Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

TTATATGAAATGCCCAGAATAGGCAAATCTATAAAGATACCAAGTAGATTACTGATTGCTGGGGAGATAGGGAGGATTAGAGTGATAACTAAAGGGTAGG
GAGTTTTTGGGGTGGTGAAAATTTTCTTAAAAACTAAATTTTTAAGCATGAAAATGAAACCAAATGTAAGTACAGAAGGAAATGCTGAATCAGGCCTGAG
GGATAGGTGGCAAAGAGATAGAAAAGATGGAAGGTACTACATATATTTTCTTACCTTAAAAACTGTTGAGGATTTTTTTTTTTACCTGTTGCTTTATATA
ATGTACTTGTAAGTGCCTTCTCATGCTGTATTATTGGATCACTCTAAATTAAGGCATCTTCTGTGAGTTATTAAATACCCACTGTGTTTGTAGTTGTGCT
ACAGTCTGTTGAAGGACACGGAAATGTAATATAAAATACTTCTTCCGTCTAGAGAATTTGGAGTTTCAGTTACATAAGACAGTAGCAAAAAGTATAAGGT
GCACAGTCGTGACAATGTTTGATAAGTGAATGCTCAGTTATGTGTAACGTTTCCAGGACAAGGGTCACAGAGGGCTGTGTAAGTAGAAAAAAAGCTTCAT
TTGGAAATTAGACAACTAAGTACAGGGTTTTTTAAGTCTGATAACTTTTGAGAATCAGGAACAGAATTTTTTTTTTTAAGTTACAGTAAAAAGGAGGGGA
AGGCTGTATATCAGCTGTATATCTTCAAAGTAATTGGTGAAAGCAGGGTTTTGGGGGACTGCAGGAGGGCGATTTTGCTAGAGTATAAGGTTTCTACCTT
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GTACTTACTCTGAACACTGAATGTTTGAACCAAAAACTAACTTCTTCAGTAATAGTTTACTTCACACGTCACCCCTCTCGCATTAGTTTTGTTAAATCAG
TTTTTTCTCAAGCTTAGTATTTCTAACATTTTGTCATCAATTAAAAGAATTACTAGAAATTAGGAGTTTTCTTGAGGGTAGTAAAGGGAAAGATTCATGG
TTTGCAGATGATTATATTACTCATTTAATTGTTTAGCTTATACCAGTATTGTGAAACAATCTTTCATTTTTCTGTTTTTTTGAGACAGGGTCTCTCTCTG
TTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCCCTATCACAACTCACTCCAGCTTCAACCTCCGCAGGCTCAAGTGATCTTCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTAGCTGGG
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AAGCAATCCCCTCACCTCAGCCTGCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACTACATCTGGCCACATCTTTCATTGTTAGAATCATCTATGATGTGT
CTGCATTTTTAAGATCACACTGTATTTTAAAACCTAGTTTGCACATTTGTGATTCTAGAGAGAGACGACGACGAAGAAGCAGGAGTGGCACAAGATCTCC
TAAAAAGCCTCGGTCTCCTAAAAGAAAATTGTCCCGCTCACCATCCCCTAGGAGGTAAGAATGTTAATCATTTAAATGTATTTTTTATATTTTTCAGAGG
TTTTTCATTTTAAAACTGTCCTGTAGTTTTTCTTTTCAGCAGTTACAGTTCTTAAGAATGTTTTAATGTATTCTCCTTCTGACTTGTGACTTAAACACCA
TTAAGGACTGAACATTTTAGTCCTATAAACAAGTTAGTTTTGTAGCCTGTGTTACTTCTCCAAGGTTTTGAAGTTGGATCTTTGCTGTACTACTTATATC
CTGTGAAATTGAGTCAGGCTCATCATCTAAACAAGTTAAACCTGTTGCTGTACATTTTACTGTCATTCTAGACATAAAAAGGAGAAGAAGAAAGATAAAG
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TCTTATAGTTACATCTGGAAATGAGCATTTGAAATAGATAATCCTTTAAGCCTTGTGGCAAAATTTTTGTGGCTTTTGTTTAACTTTGAAAGGTTATTAT
GCACTAACCTTTTTTGGTGGCTAATTAGGGTTTAAATACAGAAACAAGATTTCAAATAAAACTGTCTTTGGCAGTGAGTAAATAGCATATTTTGAAGTAG
AGTTGTATACTTTTTCATAAGATGTTTGGGAATTTTTTTCCTGAAGTAATAATTTATTCCACATCTACATCAGTGAAAGCTATCTACCTATCCTGAGTCT
ATCTTAAAGGAAAAAAAGAAAAAAACCTTATCTCTTGCCCTTATTTTGAATTTTCCACTCTTTCATTAATTTGTTTTAAGCTCCGTGTTGGAAAAAAGGG
GTAGTGCATTTTAAATTGACCTTCATACGCTTTTAAAATAAGACAAATCTACTTGATAATGTACCTTTATTTGATCTCAAGTTGTATAAAACCAATAAAT
TTGTGTTACTGCAGTAGTAATCTTATGCACACGGTGATTTCATGTTATATATGCAAAGTAGGCAACTGTTTTCTTAGTTACAGAAGTTTCAAGCTTCACT
TTTGTGCAGTAGAAACAAAAGTAGGCTACAGTCTGTGCCATGTTGATGTACAGTTTCTGAAATTGTTTTACAAGACTTTGATAATAAAACCCTTAAACTT
A

Loop counts:

3 nts: 2
5 nts: 1
7 nts: 1
9 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
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U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
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C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0