Annotated gene sequence

GCTTTTGCGACGCGGTGACAGCCAAATGGTGCGACAGGAGGAGCTGCAGCCGCGGCCGCAGCGCCCGCACGGAGAGGCTTGAGGCGGCTCCTGGCGTCGC
CCAGAGGGAGCGACTAGACGAACAGTCCGGTGAGGGCGGCGAGAGGAAGCCCGCTACGAGTGCCCTAGCTCCCCGCCGCTCTCGATGAACCGGACGGAAT
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TCTTGAACTTCGGATGGAAGAATTAAGGCATCATTTTAGGATAGAGTTTGCAGTAGCAGAAGGTGCAAAGAATGTAATGAAATTACTTGGCTCAGGAAAA
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TTATTTGAAGCATATTTATGGACTGCTTACTGTGTATAGATACTGAGAATAGGAAGTTTTTTTTTTTAAAGCAACAAAATGTTGATGAATGAAGAACAGC
CTGTTTTAATTAAGATGCAAGCACCAGTATTGTATGTACTTTTCTCTTGTTTGAGGTTAGCTTATTTTAATTTAGGACCTGGCTTCTCAAAAAGGCAAAT
GAATAAAACAGAATACTAGTA

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 5
5 nts: 5
6 nts: 2
7 nts: 4
8 nts: 1

Tetra-loop variants:

AAAA    1
UAAA    1
AAUU    1
UGAA    1
UCAC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 1
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 2
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0