGTAATCTGGTACTATAAATACTAAATAAACACTTCTTCATAACACTGTACCAATTCAGCTTTTAAATTTTATTACTTTGCT
TTCCTGTCCTTTGCCAACTCTTAACCTAGTTAATCCTAGTTCTGTTGACATTGGACCAGGCTCAGTAAATAAACGAATGGATTTCCAGCCTTTTTTTCCC
ATCTGTTCCTGCTTTTAGTCCTCTGAATCTGCTTCTTTTCTTACTGCTGCTTTATTTTACAGTGATTTTGTCAAACATAGAATACAGGACTAAAAATGCA
AAGAAATTGGGTCTGTGTTTAATTTTGATGTTTCAAATTTTGAGCTTCCAAGTCTTTGTGGCCACCCAATGAAGTTTGAGTCTGCCTGTTCAGATGTGAA
AGGTAAGGGCTGCAGCAGGTTTAAGGGTGGCCCTTCACCACCCTGTTGTCACCTGCACAGGCACTCCCCCATTTGCAGATGAAGAAATGTTCAGAGAAGA
AAAATGATGGACCAAACGTCTGTTTGCACAATTGAAACTCTACCAGTGGACTATTCTATTTTCACAGCTACCTAGTTTCTGCCGATGATTTTTTTAAATG
TGAAATAAACAGTGATACTTTCAGGTT

Loop counts:

3 nts: 1
6 nts: 1
9 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
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