Annotated gene sequence

GGAACGGAGCCTTGTGTCTCCGCCTCAAGTCCCCGGATGCTCACCTCCCCGACTCGCCCCCGCTGTGGCCCCGCCCCCGCGCGGCTCTTCGTGCCACGTC
ACCGCCTGCGTCGCTTCCGGAGGCGCAGCGGGCGATGACGTAGAGGGACGTGCCCTCTATATGAGGTTGGGGAGCGGCTGAGTCGGCCTTTTCCGCCCGC
TCCCCCCTCCCCCCGAGCGCCGCTCCGGCTGCACCGCGCTCGCTCCGAGTTTCAGGCTCGTGCTAAGCTAGCGCCGTCGTCGTCTCCCTTCAGTCGCCAT
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TGCATGAGCAGAGTTGTGTCTAACAGACTAGAGCCTGCAAGTTTGCCAGCCCCTGATTTAAAAGATGAAGGTACACAGAATGTGGGCTGGCTGGTGGGCA
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ATCAGCCTTACCTGGTTGATTACACTTGTAAAAGAAAGATTAAAAGCAGGCCAGTGACTCTGGTCTGCTTGAACATGTGAATGTAGTGGTTTGAGCAATC
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ACCTAAAAAAATTAATTGGGCATCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGCGGCTGAGCTGAGAGGATGGCTTGAGTCCGAGAGATTGAGGGTGCAGTGAGCTGTG
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GGGAGGGCCTCCCAGAGGTCAGGTGGAAAAAGTTTTAGGAAGGAGGAAGTAGTCAACAGGGTTACCTGTTGCAAAGTACTTAAGTAATATGAGGCCTGAT
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GGTACATGGTTTTTTATTATGTGTGCATCTGCTTCAGTAATAGGTGTGAATTACTCATTTGGATCATTAGGAGTTTCAAAATCTAGTTAAATGACTAGAT
TTTTGTTGATGTAAATTCTGTCATTCTGAACTGCAGGGATTGTCAGTAACTTAACTGCAAACTAAACTGGTGATAATTATGGTAAAATTGCAAGACGAGC
AATAAATCTCAACCAACTTGAGAGAACACTGATAA

Loop counts:

3 nts: 5
4 nts: 5
5 nts: 3
6 nts: 2
7 nts: 1

Tetra-loop variants:

AAUC    1
UGGU    1
ACCC    1
AUUU    1
AUUG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0